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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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发表于 Post on 2022-11-15 19:46:50 | 只看该作者 Only view this author
sob老师:在你发的“使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构”帖子中,二茂铁的那个DOS图,为什么Carbon S, Px, Py有一段是负值?我的体系用multifn做的DOS图,横坐标0.2a.u.后,有一段也是负的,审稿人提出说不应该有负值,请问老师是怎么回事呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-15 23:20:47 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2022-11-15 19:46
sob老师:在你发的“使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构”帖子中,二茂铁的那个DOS图,为什么Carbo ...

Mulliken轨道成份分析方法原理的缺陷,可能给出负的轨道贡献
仔细看
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
《分子轨道成份的计算》(http://sioc-journal.cn/Jwk_hxxb/CN/abstract/abstract340458.shtml
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-11-16 20:32:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-15 23:20
Mulliken轨道成份分析方法原理的缺陷,可能给出负的轨道贡献
仔细看
谈谈轨道成份的计算方法

非常感谢sob老师。你提到的两篇文章我认真看了,我的体系中PDOS的负值高达-10,这样合理吗?如果合理我直接回复审稿人说Mulliken轨道成份分析方法原理的缺陷,可能给出负的轨道贡献,引这篇分子轨道成分计算的文章,这样可以吗?是不是还要说点什么,请老师指导一下。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-17 01:55:56 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2022-11-16 20:32
非常感谢sob老师。你提到的两篇文章我认真看了,我的体系中PDOS的负值高达-10,这样合理吗?如果合理我直 ...

贴图说明。绝对大小没意义,本来单位就是任意的。PDOS的相对大小才有意义
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发表于 Post on 2022-11-17 19:31:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 dingniu2 于 2022-11-17 19:35 编辑
sobereva 发表于 2022-11-17 01:55
贴图说明。绝对大小没意义,本来单位就是任意的。PDOS的相对大小才有意义



蓝色的线是被吸附气体的,值在-10左右,红色是母体的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-18 02:21:45 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2022-11-17 19:31
蓝色的线是被吸附气体的,值在-10左右,红色是母体的。

Mulliken计算空轨道成份经常有显著负值,《分子轨道成份的计算》文中明确说了

不想出现负值就用Hirshfeld、Becke或者SCPA方法,下文2.4节都非常明确说了
使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构
http://sobereva.com/482http://bbs.keinsci.com/thread-13242-1-1.html

讨论那么高阶空轨道范围的PDOS本来也没意义,横坐标完全没必要留出那么大空轨道范围

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发表于 Post on 2022-11-18 04:56:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-18 02:21
Mulliken计算空轨道成份经常有显著负值,《分子轨道成份的计算》文中明确说了

不想出现负值就用Hirshf ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2022-11-23 16:01:02 | 只看该作者 Only view this author
老师好,请问想将EDA与ETS-NOCV联用分析,但是GAMESS做的能量分解的定义没有轨道相互作用能,该如何联用?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-24 01:03:06 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-11-23 16:01
老师好,请问想将EDA与ETS-NOCV联用分析,但是GAMESS做的能量分解的定义没有轨道相互作用能,该如何联用?

LMOEDA/GKSEDA内在通过极化项体现轨道相互作用的稳定化
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发表于 Post on 2022-11-28 10:35:12 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 护卫天使 于 2022-11-28 10:36 编辑

老师好,我做了ETS-NOCV分析,中心原子是Co,配体都是氧原子。得到了两个贡献最大的NOCV pair,但是不知道该如何分析,望老师指点迷津?

1.png (247.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-28 10:46:09 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-11-28 10:35
老师好,我做了ETS-NOCV分析,中心原子是Co,配体都是氧原子。得到了两个贡献最大的NOCV pair,但是不知道 ...

没细节没法说,都不知道片段怎么划分的,对应的作用能是多少
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发表于 Post on 2022-11-28 12:31:58 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 护卫天使 于 2022-11-28 12:44 编辑
sobereva 发表于 2022-11-28 10:46
没细节没法说,都不知道片段怎么划分的,对应的作用能是多少

金属设为片段1,配体设为片段2,基组在pbe1/deftzvp。NOCV pair1的能量为-71kcal/mol,pair 2 的能量为-38kcal/mol。复合物输出文件已上传。

complex.log

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complex.gjf

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-28 23:56:44 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-11-28 12:31
金属设为片段1,配体设为片段2,基组在pbe1/deftzvp。NOCV pair1的能量为-71kcal/mol,pair 2 的能量为-38 ...

ETS-NOCV分析别带着溶剂模型

另外,不建议把所有配体作为片段2而单个金属作为片段1,否则计算片段1时金属的d占据轨道的朝向会有任意性。如果诸如你研究金属和三羧基片段的作用,应当把金属和配位水作为一个片段,三羧基配体作为另一个片段。
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发表于 Post on 2022-11-29 09:28:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-28 23:56
ETS-NOCV分析别带着溶剂模型

另外,不建议把所有配体作为片段2而单个金属作为片段1,否则计算片段1时 ...

感谢老师的回复。我是基于GSK-EDA计算后的文件来做ETS-NOCV分析,所以会带有溶剂模型。EDA计算是按这个片段划分的,按目前的情况,老师能否帮忙作一下简单分析?

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发表于 Post on 2022-11-30 15:54:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 王源锦 于 2022-11-30 15:57 编辑

使用Multiwfn通过单位球面表示法图形化考察(超)极化率张量(http://sobereva.com/547) 一文中指出‘若外场是电磁场,beta(-(w1+w2);w1,w2)正比于由此发出的w1+w2频率的电磁波的强度’, 有相关的参考文献或资料吗?不敢在论文中直接用这个观点。。。

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