简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-20 19:11:32

kimariyb 发表于 2024-9-20 11:13
卢老师，如果我还想定量分析 N 原子位点的空间位阻，有没有什么好的方法呢

空间位阻分析这种事都得结合实际体系实际问题来说，情况各有不同
没前提的情况下只能说可行的做法包括IGMH/IRI分析、NBO的steric分析、考察能量分解中的交换互斥项，以及设计一些特殊的模型讨论（参考J. Am. Chem. Soc. 2021, 143, 49, 20837–20848）

Nankaier · 发表于 Post on 2024-10-3 11:50:37

各位老师，484博文中通过使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量，结构优化时使用了赝势基组、溶剂模型以及色散矫正，那么在输入计算单点任务的关键词时，需要考虑需赝势基组、溶剂模型以及色散矫正吗？如果需要的话，那么要按照什么格式输入呢？

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-4 00:28:26

Nankaier 发表于 2024-10-3 11:50
各位老师，484博文中通过使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量，结构优化时使用了 ...

不需要非得一致
而且DFT-D色散校正不影响概念密度泛函相关的量的结果，因为结构没变化
基组用def2系列最省事，支持几乎全周期表，第五周期开始直接就是赝势基组

Nankaier · 发表于 Post on 2024-10-5 17:15:44

sobereva 发表于 2024-10-4 00:28
不需要非得一致
而且DFT-D色散校正不影响概念密度泛函相关的量的结果，因为结构没变化
基组用def2系列 ...

收到，谢谢老师的耐心解答！

hzfish · 发表于 Post on 2024-11-15 21:29:40

绘制带极值点的静电势着色的分子范德华表面图，对泛函和基组选择有要求吗？
我用r2SCAN-3c计算得到的molden，绘制图，Hirshfeld charge为正值的上方的极值点为负值。
另外surfanalysis.pdb文件中该正值的地方有负值，该负值的地方有正值。

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-16 00:31:48

hzfish 发表于 2024-11-15 21:29
绘制带极值点的静电势着色的分子范德华表面图，对泛函和基组选择有要求吗？
我用r2SCAN-3c计算得到的mold ...

r2SCAN-3c的波函数原理上可以用于这种分析
Hirshfeld原子电荷为正，和这个原子附近有没有负值的表面极值点是两回事。画个表面静电势填色图，是什么情况一目了然。
原子电荷衡量的是原子的整体带电情况，并不体系表面静电势局部分布如何。比如存在sigma-hole的卤素原子，Hirshfeld电荷一般为负，而sigma-hole区域一般静电势为正

qczcb2 · 发表于 Post on 2024-12-3 19:26:47

本帖最后由 qczcb2 于 2024-12-4 15:04 编辑

sob老师好，在ubuntu24.04.1LTS中使用orca6.0.0和multiwfn3.8（dev)update date: 2024-Dec-2 对苯酚计算CDFT定义的各种量时，选择生成orca的输入文件并计算时得不到wfn文件，gbw和wfn都会被删除。换回orca5.0.4能正常使用。尝试手动计算并用multiwfn转化得到wfn后，计算得到的CDFT.txt文件中Electrophilicity 均为NaN，s-、s+、s0、s(2)为Infinity，s+/s- s-/s+为NaN。输入为：phenol.xyz

22 //计算CDFT里定义的各种量

-2 //选择软件

2 //orca
1  //产生波函数文件
[直接按回车]  //B3LYP/G 6-31G*，
[直接按回车]  //默认的0 1、-1 2和1 2

y

Note: the E(HOMO) of TCE used for evaluating nucleophilicity index is the value evaluated at B3LYP/6-31G* level

Hirshfeld charges, condensed Fukui functions and condensed dual descriptors
Units used below are "e" (elementary charge)
   Atom    q(N) q(N+1) q(N-1)    f-    f+    f0    CDD
   1(C )  -0.0590  -0.1187 0.0851 0.1441 0.0597 0.1019  -0.0844
   2(C )  -0.0391  -0.1676 0.0268 0.0659 0.1284 0.0972 0.0625
   3(C )  -0.0596  -0.1872 0.0319 0.0915 0.1276 0.1096 0.0360
   4(C ) 0.0736 0.0215 0.1736 0.1000 0.0521 0.0760  -0.0479
   5(C )  -0.0730  -0.1956 0.0092 0.0822 0.1225 0.1024 0.0403
   6(C )  -0.0416  -0.1729 0.0335 0.0751 0.1313 0.1032 0.0562
   7(H ) 0.0417  -0.0047 0.0993 0.0576 0.0464 0.0520  -0.0112
   8(H ) 0.0450  -0.0193 0.0904 0.0455 0.0642 0.0548 0.0188
   9(H ) 0.0473  -0.0160 0.0953 0.0480 0.0634 0.0557 0.0154
10(H ) 0.0388  -0.0230 0.0854 0.0466 0.0618 0.0542 0.0151
11(H ) 0.0444  -0.0208 0.0914 0.0470 0.0652 0.0561 0.0182
12(O )  -0.1976  -0.2442  -0.0513 0.1463 0.0466 0.0965  -0.0997
13(H ) 0.1790 0.1483 0.2293 0.0502 0.0307 0.0405  -0.0195

Condensed local electrophilicity/nucleophilicity index (e*eV)
   Atom             Electrophilicity       Nucleophilicity
   1(C )                   NaN                0.45743
   2(C )                   NaN                0.20931
   3(C )                   NaN                0.29056
   4(C )                   NaN                0.31731
   5(C )                   NaN                0.26097
   6(C )                   NaN                0.23839
   7(H )                   NaN                0.18286
   8(H )                   NaN                0.14433
   9(H )                   NaN                0.15226
10(H )                   NaN                0.14801
11(H )                   NaN                0.14908
12(O )                   NaN                0.46439
13(H )                   NaN                0.15950

Condensed local softness (e/Hartree), relative electrophilicity/nucleophilicity (dimensionless) and condensed local hyper-softness (e/Hartree^2)
   Atom       s-       s+       s0       s+/s-    s-/s+    s(2)
   1(C ) Infinity Infinity Infinity       NaN       NaN -Infinity
   2(C ) Infinity Infinity Infinity       NaN       NaN Infinity
   3(C ) Infinity Infinity Infinity       NaN       NaN Infinity
   4(C ) Infinity Infinity Infinity       NaN       NaN -Infinity
   5(C ) Infinity Infinity Infinity       NaN       NaN Infinity
   6(C ) Infinity Infinity Infinity       NaN       NaN Infinity
   7(H ) Infinity Infinity Infinity       NaN       NaN -Infinity
   8(H ) Infinity Infinity Infinity       NaN       NaN Infinity
   9(H ) Infinity Infinity Infinity       NaN       NaN Infinity
10(H ) Infinity Infinity Infinity       NaN       NaN Infinity
11(H ) Infinity Infinity Infinity       NaN       NaN Infinity
12(O ) Infinity Infinity Infinity       NaN       NaN -Infinity
13(H ) Infinity Infinity Infinity       NaN       NaN -Infinity

E(N):       0.000000 Hartree
E_HOMO(N):    -0.218541 Hartree, -5.9468 eV
E_HOMO(N+1): 0.161407 Hartree, 4.3921 eV
First vertical IP:    0.000000 Hartree, 0.0000 eV
First vertical EA:    0.000000 Hartree, 0.0000 eV
Mulliken electronegativity:    0.000000 Hartree, 0.0000 eV
Chemical potential:          0.000000 Hartree, 0.0000 eV
Hardness (=fundamental gap): 0.000000 Hartree, 0.0000 eV
Softness:    Infinity Hartree^-1,  Infinity eV^-1
Softness^2: Infinity Hartree^-2,  Infinity eV^-2
Electrophilicity index:       NaN Hartree,    NaN eV
Nucleophilicity index:    0.116657 Hartree, 3.1744 eV

sobereva · 发表于 Post on 2024-12-4 17:10:14

qczcb2 发表于 2024-12-3 19:26
sob老师好，在ubuntu24.04.1LTS中使用orca6.0.0和multiwfn3.8（dev)update date: 2024-Dec-2 对苯酚计算CDF ...

ORCA 6.0.1有bug，用aim关键词无法产生wfn文件，建议去ORCA论坛反馈bug
当前情况，需要自己用ORCA批量运行Multiwfn产生的N/N+1/N-1.inp，然后用比如orca_2aim N把N.gbw转成N.wfn，N-1和N+1也如此，之后用Multiwfn分析。

15670538028 · 发表于 Post on 2024-12-11 11:37:58

老师您好，我研究的体系是加入两个过剩电子后包合物（笼分子中又含有四个小分子）中的反应，其中两个过剩电子在包合物中各个分子均有分布，想探索加入过剩电子后，包合物中有两分子吸附前后的电荷转移和轨道作用情况，如果用Multiwfn中的CDD电荷转移和轨道相互作用分析，过剩电子似乎没办法当成一个片段划分？或者有没有更适合这个体系的分析方法呢？

sobereva · 发表于 Post on 2024-12-11 23:26:25

15670538028 发表于 2024-12-11 11:37
老师您好，我研究的体系是加入两个过剩电子后包合物（笼分子中又含有四个小分子）中的反应，其中两个过剩电 ...

计算片段电荷，看各个片段带净电荷情况，CDA等分析时让片段带电情况与整体中尽可能接近。注意计算电荷分布时要用wB97XD等离域性误差很小的泛函，避免过剩电子过度、虚假地离域分布。

rainppccino · 发表于 Post on 2024-12-23 11:32:14

sob老师您好，我用ORCA和Multiwfn的懒人脚本计算小分子的RESP电荷时，如果不知道小分子的净电荷量是多少，有方法能够得到净电荷量吗？
对于自旋多重度，我使用懒人脚本中的参数，接着设置电荷为0，用ORCA计算不同自旋多重度时小分子的能量，然后选择能量最低的自旋多重度，这个判断方法可以吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-12-23 14:26:15

rainppccino 发表于 2024-12-23 11:32
sob老师您好，我用ORCA和Multiwfn的懒人脚本计算小分子的RESP电荷时，如果不知道小分子的净电荷量是多少， ...

净电荷只有你自己知道，算什么态是你自己决定的
可以对比不同自旋多重度的能量，但对于绝大多数体系（至少是有机体系），有常识的人一眼就能看出来自旋多重度该是多少

LittlePupil · 发表于 Post on 2025-1-2 22:11:36

请问sob老师，在125号博文中提到的第二个例子“屏蔽掉格点文件的一部分区域”该如何通过Multiwfn实现？
我看到有修改范德华半径的特定倍数范围内的值的功能，但还是想问问能不能修改指定空间范围内的值（如示例中的“x>0的区域”）。

sobereva · 发表于 Post on 2025-1-3 00:45:32

LittlePupil 发表于 2025-1-2 22:11
请问sob老师，在125号博文中提到的第二个例子“屏蔽掉格点文件的一部分区域”该如何通过Multiwfn实现？
我 ...

没有那个功能
可以自己写个代码根据需要处理cube文件，没什么难的，可参考
Gaussian型cube文件简介及读、写方法和简单应用
http://sobereva.com/125

LittlePupil · 发表于 Post on 2025-1-3 23:27:18

sobereva 发表于 2025-1-3 00:45
没有那个功能
可以自己写个代码根据需要处理cube文件，没什么难的，可参考
Gaussian型cube文件简介及读 ...

谢谢sob老师，这篇博文里对Gaussian型cube文件结构的解读很有帮助。

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