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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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发表于 Post on 2022-9-2 08:53:01 | 只看该作者 Only view this author
好像发现了一个bug,使用Multiwfn将带有晶胞尺寸参数的pdb转为gro时,边长都会变成原来的2倍。比如我把这个222.pdb转为222.gro以后,CRYST1   23.754   23.754   23.754  90.00  90.00  90.00就变成了  4.488855    4.488855    4.488855    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
222.pdb (111.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

222.gro (64.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-3 21:05:15 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-9-2 08:53
好像发现了一个bug,使用Multiwfn将带有晶胞尺寸参数的pdb转为gro时,边长都会变成原来的2倍。比如我把这个 ...

我已更新Multiwfn官网上最新版本修正了此问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2022-9-16 10:14:02 | 只看该作者 Only view this author

NBO计算

NBO计算新手,像计算一下一个分子笼的NBO,输入行为#p b3lyp/gen em=gd3 pseudo=read Pop=(FULL,NBORead,NaturalOrbitals,SaveNBOs) gfinput

正常Normal,编辑器里搜索Natural Population,没有这个相关分析,想问问大家是为什么呢

202209161013397448..png (41.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

关键词搜索不到

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-16 16:43:26 | 只看该作者 Only view this author
雨雨xt 发表于 2022-9-16 10:14
NBO计算新手,像计算一下一个分子笼的NBO,输入行为#p b3lyp/gen em=gd3 pseudo=read Pop=(FULL,NBORead,Na ...

对于只是做常规NBO分析的情况,别写一大堆乱七八糟的,写个pop=NBO就完了
gfinput更是绝对不要写,仔细看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html

不懂含义的关键词绝对不要写
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发表于 Post on 2022-9-16 19:34:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-16 16:43
对于只是做常规NBO分析的情况,别写一大堆乱七八糟的,写个pop=NBO就完了
gfinput更是绝对不要写,仔细 ...

好,谢谢sob老师,以后不用了

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发表于 Post on 2022-9-19 21:04:48 | 只看该作者 Only view this author
老师我想问一下,我在用Multiwfn计算分子半径的时候用100主功能,21功能输入all之后里面有个Radius of gyration这个指的是什么意思呢?百度一下也没查到只知道翻译是回旋半径,这个是什么意思呢?是等效球形体积后得出来的半径吗?

202209192103124874..png (50.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-19 23:37:03 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-9-19 21:04
老师我想问一下,我在用Multiwfn计算分子半径的时候用100主功能,21功能输入all之后里面有个Radius of gyra ...

绝 对 不 要用百毒搜索学术相关问题,这是搞科研的人最基本的常识和共识
为什么我极度鄙视和厌恶百毒
http://sobereva.com/450

回转半径。去Multiwfn手册里搜原词
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发表于 Post on 2022-9-24 10:38:56 | 只看该作者 Only view this author
使用Multiwfn绘制红外光谱时,默认是用的吸光率,能不能增加一个选择,傻瓜式的切换到透光率。
如这个帖子所示,峰型是向上的,能不能有一个选项,改为峰向下。
http://bbs.keinsci.com/thread-18368-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-25 02:05:45 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-9-24 10:38
使用Multiwfn绘制红外光谱时,默认是用的吸光率,能不能增加一个选择,傻瓜式的切换到透光率。
如这个帖子 ...

选择4 Set left Y-axis,按屏幕上提示说的,输入0直接就把坐标轴上下翻转了
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发表于 Post on 2022-9-27 20:13:14 | 只看该作者 Only view this author
卢老师您好,请问我在绘制Hirshfled Surface图时出现了以下情况,整个表面都是红色,显示整体表面的电子密度都很大,请问老师这是我自身晶体cif文件的问题吗?还是可以通过在软件里调整参数得到普遍的那种可以进行分析相互作用位点的图吗?谢谢卢老师
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-28 10:12:13 | 只看该作者 Only view this author
Gzh_NJ 发表于 2022-9-27 20:13
卢老师您好,请问我在绘制Hirshfled Surface图时出现了以下情况,整个表面都是红色,显示整体表面的电子密 ...

估计是操作步骤问题
建议你先重复一遍Multiwfn手册里的例子熟悉流程
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发表于 Post on 2022-9-28 11:04:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-28 10:12
估计是操作步骤问题
建议你先重复一遍Multiwfn手册里的例子熟悉流程

谢谢卢老师,已经解决。是我最开始基于分子晶体cif文件抠出分子团簇结构时候跟您视频操作不一致,我的abc当时都选定的是3,刚刚换成4就做出来了。
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发表于 Post on 2022-9-30 22:01:06 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我用Multiwfn生成cp2k激发态的输入文件时,如果选PBE0—ADMM时,在&PROPERTIES部分,在总是拉下一句END,如下:
&PROPERTIES
    &TDDFPT #TDDFT calculation
      NSTATES  200
      RKS_TRIPLETS .F. #If calculating triplet rather than singlet excited states
      CONVERGENCE [eV] 1E-4 #Convergence criterion of all excitation energies
      MIN_AMPLITUDE 0.01 #The smallest excitation amplitude to print
#     RESTART .T. #If restarting TDDFT calculation. If true, WFN_RESTART_FILE_NAME should be set to previous .tdwfn file
#     WFN_RESTART_FILE_NAME TiO2-2O-TD-RESTART.tdwfn
      &XC
        &XC_GRID
          XC_DERIV SPLINE2_SMOOTH #The method used to compute the derivatives
        &END XC_GRID
        &XC_FUNCTIONAL PBE0
        &END XC_FUNCTIONAL           #本句会拉下
      &END XC
    &END TDDFPT
  &END PROPERTIES
&END FORCE_EVAL

非常感谢sob老师开发的Multiwfn  

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-2 04:42:15 | 只看该作者 Only view this author
reid 发表于 2022-9-30 22:01
sob老师,我用Multiwfn生成cp2k激发态的输入文件时,如果选PBE0—ADMM时,在&PROPERTIES部分,在总是拉下一 ...

我已更新了Multiwfn官网上最新版本修正了此问题
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发表于 Post on 2022-10-2 21:55:08 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师

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