量子化学程序ORCA的安装方法

九曜 · 发表于 Post on 2023-4-1 10:27:11

乐平发表于 2021-7-28 22:46
Sob 老师好！
我按照此帖的步骤安装了 openmpi 4.1.1 版，

请问，我在学校超算的登陆节点上安装和测试 openmpi和mpi4py，在 from mpi4py import MPI 之后会有警告提示
WARNING: There was an error initializing an OpenFabrics device.

Local host: c01n03
Local device: mlx4_0
请问这种情况会影响后续的计算和并行么，这是什么原因导致的呢。

2532251334 · 发表于 Post on 2023-11-9 11:07:35

老师，我运行这个.inp文件，
! wB97M-V def2-TZVP def2/J RIJCOSX strongSCF grid5 gridx5 noautostart miniprint nopop
%maxcore  1000
%pal nprocs 4 end
* xyz 0 1
O    0.06428367 0.73237011 0.00000000
O    1.26567929 0.73237011 0.00000000
*
输出报错
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
                              INPUT ERROR
         UNRECOGNIZED OR DUPLICATED KEYWORD(S) IN SIMPLE INPUT LINE
                              GRID5 GRIDX5
         !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
[file orca_main/maininp4.cpp, line 11068]:
这个是啥问题？谢谢

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-11-9 11:17:48

2532251334 发表于 2023-11-9 11:07
老师，我运行这个.inp文件，
! wB97M-V def2-TZVP def2/J RIJCOSX strongSCF grid5 gridx5 noautostart mi ...

其实这些英文你都认识，只是不想细想，UNRECOGNIZED你肯定知道。你写的关键词是给ORCA 4用的，但你用的程序是ORCA 5。

Freeman · 发表于 Post on 2023-11-9 13:56:29

九曜发表于 2023-4-1 10:27
请问，我在学校超算的登陆节点上安装和测试 openmpi和mpi4py，在 from mpi4py import MPI 之后会有警告提 ...

我用orca时经常遇到，没影响。

2532251334 · 发表于 Post on 2023-11-9 21:25:48

zjxitcc 发表于 2023-11-9 11:17
其实这些英文你都认识，只是不想细想，UNRECOGNIZED你肯定知道。你写的关键词是给ORCA 4用的，但你用的程 ...

好的，明白了。谢谢

rendong · 发表于 Post on 2024-4-24 21:17:03

老师好，我想问一下 ORCA 5.0.4用openmpi4.0.4并行计算可以吗？
因为学校集群升级，我自己装的openmpi4.1.1不能用了，再次安装也没成功，但是可以调用集群自带的openmpi4.0.4。
对比之后发现用openmpi4.0.4并行ORCA 5.0.4可以正常结束，但是PWPB95 D3 def2-TZVPP级别下得到的总能量和openmpi4.1.1并行的结果有微小差异。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-4-24 23:52:01

rendong 发表于 2024-4-24 14:17
老师好，我想问一下 ORCA 5.0.4用openmpi4.0.4并行计算可以吗？
因为学校集群升级，我自己装的openmpi4.1. ...

微小差异是多小？和http://sobereva.com/88里的例子在一个量级吗？

rendong · 发表于 Post on 2024-4-27 13:39:04

wzkchem5 发表于 2024-4-24 23:52
微小差异是多小？和http://sobereva.com/88里的例子在一个量级吗？

老师您好，这两天我用一个大体系在几种情况下分别跑了一次，得到的差异如下：
用openmpi4.1.1并行ORCA5.0.4单节点计算总能量为-5447.735320425589

用openmpi4.0.4_gcc_4.8.5单节点总能量为-5447.735320453499
用openmpi4.0.4_gcc_4.8.5双节点总能量为-5447.735320460084
用openmpi4.0.4_intel_2020单节点总能量为-5447.735320450008
用openmpi4.0.4_intel_2020双节点总能量为-5447.735320486322
比http://sobereva.com/88里的例子高4个数量级

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-4-27 15:40:57

rendong 发表于 2024-4-27 06:39
老师您好，这两天我用一个大体系在几种情况下分别跑了一次，得到的差异如下：
用openmpi4.1.1并行ORCA5. ...

这几个计算的迭代次数是否有区别？DIIS、SOSCF、TRAH等开启的时机是否有区别？
可能有一些特别小的数值误差导致不同计算的SCF迭代次数差一步，多迭代的那一步对能量的影响就远不止machine precision的量级了，而是和SCF收敛限在一个量级。
此外，PWPB95的能量对SCF波函数不是变分的（因为有PT2项），所以PWPB95的能量误差和波函数误差的一次方成正比，但非双杂化泛函是二次方，这个可能也是你这里误差比sob老师的例子大很多的原因之一

wilely · 发表于 Post on 2024-5-4 10:23:27

请问下，在个人笔记本（AMD 2G，8核）上做DFT计算6-31G**基组，ORCA结构优化能算多大体系？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-5-4 16:31:58

wilely 发表于 2024-5-4 03:23
请问下，在个人笔记本（AMD 2G，8核）上做DFT计算6-31G**基组，ORCA结构优化能算多大体系？

按https://mattermodeling.stackexch ... r-calcula/6100#6100的方法估算

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-4 17:14:07

wilely 发表于 2024-5-4 10:23
请问下，在个人笔记本（AMD 2G，8核）上做DFT计算6-31G**基组，ORCA结构优化能算多大体系？

这种问题没确切意义，取决于最长你能等多长时间、什么泛函（纯泛函、杂化、双杂化），具体什么AMD CPU，什么类型体系，每个因素都对答案能有好几倍的影响

zyy1997 · 发表于 Post on 2024-6-13 16:25:37

本帖最后由 zyy1997 于 2024-6-13 17:33 编辑

如图所示，mpi的版本是4.1.1，which ORCA也可以which到，可以我想进行多核计算就是报错。按照sob说的更改环境变量还是不行。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-6-13 16:58:19

zyy1997 发表于 2024-6-13 09:25
如图所示，mpi的版本是4.1.1，which ORCA也可以which到，可以我想进行多核计算就是报错。按照sob说的更改环 ...

光给这几行输出文件不能唯一确定报错原因，还需要给出前面几十行

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-6-13 17:03:02

zyy1997 发表于 2024-6-13 16:25
如图所示，mpi的版本是4.1.1，which ORCA也可以which到，可以我想进行多核计算就是报错。按照sob说的更改环 ...

你写了40核，每核1GB内存，检查一下自己机器上是否真的有这么多资源可用。另外，要尝试并行是否能跑，计算一个水分子用2~4核就够了。

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