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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-20 07:53:38 | 只看该作者 Only view this author
Yi丢丢 发表于 2024-4-19 18:43
老师,您好,我使用Multiwfn和VMD相结合的方法做RDG分析图,图可以正常出来,但是出来的图是这样的结构,不 ...

8成是输入文件有问题

并且强烈建议用IRI代替RDG,先把博文里的例子重复出来再说自己的体系
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-20 07:54:15 | 只看该作者 Only view this author
orangesea 发表于 2024-4-19 14:19
老师好,使用Multiwfn产生一个二维slab的cp2k优化文件,盒子在体系表面上方,体系没有被包含在盒子里对体系 ...

这是CP2K问题,应当发到第一性原理版块的CP2K分类里

显然因为周期性(MT在非周期性方向上是赝周期性),盒子在哪都无所谓。仅当wavelet算非周期性体系的时候才需要非周期性方向上体系的电子密度不能有露出盒子的地方。
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发表于 Post on 2024-4-20 09:05:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-20 07:53
8成是输入文件有问题

并且强烈建议用IRI代替RDG,先把博文里的例子重复出来再说自己的体系

老师,重复了一下博文的例子,出来的结果和我自己的体系存在一样的问题,但是不知道是什么原因。
按照您的推荐,使用了IRI方法进行作图,得到的图就是正确的。
谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-20 09:09:56 | 只看该作者 Only view this author
Yi丢丢 发表于 2024-4-20 09:05
老师,重复了一下博文的例子,出来的结果和我自己的体系存在一样的问题,但是不知道是什么原因。
按照您 ...

用IRI就完了

RDG的问题8成是自己改了settings.ini里的RDG_maxrho所致
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发表于 Post on 2024-4-20 15:11:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-20 09:09
用IRI就完了

RDG的问题8成是自己改了settings.ini里的RDG_maxrho所致

好的 谢谢老师

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发表于 Post on 2024-4-23 11:00:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Yi丢丢 于 2024-4-23 20:08 编辑

老师,您好,请问这篇文献里的Π电子密度,我想要计算,应该用Multiwfn软件的哪个功能呢,尝试用了Π电子密度计算(http://sobereva.com/432),但是得到的结果和文中的略有差距,两个碳的Π的电子密度都小于1。

202404231059316766..png (48.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 42)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-24 06:19:46 | 只看该作者 Only view this author
Yi丢丢 发表于 2024-4-23 11:00
老师,您好,请问这篇文献里的Π电子密度,我想要计算,应该用Multiwfn软件的哪个功能呢,尝试用了Π电子密 ...

作者连密度和布居数都没分清楚,这种文章的数据可靠性令我很质疑
好好看此文把密度和布居的概念分清楚
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html

http://sobereva.com/432该说的都说了,就按博文里的计算
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发表于 Post on 2024-4-24 09:19:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-24 06:19
作者连密度和布居数都没分清楚,这种文章的数据可靠性令我很质疑
好好看此文把密度和布居的概念分清楚
...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2024-5-2 15:24:56 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,我打算做晶体的弱相互作用分析,基于AIM理论进行拓扑分析得出了临界点,想请教下几个小问题:
1. 化学键和弱键在AIM里面都是(3,-1),我是要靠结构式判断里面是化学键还是氢键之类的吗,但是这个尿素例子出现了N-N键,意思是他们也成键了吗,我不太能理解这一块
2. sobereva老师有一篇文章讲述氢键本质(http://sobereva.com/513),里面提到可以用临界点电子密度估计结合能,从而对氢键进行分类,计算结果给出了键之间的密度,想询问下晶体情况下这种分类方式也适用吗?
3. 另外,在氢键本质(http://sobereva.com/513)这片博文中也提到套用该式的前提是,算出的结合能必须确实只由某个氢键作用所主导,我如何才能确定这点呢

202405021524104063..png (58.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 43)

202405021524104063..png

urea_cry_trho.outp

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-3 00:06:38 | 只看该作者 Only view this author
wang_ 发表于 2024-5-2 15:24
老师,您好,我打算做晶体的弱相互作用分析,基于AIM理论进行拓扑分析得出了临界点,想请教下几个小问题:
...

1 强烈建议把此文看了
一篇最全面介绍各种弱相互作用可视化分析方法的文章已发表!
http://sobereva.com/667http://bbs.keinsci.com/thread-37629-1-1.html
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html
以上方法比拓扑分析直观得多,而且可以避免拓扑分析仅凭个别点的信息讨论可能带来的误导性

2 文中的讨论对晶体中的氢键也适用

3 同1,有哪些明显的作用一目了然
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发表于 Post on 2024-5-3 11:09:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-3 00:06
1 强烈建议把此文看了
一篇最全面介绍各种弱相互作用可视化分析方法的文章已发表!
http://sobereva.co ...

        sobereva老师,您好,由于我无法将波函数信息导入,因此弱相互作用我选择了基于准分子密度的IGM方法,但IGM方法似乎只能可视化片段之间的弱项相互作用,无法进一步探究整个体系的弱相互作用是由什么主导的,所以我想结合您关于氢键本质的这篇文章进行进一步探究,或者有什么其他的方法参考?
        另外,在进行弱相互作用可视化分析的时候,虽然是在周期性体系中,但是研究某个位置的弱相互作用似乎还是与团簇模型一样,研究这个位置周围一圈的分子对该位置的贡献,如果要再研究外圈,甚至比较远的情况下对该位置的贡献,就要构建超胞,不知道我这么理解有没有问题

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-3 20:02:15 | 只看该作者 Only view this author
wang_ 发表于 2024-5-3 11:09
sobereva老师,您好,由于我无法将波函数信息导入,因此弱相互作用我选择了基于准分子密度的IGM ...

此文的做法可以直接知道物理成份
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html

另外,下文里也说了不同氢键强度与不同能量成分之间的关系,还拟合了根据氢键键能预测不同物理成份贡献量的关系式
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度:一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html

如果IGMH研究的区域离盒子边界较远,可以不考虑周期性
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发表于 Post on 2024-5-3 21:36:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-3 20:02
此文的做法可以直接知道物理成份
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
...

终于搞明白了,太感谢sobereva老师啦,但是sobEDA目前是不是还无法用于周期性体系计算呀

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发表于 Post on 2024-5-3 22:14:12 | 只看该作者 Only view this author
        sobevera老师,我使用CRYSTAL计算之后可以得到波函数文件.f98,电子密度文件.DAT,电子密度梯度幅值文件.DAT,我无法将波函数文件转为输入格式,想询问下是否能将电子密度与电子密度梯度幅值两个文件分别输入做IRI,因为我看IRI的公式只涉及这两个,但是我看手册里面似乎不支持单独的电子密度输入,只有某些程序的下的输出格式才行

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-3 23:52:00 | 只看该作者 Only view this author
wang_ 发表于 2024-5-3 21:36
终于搞明白了,太感谢sobereva老师啦,但是sobEDA目前是不是还无法用于周期性体系计算呀

不能
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