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楼主 Author: sobereva
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[ORCA] 量子化学程序ORCA的安装方法

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发表于 Post on 2021-3-24 05:21:00 | 只看该作者 Only view this author
I have a question, I try with mpi 3.1.4 because I'm trying with Orca 4.2.1, with mpi I can't see any error with the instalation, go so fast though, add the lines to the /.bashrc file but when I execute mpiexec -V it says: "mpiexec (OpenRTE) 1.10.2". I'm using ubuntu 16.

So i understand that mpi 3.1.4 was not sucesfully installed, what should I do? Maybe try with root permission? I alredy try changing like this ($PATH:/sob/openmpi313/bin to /sob/openmpi313/bin:$PATH, and change $LD_LIBRARY_PATH:/sob/ Change openmpi313/lib to /sob/openmpi313/lib:$LD_LIBRARY_PATH) in the /.bashrc file.

Thanks in advance.

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发表于 Post on 2021-3-24 06:51:05 | 只看该作者 Only view this author
My Dear Professor,
How about the parallel computation cross-nodes ? Does ORCA support that kind of calculations ? If yes, could you please, describe the process ?

Best Rgards,

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发表于 Post on 2021-3-24 18:40:08 | 只看该作者 Only view this author
rpestana94 发表于 2021-3-24 05:21
I have a question, I try with mpi 3.1.4 because I'm trying with Orca 4.2.1, with mpi I can't see any ...

Do you actually have an executable named mpiexec under /sob/openmpi313/bin?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-25 06:54:10 | 只看该作者 Only view this author
aitouna 发表于 2021-3-24 06:51
My Dear Professor,
How about the parallel computation cross-nodes ? Does ORCA support that kind of ...

ORCA is able to run on multiple nodes since it is parallelized by MPI technique, however ORCA developers didn't optimize their code for this application scenario, so the cross-node efficiency may be quite poor.
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-25 06:55:44 | 只看该作者 Only view this author
rpestana94 发表于 2021-3-24 05:21
I have a question, I try with mpi 3.1.4 because I'm trying with Orca 4.2.1, with mpi I can't see any ...

It seems that you already installed a MPI before. Run "which mpirun" command to check which MPI library is currently activated.
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发表于 Post on 2021-3-25 21:55:57 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-3-24 05:40
Do you actually have an executable named mpiexec under /sob/openmpi313/bin?

yes, I have one

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发表于 Post on 2021-3-25 21:57:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-24 17:55
It seems that you already installed a MPI before. Run "which mpirun" command to check which MPI li ...

it appears one on usr/bin/

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-26 09:16:21 | 只看该作者 Only view this author
rpestana94 发表于 2021-3-25 21:57
it appears one on usr/bin/

Change file name of /usr/bin/mpirun to make system unable to recognize it, or install your new openmpi on default path to overwite the existing MPI files on your system.
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发表于 Post on 2021-4-22 09:45:07 | 只看该作者 Only view this author
请问下,我服务器上mpiexec -V会和ifort -V相冲突

我在.bashrc中添加了source /opt/intel/bin/ifortvars.sh intel64

如果我不注释掉,则ifort -V能够正常显示,mpiexec -V会显示
$ mpiexec -V
Intel(R) MPI Library for Linux* OS, Version 2019 Build 20180829 (id: 15f5d6c0c)
Copyright 2003-2018, Intel Corporation.

如果我注释掉,则mpiexec -V会显示,但ifort -V就不能用了
$ mpiexec -V
.mpiexec (OpenRTE) 4.0.3
Report bugs to http://www.open-mpi.org/community/help/

请问有什么办法可以两者同时能用?

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发表于 Post on 2021-4-22 10:03:07 | 只看该作者 Only view this author
赵云跳槽 发表于 2021-4-22 09:45
请问下,我服务器上mpiexec -V会和ifort -V相冲突

我在.bashrc中添加了source /opt/intel/bin/ifortvars ...

不要写~/.bashrc中.

写在对应的计算脚本中就可以.

比如 run_orca.sh 里面写上对应MPI设定和ORCA设定.

再来一个, run_vasp_intelMPI.sh,
里面写上intel相关设定和VASP设定.

大致如此.

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发表于 Post on 2021-4-22 11:02:19 | 只看该作者 Only view this author
abin 发表于 2021-4-22 10:03
不要写~/.bashrc中.

写在对应的计算脚本中就可以.

大佬能不能给我提供一个样板,我单机服务器试了下,一直没成功

我的脚本
[user@localhost orca]$ cat run_orca.sh
#!/bin/bash
export PATH=$PATH:/home/user/software/openmpi-4.0.3/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/user/software/openmpi-4.0.3/lib

export PATH=$PATH:/home/user/software/orca421
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/user/software/orca421
alias orca='/home/user/software/orca421/orca'

for inf in `ls *.inp`
do
echo ${inf}
orca ${inf} > ${inf//inp/out} &
done

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发表于 Post on 2021-4-22 11:21:03 | 只看该作者 Only view this author
赵云跳槽 发表于 2021-4-22 11:02
大佬能不能给我提供一个样板,我单机服务器试了下,一直没成功

我的脚本

把bashrc中无关的设定取消。

如只有一个版本,
写在/etc/profile或者bashrc是可行的。

如有多个版本,
还这么干,
那就是吃饱了撑的。
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发表于 Post on 2021-4-22 11:27:09 | 只看该作者 Only view this author
abin 发表于 2021-4-22 11:21
把bashrc中无关的设定取消。

如只有一个版本,

我还是没搞定,单独弄了个run_orca.sh脚本,删除了.bashrc中的设定
但是还是如果解封ifort命令,则orca运行就出错

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发表于 Post on 2021-4-22 11:44:45 | 只看该作者 Only view this author
赵云跳槽 发表于 2021-4-22 11:27
我还是没搞定,单独弄了个run_orca.sh脚本,删除了.bashrc中的设定
但是还是如果解封ifort命令,则orca ...
  1. [kong@e5node1 intel]$ ls
  2. intel_2015_setup.sh  intel2018u4_setup.sh  intel2019_setup.sh  intel2019_setup.sh.old  intel2019_setup.sh.old1  intel2020u4_setup.sh
  3. [kong@e5node1 intel]$ which icc
  4. /usr/bin/which: no icc in (/usr/lib64/qt-3.3/bin:/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/home/kong/.local/bin:/home/kong/bin)
  5. [kong@e5node1 intel]$ source intel_2015_setup.sh
  6. [kong@e5node1 intel]$ which  icc
  7. /home2/opt/share/apps/intel2015u6/composer_xe_2015.6.233/bin/intel64/icc
  8. [kong@e5node1 intel]$ source intel2019_setup.sh
  9. [kong@e5node1 intel]$ which icc
  10. /home2/opt/share/apps/intel2019u4/compilers_and_libraries_2019.5.281/linux/bin/intel64/icc
  11. [kong@e5node1 intel]$ source intel2020u4_setup.sh
  12. [kong@e5node1 intel]$ which icc
  13. /opt/share/apps/intel2020u4/compilers_and_libraries_2020.4.304/linux/bin/intel64/icc
  14. [kong@e5node1 intel]$ which ifort
  15. /opt/share/apps/intel2020u4/compilers_and_libraries_2020.4.304/linux/bin/intel64/ifort
  16. [kong@e5node1 intel]$ which mpirun
  17. /home2/opt/share/apps/intel2020u4/compilers_and_libraries_2020.4.304/linux/mpi/intel64/bin/mpirun
  18. [kong@e5node1 intel]$
复制代码
这个示例可以了吧?
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发表于 Post on 2021-4-22 12:29:56 | 只看该作者 Only view this author
abin 发表于 2021-4-22 11:44
这个示例可以了吧?

膜拜大佬

后来看Sob的博文还是搞定了
将原来的
export PATH=$PATH:/home/user/software/openmpi-4.0.3/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/user/software/openmpi-4.0.3/lib
改成了
export PATH=/home/user/software/openmpi-4.0.3/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/user/software/openmpi-4.0.3/lib:$LD_LIBRARY_PATH
就没出现ifort和OpenMPI冲突的问题了

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