量子化学程序ORCA的安装方法

赵云跳槽

abin 发表于 2021-4-22 11:44
这个示例可以了吧?

膜拜大佬

后来看Sob的博文还是搞定了
将原来的
export PATH=$PATH:/home/user/software/openmpi-4.0.3/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/user/software/openmpi-4.0.3/lib
改成了
export PATH=/home/user/software/openmpi-4.0.3/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/user/software/openmpi-4.0.3/lib:$LD_LIBRARY_PATH
就没出现ifort和OpenMPI冲突的问题了

abin

赵云跳槽 发表于 2021-4-22 12:29
膜拜大佬

后来看Sob的博文还是搞定了

自定义PATH,
顺序都能搞反, 我猜你是喝多了.

pzl

老师，我make install 后有几个错误，然后，检查这个OpenMPI，它有图片的提交bug，可以继续安装嘛

pzl

pzl 发表于 2021-4-26 17:36
老师，我make install 后有几个错误，然后，检查这个OpenMPI，它有图片的提交bug，可以继续安装嘛[/backcol ...

我知道了，应该是编译器版本什么的问题，我去下新版本的OpenMPI了，不麻烦老师了

wuyiyyyy

老师您好，请问我下载了win版的orca，解压之后得到一个orca命名的文件夹。然后安装了MSMPI 10.0。
我把那个测试文件H2CO.inp也放在orca文件夹下，在cmd界面输入D:\ORCA\orca H2CO.inp > H2CO.out
然后就是
[file orca_main/run.cpp, line 9893]: Cannot open input file: H2CO.inp
报错，请问可以怎么解决呢？

snljty

wuyiyyyy 发表于 2021-5-31 11:14
老师您好，请问我下载了win版的orca，解压之后得到一个orca命名的文件夹。然后安装了MSMPI 10.0。
我把那 ...

测试文件放在orca文件夹干嘛，按你截图的命令，应该在当前目录下，也就是C:\Users\FWT里。不过不要这么干，尤其如果报错，你的用户家目录里会多一大堆临时文件。新建一个目录，放入输入文件，cd进去后再跑。

wuyiyyyy

snljty 发表于 2021-5-31 12:31
测试文件放在orca文件夹干嘛，按你截图的命令，应该在当前目录下，也就是C:%users\FWT里。不过不要这么干 ...

我把输入文件也给了一个绝对路径就可以跑起来了

zjxitcc

wuyiyyyy 发表于 2021-5-31 13:31
我把输入文件也给了一个绝对路径就可以跑起来了

应养成习惯，进入输入文件所在目录 再执行任务；也不要在程序目录里执行任务。如果不懂如何切换目录，自己搜索几分钟就学会了。

qinsc

老师您好，我在运行ORCA5.0.0的时候报错

*** An error occurred in MPI_Type_match_size
*** reported by process [795541505,1]
*** on communicator MPI_COMM_WORLD
*** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
*** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (processes in this communicator will now abort,
***    and potentially your MPI job)
PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2198
2 more processes have sent help message help-mpi-errors.txt / mpi_errors_are_fatal
Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run

openmpi4.1.1是按照3.1.3的方法安装的，安装完成后which mpirun 也显示是4.1.1版本
orca单核计算是没问题的，设置多核就会出现上述报错。

wzkchem5

qinsc 发表于 2021-7-2 07:47
老师您好，我在运行ORCA5.0.0的时候报错

*** An error occurred in MPI_Type_match_size

建议在orca论坛上提问，https://orcaforum.kofo.mpg.de/viewforum.php?f=9
并给出更详细的信息，例如PATH、LD_LIBRARY_PATH变量的设置等等

qinsc

wzkchem5 发表于 2021-7-2 14:50
建议在orca论坛上提问，https://orcaforum.kofo.mpg.de/viewforum.php?f=9
并给出更详细的信息，例如PAT ...

#openmpi
export PATH=$PATH:/home/abc/openmpi411/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/abc/openmpi411/lib
#openmpi

#orca
export PATH=$PATH:/home/abc/orca500
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/abc/orca500
alias orca='/home/abc/orca500/orca'
#orca

influenza

openmpi 4.1.1编译不成功，求助！
请问各位老师，按照卢老师给的信息，编译输入 make all install 之后，编译最后一段显示很多的"nothing to be done for "xx"
这是怎么回事?
还有，openmpi是对Linux的shared 和非shared版本都需要的吧？安装不成功就无法在linux上使用orca,捉急啊。
谢谢了！

zjxitcc

influenza 发表于 2021-7-3 10:53
openmpi 4.1.1编译不成功，求助！
请问各位老师，按照卢老师给的信息，编译输入 make all install 之后， ...

nothing to be done不是错误，正常输出。如果你还觉得哪里有错误，最好直接截图展示之。

注：若中间某一步有错误 停下来截图展示，不要去执行下一步。

shared版ORCA体积小，当然选这个了。

influenza

zjxitcc 发表于 2021-7-3 11:03
nothing to be done不是错误，正常输出。如果你还觉得哪里有错误，最好直接截图展示之。

注：若中间某 ...

感谢您的回复！
编译完毕之后，也在bashrc中加入了路径，如下图所示。
但是输入openmpiexec -V时，提示“Command not found.”

zjxitcc

influenza 发表于 2021-7-3 13:12
感谢您的回复！
编译完毕之后，也在bashrc中加入了路径，如下图所示。
但是输入openmpiexec -V时，提示 ...

你的gview.exe前后单引号跨得太远了，中间openmpi环境变量颜色都异常了没看出来么