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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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发表于 Post on 2025-1-9 21:59:40 | 只看该作者 Only view this author
您好,我想定量来计算这几个分子的离域性。因为这里面包含没有环的,所以目前想用ODI计算相应离域指数,但是又不知道该计算哪个轨道的离域指数,请问老师有什么建议呢?

202501092131052845..png (13.43 KB, 下载次数 Times of downloads: 43)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-10 00:34:04 | 只看该作者 Only view this author
萌兔子酱 发表于 2025-1-9 21:59
您好,我想定量来计算这几个分子的离域性。因为这里面包含没有环的,所以目前想用ODI计算相应离域指数,但 ...

“离域性”指代不明。电子的离域性和特定轨道的离域性是两码事,ODI衡量的是后者。仅仅一个轨道的离域性无法多电子体系的电子离域性。而且怎么衡量离域性取决于具体想说明什么,没这个前提没法说离域性怎么考察、对比。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-1-10 11:42:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-10 00:34
“离域性”指代不明。电子的离域性和特定轨道的离域性是两码事,ODI衡量的是后者。仅仅一个轨道的离域性 ...

谢谢老师回复,
最初的想法是想定量比较这几个分子的电子离域性,想给出特定的数值比较,从而说明几个分子离域程度大小

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发表于 Post on 2025-1-10 19:38:57 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,我在做CDA分析,主要想考察Frag.2对整个complex的影响,由于Frag.1较大,因此绘制轨道相互作用图时轨道过多,

我想把仅由Frag.1作用的部分去图上去除,即图中红框出来的没有Frag2与complex连接的部分,请问老师可以实现吗


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发表于 Post on 2025-1-10 21:48:11 | 只看该作者 Only view this author
最近用Multiwfn计算ESP遇到了点问题,如图是我在gaussview里生成的ESP图,这里右上角这个0.175e0是指最大ESP值位为0.175嘛?这个单位是a.u.吗?然后第二个是我用Multiwfn计算的,图中显示的最大值是0.1938a.u.,不知道是不是矛盾,谢谢各位老师解答

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-11 00:27:34 | 只看该作者 Only view this author
xiaobai1 发表于 2025-1-10 21:48
最近用Multiwfn计算ESP遇到了点问题,如图是我在gaussview里生成的ESP图,这里右上角这个0.175e0是指最大ES ...

甭管GaussView
要画表面静电势图按下文的方法
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)
http://sobereva.com/443http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-11 00:28:00 | 只看该作者 Only view this author
萌兔子酱 发表于 2025-1-10 11:42
谢谢老师回复,
最初的想法是想定量比较这几个分子的电子离域性,想给出特定的数值比较,从而说明几个分 ...

这种描述、目的太含糊,没法告诉你怎么定量对比。应当先多了解电子离域性的本质和各种衡量方法(ELF、费米穴、多中心键级、离域化指数等)的角度和特点。相关知识在量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班(http://www.keinsci.com/WFN)里有全面深入讲解
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-11 00:42:39 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2025-1-10 19:38
请问老师,我在做CDA分析,主要想考察Frag.2对整个complex的影响,由于Frag.1较大,因此绘制轨道相互作用图 ...

可以
Multiwfn提供了足够灵活的定义连线和显示横杠的模式,下文末尾说了
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
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发表于 Post on 2025-1-11 08:49:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-11 00:27
甭管GaussView
要画表面静电势图按下文的方法
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面 ...

好的sob老师,那我用multiwfn算的吧,但是我还有个问题,最近看文献的时候 这种N+的阳离子的ESP,我看到了好几种版本,具体如图1,2和3;图1和2都是b3lyp/6-311系列算的,然后图3是ωB97XD //6-311系列,图1和图2的单位都是eV,N+附件都是在0.2eV左右,但是图3的单位是Kcal/mol,然后根据图3数据换算,这个C=O周围的ESP值都在1-2eV了,具体到N+周围的话显然会更大,可能都有3-4eV了,和图1和图2差了一个数量级,然后我自己最近用multiwfn算了个阳离子的ESP极大值,如上问您的,其实也有0.1938a.u.了,换算一下也差不多3-4eV了,不知道我这种数据对不对,我的想法是一般N+周围就算有差距,也不至于差这么多吧,因为主要正电荷肯定分布在这周围嘛,还请sob老师赐教

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-11 22:08:26 | 只看该作者 Only view this author
xiaobai1 发表于 2025-1-11 08:49
好的sob老师,那我用multiwfn算的吧,但是我还有个问题,最近看文献的时候 这种N+的阳离子的ESP,我看到 ...

带净电荷的离子体系的表面静电势数量级和中性体系有天壤之别,以正确方法算出来是多少就是多少
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发表于 Post on 2025-1-12 12:45:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-11 22:08
带净电荷的离子体系的表面静电势数量级和中性体系有天壤之别,以正确方法算出来是多少就是多少

sob老师您好,图中的都是带一个正电荷的,然后我用重复了第一张图片上的计算结果,发现确实用Multiwfn给出的结果和图中的0.177eV差了一个数量级(理论上图2的用这种方法算出来应该也是会比图中的大一个数量级,因为都带正电荷了,由于结构复杂就没重复)然后图3的我也重复了,结果和他差不多,现在就是有点困惑,到底哪种是对的,此外,gaussview给出的那个bar值的上下限单位是a.u.嘛,还请sob老师赐教

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-13 00:47:06 | 只看该作者 Only view this author
xiaobai1 发表于 2025-1-12 12:45
sob老师您好,图中的都是带一个正电荷的,然后我用重复了第一张图片上的计算结果,发现确实用Multiwfn给 ...

我不回答GaussView的问题,我只用Multiwfn+VMD绘制表面静电势图,这是最佳选择

仔细看此文
谈谈重复不出来计算化学文献里的数据的可能原因
http://sobereva.com/678http://bbs.keinsci.com/thread-38911-1-1.html

我没时间看那个文献,我对那文献也完全不感兴趣,更没时间试图做计算复现那文献的结果。我只能告诉你,正确使用Multiwfn、正确读取数据,实际算出来是什么就是什么,一定是对的。Multiwfn是目前做表面静电势分析被使用最广泛、极度成熟的程序。
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发表于 Post on 2025-1-21 04:55:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 2877321934 于 2025-1-21 05:53 编辑

请教老师几个关于波函数分析的问题:
1.分子内电荷转移(ICT)的程度是通过空穴-电子的D指数来衡量吗?D更大说明ICT更大吗?如果不是,可以用什么方法来衡量呢?2在计算双光子吸收问题中,假如我找到关键态x,想要解释两个分子的双光子吸收能力差异,做S0-Sx跃迁密度矩阵,看下两个分子的跃迁密度差异,并比较下两个分子的有差异的片段的片段跃迁偶极矩贡献,这些东西适合我的研究目标吗?
3定性比较一个分子在两种不同情况下(一个络合金属离子,一个不络合)电子激发过程中分子上特定基团作为电子给体,电子受体的能力(即您在极化率计算一节中提到的D-π-A中的D和A,以来解释两个分子的双光子吸收能力差异,这个可以用Multiwfn考察吗?搜了一圈论坛相似问题基本都是供/吸电子能力,跟我的问题不太一样。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-21 06:38:59 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2025-1-21 04:55
请教老师几个关于波函数分析的问题:
1.分子内电荷转移(ICT)的程度是通过空穴-电子的D指数来衡量吗?D更 ...

1 电子激发过程中片段间电荷转移百分比的计算
http://sobereva.com/398http://bbs.keinsci.com/thread-7585-1-1.html

2 可以尝试

3 可以尝试用Multiwfn通过IFCT方法(http://sobereva.com/433)把两种情况的最低一批激发态的这个片段的得电子量进行对比
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发表于 Post on 2025-1-21 06:46:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-21 06:38
1 电子激发过程中片段间电荷转移百分比的计算
http://sobereva.com/398(http://bbs.keinsci.com/thread ...

好滴,谢谢老师的指路与解惑。
放下

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