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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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发表于 Post on 2023-2-27 22:22:40 | 只看该作者 Only view this author
栋栋家的小猪猪 发表于 2021-12-31 10:57
Sob老师您好,最近在使用multiwfn进行mulliken电荷的分析,用的是cp2k产生的.molden文件载入到软件中,已经 ...

你好,请问是怎么解决的呀,我也遇到了这个问题。

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发表于 Post on 2023-2-28 21:49:48 | 只看该作者 Only view this author
老师好,请问图中您提出的经验标准,对于配位键,我看到很大文献归为共价作用。我在分析的时候描述为the bonds interactions are slight electrostatic and partly covalent吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-1 15:46:02 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2023-2-28 21:49
老师好,请问图中您提出的经验标准,对于配位键,我看到很大文献归为共价作用。我在分析的时候描述为the bo ...

slight electrostatic 的形容有点夸张
诸如covalent character plays a key role比较得当
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-3-2 17:00:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-26 03:49
看清楚Multiwfn屏幕上超级清楚的提示,相信都做量化计算了不至于都没学过英语

感谢sob老师指点,用命令行查看了一下文件名,发现后缀是.fchk,直接命令行修改成.fch就可以,还是不够细心啊,翻车了

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发表于 Post on 2023-3-3 13:21:10 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,请教一下我在计算CDFT常见量时有的数据得不到是怎么回事啊?读取的BDF的molden文件C:\Users\admin\Pictures\Screenshots\3.3.png

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发表于 Post on 2023-3-3 16:28:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-1 15:46
slight electrostatic 的形容有点夸张
诸如covalent character plays a key role比较得当

老师好,对于配位键Cu-O, ▽2ρ>0导致不能判断共价键,是不是可以给出H<0和ρ>0的数据并讨论就行?在AIM理论中▽2ρ的讨论是不是必须的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-8 22:26:05 | 只看该作者 Only view this author
先挣一个亿 发表于 2023-3-3 13:21
各位老师好,请教一下我在计算CDFT常见量时有的数据得不到是怎么回事啊?读取的BDF的molden文件

根本不能用molden文件,里面都没有体系能量信息
能用什么Multiwfn在屏幕上都提示了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-8 22:27:44 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2023-3-3 16:28
老师好,对于配位键Cu-O, ▽2ρ>0导致不能判断共价键,是不是可以给出H0的数据并讨论就行?在AIM理论中▽ ...

电子密度必然大于0,没什么可说的

H<0可以拿来说事

▽2ρ不能单独拿来说事
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161
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发表于 Post on 2023-3-9 09:40:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 orangesea 于 2023-3-9 09:46 编辑

老师您好,想问一下我的体系在B3LYP-D3/6-31G**  (涉及氢转移反应)加IEFPCM隐式溶剂模型优化,单点在B3LYP-D3/6-311+G**下加SMD模型计算,现在想对优化的结构作波函数分析,计算福井函数信息。
Q1 在老师《谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”》一文中:
3 与弱相互作用无关的情况加不加DFT-D3?
因为D3校正仅仅是基于几何结构计算校正能,与电子态无关,而且只改变能量而不影响体系的波函数,因此对这些问题,加不加D3结果都一样:计算某个结构下的gap、轨道、偶极矩、极化率、NMR、原子电荷、键级、静电势分布等等。

是否理解为用于产生波函数信息的单点文件加不加D3不影响波函数分析?

Q2 在老师《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》一文中:
隐式溶剂模型还会影响体系电子结构,所以gap、偶极矩、键级、原子电荷等等性质也一律受到影响。

是否理解为用于产生波函数信息的单点文件加不加入隐式溶剂模型会对波函数分析产生影响?

Q3 老师您提到波函数分析不需要大基组,那我仍在B3LYP-D3/6-31G**下结合SMD隐式溶剂模型计算单点,产生的波函数信息用来分析合适吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-9 10:51:35 | 只看该作者 Only view this author
orangesea 发表于 2023-3-9 09:40
老师您好,想问一下我的体系在B3LYP-D3/6-31G**  (涉及氢转移反应)加IEFPCM隐式溶剂模型优化,单点在B3LY ...

1 是

2 是

3 看具体什么波函数分析。ADCH电荷、LBO键级、Mayer键级等都够了,算静电势、电子密度等直接基于实空间函数的分析基组更大点有益,诸如def2-TZVP
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发表于 Post on 2023-3-9 14:35:35 | 只看该作者 Only view this author
可以请sob老师在Multiwfn绘制红外等光谱的功能里加入一些更精细但又很常用的绘图选项吗?比如算出来的吸收强度和实验没有可比性,显示其数值也没什么意义,这时如果能不显示y轴刻度(刻度线和标签)就会使图像更简洁,再比如可以依个人喜好调整刻度线的朝向(对应Origin里的in, out, none)等。

这个请求可能确实类似于“养了一头牛却想从它的身上长出羊肉来”,但从批量产生光谱的角度考虑Multiwfn似乎又是没有掌握Python, Matlab等工具的新手的唯一解,还是希望sob老师能在条件允许时考虑一下。
「狩りってのは先に焦せった方の負けだ、ハンターも獲物もな」

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-9 15:30:12 | 只看该作者 Only view this author
LittlePupil 发表于 2023-3-9 14:35
可以请sob老师在Multiwfn绘制红外等光谱的功能里加入一些更精细但又很常用的绘图选项吗?比如算出来的吸收 ...

自己ps就完了
刻度朝里朝外这种事无所谓

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发表于 Post on 2023-3-15 20:25:03 | 只看该作者 Only view this author

如何计算轨道贡献

各位老师好:审稿人提了这个问题:The authormentioned "8 valence electrons that come from joint contributions of Cuand Zn atoms" in section 3.1. The author should give Cu and Zn atomscontribute several valence electrons and the percentage of orbital contributionin detail, respectively。请问用什么软件,如何计算呢?谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-15 20:29:22 | 只看该作者 Only view this author
my_aman 发表于 2023-3-15 20:25
各位老师好:审稿人提了这个问题:The authormentioned "8 valence electrons that come from joint contri ...

谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
贴信息的时候把空格带上
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发表于 Post on 2023-3-16 13:45:35 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,在《使用Multiwfn和VMD绘制平均局部离子化能(ALIE)着色的分子表面图(含视频演示)》一文(514)中:
如果想像上图一样把色彩刻度轴画出来,按照《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)》(http://sobereva.com/443)里面介绍的做法就可以实现。如果你想查询分子表面ALIE极值点具体的值,也效仿此文里面说的做法。

在绘制ESP图像(文443)时,极值点能量的单位在surfanalysis.pdb注释为kcal/mol,而绘制ALIE图像(514时,产生的surfanalysis.pdb中没有注释极值点能量单位,请问是否为eV?

本版积分规则 Credits rule

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