分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-1 03:20:19

xzb 发表于 2020-3-31 11:31
请教老师，怎么才能实现在packmol中插入两个不同的分子，并控制它们之间的距离使它们靠近一些呢？

没有对分子间距离进行约束的设定，没法实现。如果只是希望出现在相近的空间区域倒是可以

xzb · 发表于 Post on 2020-4-1 09:52:38

sobereva 发表于 2020-4-1 03:20
没有对分子间距离进行约束的设定，没法实现。如果只是希望出现在相近的空间区域倒是可以

好的谢谢老师

lxc · 发表于 Post on 2020-4-17 12:33:21

请问packmol建立石墨烯模型好建立吗

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-19 00:40:09

lxc 发表于 2020-4-17 12:33
请问packmol建立石墨烯模型好建立吗

packmol根本不是用来构建单个分子的
石墨烯用VMD自带的Extensions - Modeling - Nanotube builder就能建立

yinzi · 发表于 Post on 2020-6-27 12:55:20

本帖最后由 yinzi 于 2020-6-27 12:59 编辑

请问老师，packmol建立混合溶剂体系（多肽在水和甲醇）后，再用gromacs模拟时，npt出现问题，请问这是盒子设置问题出现了错误吗？
Fatal error:
The X-size of the box (5.297948) times the triclinic skew factor (1.000000) is
smaller than the number of DD cells (4) times the smallest allowed cell size
(1.325000)

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-27 18:00:15

yinzi 发表于 2020-6-27 12:55
请问老师，packmol建立混合溶剂体系（多肽在水和甲醇）后，再用gromacs模拟时，npt出现问题，请问这是盒子 ...

mdrun先结合-ntmpi 1跑试试

孙宝刚 · 发表于 Post on 2020-7-8 16:39:59

新手求问packmo可以用于NAMD吗，利用packmol建模后怎么生成psf文件呢。

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-8 17:01:53

孙宝刚发表于 2020-7-8 16:39
新手求问packmo可以用于NAMD吗，利用packmol建模后怎么生成psf文件呢。

我不用NAMD

yinzi · 发表于 Post on 2020-7-20 22:45:42

老师，我模拟多肽在乙腈和水的均匀混合体系中的md，但是在跑完1ns的npt之后，会发现原本均匀的溶剂，水分子会抱团。请问这是什么原因。inp文件如下：
#
# CsA inside water and methanol
#

tolerance 2.0
filetype pdb
output CsA-5-1086-1044-cubic-5-center.pdb

structure CsA-em.pdb
  number 1
  center
  fixed 25. 25. 25. 0. 0. 0.
end structure

structure jz2.pdb
  number 1086
  inside box 0. 0. 0. 50. 50. 50.
end structure

structure water.pdb
  number 1044
  inside box 0. 0. 0. 50. 50. 50.
end structure

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-21 00:31:07

yinzi 发表于 2020-7-20 22:45
老师，我模拟多肽在乙腈和水的均匀混合体系中的md，但是在跑完1ns的npt之后，会发现原本均匀的溶剂，水分子 ...

这只体现初始建模情况，而完全没有提供动力学过程的信息

乙腈和水的亲和性也不算特别高，出现局部相分离是正常的

yinzi · 发表于 Post on 2020-7-21 09:37:34

本帖最后由 yinzi 于 2020-7-22 15:06 编辑

sobereva 发表于 2020-7-21 00:31
这只体现初始建模情况，而完全没有提供动力学过程的信息

乙腈和水的亲和性也不算特别高，出现局部相分 ...

谢谢老师回复！动力学模拟的参数文件如下，在进行30ns的md模拟之后，发现水分子会渐渐成为柱状穿插在乙腈中，如图（图片不太能明确表示我所描述的状态）。模拟过程中的压力平均值在2，如下图所示，最终的主链骨架rmsd值如下图所示。这样的模拟结果是否值得信任。

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-21 22:05:03

yinzi 发表于 2020-7-21 09:37
谢谢老师回复！动力学模拟的参数文件如下，在进行30ns的md模拟之后，发现水分子会渐渐成为柱状穿插在乙腈 ...

你应当贴考虑PBC的结构图，当前图什么也看不出来。
按照你的描述，就是形成了两相，这没什么异常
蛋白质结构合理与否一看结构便知。如果你要发表文章的话，MD最好再跑跑，RMSD还没有充分收敛

yinzi · 发表于 Post on 2020-7-22 15:06:17

sobereva 发表于 2020-7-21 22:05
你应当贴考虑PBC的结构图，当前图什么也看不出来。
按照你的描述，就是形成了两相，这没什么异常
蛋白 ...

谢谢老师的回答，我再磨一磨。

WB1040720479 · 发表于 Post on 2020-7-28 10:51:20

老师请问一下win版本和linux版本功能有差异吗

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-29 03:17:58

WB1040720479 发表于 2020-7-28 10:51
老师请问一下win版本和linux版本功能有差异吗

无

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[综合交流] 分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用