量子化学程序ORCA的安装方法

wzkchem5

waker 发表于 2022-6-30 03:15
请老师看看

我已经在另一个帖子里告诉你报错原因了

winnerwill

乐平 发表于 2021-7-29 10:55
谢谢！

openmpi 总是显示那么多 warning，看着很碍眼。

碍眼的warnings，可以在适当位置，类似这样来屏蔽：

1. 
   
2. export OMPI_MCA_btl_openib_allow_ib=true
   
3. export OMPI_MCA_btl=^openib,ofi
   
4. export OMPI_MCA_mtl=^ofi
   

复制代码

火车头

请问集群里安装应该怎么操作呢

wzkchem5

火车头 发表于 2022-12-20 03:18
请问集群里安装应该怎么操作呢

视具体集群而定，没有通用的安装方法
应该咨询你们集群的管理员，他们可以根据orca的单机安装方法，告诉你在你们集群上怎么装

火车头

wzkchem5 发表于 2022-12-20 15:23
视具体集群而定，没有通用的安装方法
应该咨询你们集群的管理员，他们可以根据orca的单机安装方法，告诉 ...

好的，谢谢！

scprosper

请问Windows安装ORCA时，MSMPI无法安装应该怎么解决(单核可以跑)，如下图：

sobereva

scprosper 发表于 2023-1-3 13:50
请问Windows安装ORCA时，MSMPI无法安装应该怎么解决(单核可以跑)，如下图：

google搜报错试图找解决办法
最糟糕的情况需要重装系统。被迫与其这样，倒不如在虚拟机或WSL里运行Linux版ORCA

Eudaimonia

我按照本帖安装ORCA后，运行测试例子报错，提示：
ORCA finished by error termination in GTOInt
Calling Command: mpirun -np 4  /home/luo/soft/ORCA503/orca_gtoint_mpi test.int.tmp test
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
  .... aborting the run

应该是mpi安装有问题

但是查看服务器上mpi版本显示：
[luo@luo-workstation testl$ mpiexec -V
mpiexec (OpenRTE) 4.1.1
Report bugs tohttp://www.open-mpi.org/community/help/
[luo@luo-workstation testl$ which mpiexec
~/soft/cp2k-2022.1/tools/toolchain/install/openmpi-4.1.1/bin/mpiexec


应该是指向了cp2k安装时使用的openmpi，但是无法用来运行orca

尝试重新编译openmpi，将主贴中mpi安装的命令修改为
./configure --prefix=/home/luo/soft/openmpi411 --disable-builtin-atomics
后运行，正常编译，没有报错

在.bashrc中添加
export PATH=$PATH:/home/luo/soft/openmpi411/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/luo/soft/openmpi411/lib
后，重新打开终端，没有报错，但是运行算例仍然提示相同报错，使用which mpiexec指令查看还是指向cp2k的openmpi
更改.bashrc添加语句为：
export PATH=/home/luo/soft/openmpi411/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/luo/soft/openmpi411/lib:$LD_LIBRARY_PATH
保存重启终端，仍然指向cp2k的openmpi

直接更改cp2k文件夹名字，此时重启终端后，which mpiexec 显示指向刚才安装的openmpi，但是还是无法运行测试算例，报错语句相同


请问老师这种情况后续应该怎么处理？

wzkchem5

Eudaimonia 发表于 2023-1-21 06:20
我按照本帖安装ORCA后，运行测试例子报错，提示：
ORCA finished by error termination in GTOInt
Callin ...

ORCA finished by error termination in GTOInt并不必然是因为MPI安装有问题，得贴出之前几十行的错误信息才能判断

Eudaimonia

wzkchem5 发表于 2023-1-21 16:27
ORCA finished by error termination in GTOInt并不必然是因为MPI安装有问题，得贴出之前几十行的错误信 ...

截取的部分报错信息如下，在往上感觉应该不是报错信息，完整输出文件见附件，麻烦老师了！

----------------------------
CARTESIAN COORDINATES (A.U.)
----------------------------
  NO LB      ZA    FRAG     MASS         X           Y           Z
   0 C     6.0000    0    12.011    0.000000    0.000000   -1.062424
   1 H     1.0000    0     1.008    0.000000   -1.746953   -2.080788
   2 H     1.0000    0     1.008   -0.000000    1.746953   -2.080788
   3 O     8.0000    0    15.999    0.000000    0.000000    1.315607

4 total processes failed to start

ORCA finished by error termination in GTOInt
Calling Command: mpirun -np 4  /home/luo/soft/ORCA503/orca_gtoint_mpi test.int.tmp test
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
  .... aborting the run

sobereva

Eudaimonia 发表于 2023-1-21 16:34
截取的部分报错信息如下，在往上感觉应该不是报错信息，完整输出文件见附件，麻烦老师了！

---------- ...

大概率是MPI库的问题

不要让CP2K自动装OpenMPI
应当自己手动装OpenMPI，确保ORCA能正常并行。然后装CP2K的时候直接用--with-openmpi=system使用机子里面已经装好的OpenMPI

建议你把CP2K删了再按照上面说的重新搞一遍

renzhogn424

Eudaimonia 发表于 2023-1-21 13:20
我按照本帖安装ORCA后，运行测试例子报错，提示：
ORCA finished by error termination in GTOInt
Callin ...

感觉不是MPI的问题，还有一点，CP2K自动安装的好像是MPICH而不是openmpi呀？。。。

你试试单线程运行呢？？？如果单线程没问题再试试双线程？

Eudaimonia

renzhogn424 发表于 2023-1-21 20:30
感觉不是MPI的问题，还有一点，CP2K自动安装的好像是MPICH而不是openmpi呀？。。。

你试试单线程运行 ...

我这边指向的就是openmpi诶

单线程可以跑的，使用
%pal nprocs  2 end
指定2线程报错，错误和上面相同

Eudaimonia

sobereva 发表于 2023-1-21 19:23
大概率是MPI库的问题

不要让CP2K自动装OpenMPI

好的，我再试试

谢谢sob老师

renzhogn424

Eudaimonia 发表于 2023-1-21 22:34
我这边指向的就是openmpi诶

单线程可以跑的，使用

这样啊，那可能就是cp2k的设置把你.bashrc的盖掉了。