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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-17 03:44:32 | 只看该作者 Only view this author
探索者 发表于 2024-5-16 21:29
老师好,我参考您的博文:使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析,对几个例 ...

Charge and spin multiplicity of fragment 2: 0 1
Indices of atoms in fragment 2: 17-37
Generating Gaussian input file of fragment 2 via Multiwfn (fragment2.gjf)
Running: g16 < fragment2.gjf &> fragment2.out
Finished successfully!
Running: formchk fragment2.chk fragment2.fch
Energy components of fragment 2:
E_tot = 0.000000000000E+00 Hartree
E_T = 0.000000 Hartree
E_els = .0000000000009 Hartree
E_x = 0.000000 Hartree
E_c = 0.000000 Hartree
E_disp = 0.0000000000 Hartree

片段2的结果就都为0,明显异常,需要自行检查fragment2.out判断可能原因。没有sobEDA分析涉及的全部文件别人也难以判断
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-17 03:46:49 | 只看该作者 Only view this author
wang_ 发表于 2024-5-16 20:38
sobereva老师,请问下进行AIM分析时,只显示体系中心分子附近的零界点和键径,为什么键径上有很多条线,而 ...

显示方式没设置合适,line方式显示导致出现了VMD自动判断的键。设置成point或者vdW就没这些东西了
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发表于 Post on 2024-5-17 13:11:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-17 03:46
显示方式没设置合适,line方式显示导致出现了VMD自动判断的键。设置成point或者vdW就没这些东西了

好的,谢谢sobereva老师解答

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发表于 Post on 2024-5-17 14:48:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-17 03:44
Charge and spin multiplicity of fragment 2: 0 1
Indices of atoms in fragment 2: 17-37
Generating ...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2024-5-18 20:50:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva老师,我按照您的这个帖子,使用Multiwfn图形化展现原子对色散能的贡献以及色散密度 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=44723&fromuid=54280 (出处: 计算化学公社),在进行例子2,计算片段间的色散作用时,Multiwfn一直重复让我输入片段1和片段2,换了个机器也是这样,我用的是Multiwfn是24年5月17更新的3.8(dev)版本,想请教下是什么情况

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-18 23:59:15 | 只看该作者 Only view this author
wang_ 发表于 2024-5-18 20:50
sobereva老师,我按照您的这个帖子,使用Multiwfn图形化展现原子对色散能的贡献以及色散密度 http://bbs.ke ...

屏幕上提示得明明白白,算完了该算的按q退出就完了
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发表于 Post on 2024-5-19 00:21:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-18 23:59
屏幕上提示得明明白白,算完了该算的按q退出就完了

oh,是我愚钝了,没仔细看清楚,我还以为直接输入两个片段后出错了,谢谢sobereva老师

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发表于 Post on 2024-5-24 21:32:27 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我在做hirshfeld分析的时候,在输出片段指纹图的PDF文件的时候发现,无图形界面的linux 服务器 Multiwfn 无法输出pdf文件,其他cub,pdb文件正常输出,windows没问题。我想问是不是因为linux没有图形界面或者缺少渲染组件导致无法输出指纹图PDF?

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发表于 Post on 2024-5-24 22:21:53 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好,不知道这个算不算小bug,在做hirshfeld分析的时候,主菜单“12Quantitative analysis of molecular surface”,然后“1Select the way to define surface”,选“5Hirshfeld”后会有一个菜单,第一次可以选两个,1好像是由multiwfn计算,2由外部文件提供。但是第二次再打开multiwfn后选hirshfeld分析后就没有这个菜单了,直接需要输入原子编号,不能选由外部文件提供了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-25 04:05:41 | 只看该作者 Only view this author
qinsc 发表于 2024-5-24 21:32
sob老师您好,我在做hirshfeld分析的时候,在输出片段指纹图的PDF文件的时候发现,无图形界面的linux 服务 ...

Multiwfn在Linux下安装的中文说明
http://sobereva.com/688http://bbs.keinsci.com/thread-40529-1-1.html

搞清楚什么叫noGUI版
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-25 04:11:43 | 只看该作者 Only view this author
qinsc 发表于 2024-5-24 22:21
sob老师,您好,不知道这个算不算小bug,在做hirshfeld分析的时候,主菜单“12Quantitative analysis of mo ...

我不知道你说的菜单是什么,截图说明
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发表于 Post on 2024-5-25 13:12:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-25 04:05
Multiwfn在Linux下安装的中文说明
http://sobereva.com/688(http://bbs.keinsci.com/thread-40529-1-1. ...

明白了,安装图形界面的版本安装motif库就可以了,谢谢sob老师,是我没有仔细看教程的问题&#129394;。

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发表于 Post on 2024-5-25 13:15:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-25 04:11
我不知道你说的菜单是什么,截图说明

就只有第一次有,后面再选5 Hirshfeld 就出不来这个菜单了,选完5Hirshfeld后直接就输入中心分子的序号了。本意是想在计算完一次后如果后续想分析别的片段指纹图可以不用每次选择5 Hirshfeld后都计算一遍,直接载入之前保存的surf.cub和mapfunction.cub就行。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-26 04:55:34 | 只看该作者 Only view this author
qinsc 发表于 2024-5-25 13:15
就只有第一次有,后面再选5 Hirshfeld 就出不来这个菜单了,选完5Hirshfeld后直接就输入中心分子的序号了 ...

都说了,截图
我在最新版里根本没遇到你说的这个菜单

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发表于 Post on 2024-6-6 00:14:56 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我在使用Multiwfn 3.8 (dev)绘制IR谱图时,依次输入11、1、0后出现以下内容,其中的警告:libpng warning: iCCP: known incorrect sRGB profile需要如何解决呢?

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