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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-20 05:59:43 | 只看该作者 Only view this author
ZYYYYC 发表于 2024-9-19 17:51
我自己手动输入200 3 180-181 2 1能出来,但是用这个就txt文件就报错,手动输入可以出来cue文件,放 ...

以后发帖别用“大佬请问一下这个一直报错”这种标题,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html

仔细阅读下文搞清楚命令行方式运行的逻辑,根据原理排查。命令行下运行看提示,甭写pause
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html

“cue文件”什么鬼

不要用“也不出orb”这种含糊不明的描述
仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

哪能就写一个showorb.vmd,source上哪去了?仔细一个字一个字看下文,该说的全都说得清清楚楚,甚至连视频都给了
使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图(含视频演示)
http://sobereva.com/447http://bbs.keinsci.com/thread-11122-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-9-20 11:13:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-8-31 06:05
算N附近的静电势极小点(主要由孤对电子导致和贡献)的静电势数值,越负说明越亲核,参考下文
使用Multi ...

卢老师,如果我还想定量分析 N 原子位点的空间位阻,有没有什么好的方法呢
KimariYB, Postgraduate, XiaMen University
School of Electronic Science and Engineering (National Model Microelectronics College)
Research interests: theoretical and computational chemistry and machine learning

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-20 19:11:32 | 只看该作者 Only view this author
kimariyb 发表于 2024-9-20 11:13
卢老师,如果我还想定量分析 N 原子位点的空间位阻,有没有什么好的方法呢

空间位阻分析这种事都得结合实际体系实际问题来说,情况各有不同
没前提的情况下只能说可行的做法包括IGMH/IRI分析、NBO的steric分析、考察能量分解中的交换互斥项,以及设计一些特殊的模型讨论(参考J. Am. Chem. Soc. 2021, 143, 49, 20837–20848)
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发表于 Post on 2024-10-3 11:50:37 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,484博文中通过使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量,结构优化时使用了赝势基组、溶剂模型以及色散矫正,那么在输入计算单点任务的关键词时,需要考虑需赝势基组、溶剂模型以及色散矫正吗?如果需要的话,那么要按照什么格式输入呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-4 00:28:26 | 只看该作者 Only view this author
Nankaier 发表于 2024-10-3 11:50
各位老师,484博文中通过使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量,结构优化时使用了 ...

不需要非得一致
而且DFT-D色散校正不影响概念密度泛函相关的量的结果,因为结构没变化
基组用def2系列最省事,支持几乎全周期表,第五周期开始直接就是赝势基组
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发表于 Post on 2024-10-5 17:15:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-4 00:28
不需要非得一致
而且DFT-D色散校正不影响概念密度泛函相关的量的结果,因为结构没变化
基组用def2系列 ...

收到,谢谢老师的耐心解答!

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发表于 Post on 2024-11-15 21:29:40 | 只看该作者 Only view this author
绘制带极值点的静电势着色的分子范德华表面图,对泛函和基组选择有要求吗?
我用r2SCAN-3c计算得到的molden,绘制图,Hirshfeld charge为正值的上方的极值点为负值。
另外surfanalysis.pdb文件中该正值的地方有负值,该负值的地方有正值。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 7 day ago | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2024-11-15 21:29
绘制带极值点的静电势着色的分子范德华表面图,对泛函和基组选择有要求吗?
我用r2SCAN-3c计算得到的mold ...

r2SCAN-3c的波函数原理上可以用于这种分析
Hirshfeld原子电荷为正,和这个原子附近有没有负值的表面极值点是两回事。画个表面静电势填色图,是什么情况一目了然。
原子电荷衡量的是原子的整体带电情况,并不体系表面静电势局部分布如何。比如存在sigma-hole的卤素原子,Hirshfeld电荷一般为负,而sigma-hole区域一般静电势为正
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