简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

guobenyue · 发表于 Post on 2022-6-26 11:56:49

老师我按照博文里面的操作，未能成功画出ESP图。在CMD中的操作如下，感谢老师

C:\Users\pc\Desktop\Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64> move /Y *.pdb "D:\VMD"
存在一个重名文件，或是找不到文件。

C:\Users\pc\Desktop\Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64> move /furan.pdb "D:\VMD"
系统找不到指定的文件。

C:\Users\pc\Desktop\Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64> move /moll.pdb "D:\VMD"
系统找不到指定的文件。

C:\Users\pc\Desktop\Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64> move /surfanalysis.pdb
系统找不到指定的文件。

C:\Users\pc\Desktop\Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64> move

WOOOOWOOOO · 发表于 Post on 2022-6-26 14:26:19

请问，我在Gaussian中算出来的结构有两个原子间没有成键（GV中），我通过Mutiwfn看电子密度的时候看见是成键的，请问这两个原子之间成键吗（我希望是成键的）。再进一步，请问可以通过Multiwfn图中的成键现象来判断两个原子之间是否成键吗？

chands · 发表于 Post on 2022-6-26 14:33:37

WOOOOWOOOO 发表于 2022-6-26 14:26
请问，我在Gaussian中算出来的结构有两个原子间没有成键（GV中），我通过Mutiwfn看电子密度的时候看见是成 ...

GaussView大概是根据距离判断是否成键，与实际成键方式未必相符。
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414

WOOOOWOOOO · 发表于 Post on 2022-6-26 15:15:48

chands 发表于 2022-6-26 14:33
GaussView大概是根据距离判断是否成键，与实际成键方式未必相符。
谈谈原子间是否成键的判断问题
http: ...

谢谢您！Multiwfn在显示体系结构时，判断原子间是否显示化学键是看原子间距离是否小于两个原子的CSD共价半径和的1.15倍。（http://sobereva.com/414）

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-27 04:57:07

guobenyue 发表于 2022-6-26 11:56
老师我按照博文里面的操作，未能成功画出ESP图。在CMD中的操作如下，感谢老师

C:%users\pc\Desktop\Mult ...

不得24小时内在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛里同一问题，注意看群文件里群规，以及论坛置顶的论坛新社员必读贴

群里我都回复过了

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-27 04:58:30

WOOOOWOOOO 发表于 2022-6-26 14:26
请问，我在Gaussian中算出来的结构有两个原子间没有成键（GV中），我通过Mutiwfn看电子密度的时候看见是成 ...

“通过Mutiwfn看电子密度的时候看见是成键的”语义不明，说清楚怎么看的，把图贴出来
记住Multiwfn怎么拼

WOOOOWOOOO · 发表于 Post on 2022-6-27 09:25:36

sobereva 发表于 2022-6-27 04:58
“通过Mutiwfn看电子密度的时候看见是成键的”语义不明，说清楚怎么看的，把图贴出来
记住Multiwfn怎么 ...

谢谢指正，心里已默拼10遍。这个问题上面的大佬给我看了您的帖子，现贴出图。就是一个GV显示不成键的问题。

Zonglun · 发表于 Post on 2022-7-4 12:16:48

问个问题，我是Mac用户，从官网上下的最新软件包，但是打不开Multiwfn，显示文本编码Unicode (UTF-8)不适用。这个如何解决？

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-5 08:47:55

Zonglun 发表于 2022-7-4 12:16
问个问题，我是Mac用户，从官网上下的最新软件包，但是打不开Multiwfn，显示文本编码Unicode (UTF-8)不适用 ...

大抵是你运行方式不对
可执行文件不能当文本文件打开

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-5 08:49:34

WOOOOWOOOO 发表于 2022-6-27 09:25
谢谢指正，心里已默拼10遍。这个问题上面的大佬给我看了您的帖子，现贴出图。就是一个GV显示不成键的问题 ...

距离这么近，从常识上就知道有化学键作用

zch22076027 · 发表于 Post on 2022-7-16 16:36:16

sob老师好我看了您的帖子做了esp图，现在想得到每个原子的电负性分布Atomic electronegativity distribution
类似这种请问应该如何做，没找到相关帖子

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-17 10:06:03

zch22076027 发表于 2022-7-16 16:36
sob老师好我看了您的帖子做了esp图，现在想得到每个原子的电负性分布Atomic electronegativity distributi ...

没有被广为接受的Atomic electronegativity distribution的计算方式。如果作者没给出定义，没有任何理由效仿
我怀疑作者不过是计算了基团电荷而已（基团里所有原子电荷加和），然后瞎发明一个词来描述

zch22076027 · 发表于 Post on 2022-7-17 11:27:37

sobereva 发表于 2022-7-17 10:06
没有被广为接受的Atomic electronegativity distribution的计算方式。如果作者没给出定义，没有任何理由 ...

文章确实没定义，那您说的基团电荷如何获得，Multiwfn可以实现计算嘛

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-18 11:46:54

zch22076027 发表于 2022-7-17 11:27
文章确实没定义，那您说的基团电荷如何获得，Multiwfn可以实现计算嘛

以计算某个片段的ADCH电荷为例：

使用Multiwfn计算分子的某个片段的电荷
https://www.bilibili.com/video/av26312703/

忘不掉的回忆 · 发表于 Post on 2022-7-28 17:34:54

请问老师做下面这个IRI分析的散点图的纵坐标有单位吗？
我在阅读老师的这篇文章中（http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html）
看到3.1这个例子散点图纵坐标没有单位。谢谢老师

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