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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-3 23:52:22 | 只看该作者 Only view this author
wang_ 发表于 2024-5-3 22:14
sobevera老师,我使用CRYSTAL计算之后可以得到波函数文件.f98,电子密度文件.DAT,电子密度梯度幅 ...

我不用Crystal
结合Multiwfn做周期性体系IRI分析用CP2K是首选
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-5-4 10:39:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-3 23:52
我不用Crystal
结合Multiwfn做周期性体系IRI分析用CP2K是首选

明白啦,谢谢sobereva老师,我用Crystal是因为后面有一部分需要用到Crystal的计算,所以目前还没用CP2K

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发表于 Post on 2024-5-7 09:34:09 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,IGMH分析能分析出H...H的范德华排斥吗?很多研究者只是给出一个小于2.4A的一个距离

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发表于 Post on 2024-5-7 11:05:35 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,IGMH分析能分析是把cub文件导入到vmd,这种情况如何修改原子的颜色呀?如镍原子是氮原子的蓝色,如何修改镍原子的颜色呀?

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发表于 Post on 2024-5-7 11:26:49 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2024-5-7 11:05
sob老师您好,IGMH分析能分析是把cub文件导入到vmd,这种情况如何修改原子的颜色呀?如镍原子是氮原子的蓝 ...

原子着色模型选element不要选name。

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发表于 Post on 2024-5-8 08:55:33 | 只看该作者 Only view this author
snljty2 发表于 2024-5-7 11:26
原子着色模型选element不要选name。

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-8 20:26:07 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2024-5-7 11:05
sob老师您好,IGMH分析能分析是把cub文件导入到vmd,这种情况如何修改原子的颜色呀?如镍原子是氮原子的蓝 ...

在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法
http://sobereva.com/624http://bbs.keinsci.com/thread-26306-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-8 20:26:33 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2024-5-7 09:34
sob老师您好,IGMH分析能分析出H...H的范德华排斥吗?很多研究者只是给出一个小于2.4A的一个距离

应该可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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谢谢sob老师

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发表于 Post on 2024-5-9 11:16:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-8 20:26
在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法
http://sobereva.com/624(http://bbs.keinsci.com/t ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2024-5-15 22:17:25 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,我在计算IGMH的时候发现IGMH的在氢键形成的区域有点δ值比较松散,且右边分子间作用距离水平轴有一定的距离,和IGM的图形对比有这两方面的差异,不知道这样的结果是否可靠呢

IGMHscatter.png (62.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 53)

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IGMscatter.png (36.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 54)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-16 00:53:44 | 只看该作者 Only view this author
wang_ 发表于 2024-5-15 22:17
各位老师,我在计算IGMH的时候发现IGMH的在氢键形成的区域有点δ值比较松散,且右边分子间作用距离水平轴有 ...

始终先看等值面图,散点图根本就是无所谓的事,在我来看都没什么观看的必要
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发表于 Post on 2024-5-16 09:19:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-16 00:53
始终先看等值面图,散点图根本就是无所谓的事,在我来看都没什么观看的必要

好的,明白了,sobereva老师,等值面图没有什么问题,只是觉得散点图有点问题,多谢解惑

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发表于 Post on 2024-5-16 20:38:06 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wang_ 于 2024-5-16 20:43 编辑

sobereva老师,请问下进行AIM分析时,只显示体系中心分子附近的零界点和键径,为什么键径上有很多条线,而且键径会交叉重叠,这算正常吗,因为我看到的图似乎键径都是穿过零界点直接与另一个原子连接

键径.jpg (511.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 60)

键径.jpg

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发表于 Post on 2024-5-16 21:29:05 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我参考您的博文:使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析,对几个例子进行了能量分解,结果都正常。但是对自己计算的一个二聚体进行能量分解时,所有能量都为0,请问是什么原因呢

202405162126203805..png (73.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 50)

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result.txt

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