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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用

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发表于 Post on 2020-7-29 08:50:50 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2020-10-8 17:00:23 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,这个软件可用于晶体材料分子混合模型的建立吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-10 00:37:15 | 只看该作者 Only view this author
战泽天 发表于 2020-10-8 17:00
sob老师,这个软件可用于晶体材料分子混合模型的建立吗?

你最好举个例子,我不清楚你描述的情况
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-10-10 16:21:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-10 00:37
你最好举个例子,我不清楚你描述的情况

比如说我想要研究KCL和NaCl两种物质按一定比例混合的高温性质,原子间的成键情况等,packmol可以适用于建立这种混合晶体的模型吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-13 06:45:59 | 只看该作者 Only view this author
战泽天 发表于 2020-10-10 16:21
比如说我想要研究KCL和NaCl两种物质按一定比例混合的高温性质,原子间的成键情况等,packmol可以适用于建 ...

可以构建NaCl和KCl按照指定数目无序地堆积在指定区域的模型,至于之后能考察什么,看之后你具体怎么做模拟
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-10-13 20:40:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-13 06:45
可以构建NaCl和KCl按照指定数目无序地堆积在指定区域的模型,至于之后能考察什么,看之后你具体怎么做模 ...

好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2020-12-8 15:24:08 | 只看该作者 Only view this author
我在MS中将一个烷烃分子粗粒化Coarse Grain后就不能再使用packmol了吗?

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发表于 Post on 2020-12-8 15:38:19 | 只看该作者 Only view this author
计化社阶乘 发表于 2020-12-8 15:24
我在MS中将一个烷烃分子粗粒化Coarse Grain后就不能再使用packmol了吗?

问题应该已解决!可以先用packmol再粗粒化!

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发表于 Post on 2021-1-4 00:31:42 | 只看该作者 Only view this author
太好了,真的帮助初学者建模,谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2021-7-26 15:25:23 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,我用PACKMOL构建异辛烷与氧气的混合模型时,输入的命令是要构造一个50*50*150nm的盒子,但是最后用VMD转化成data文件时,里面盒子的大小是50*50*100,这个是出现了什么问题吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-26 23:43:01 | 只看该作者 Only view this author
zhi2679889405 发表于 2021-7-26 15:25
老师,您好,我用PACKMOL构建异辛烷与氧气的混合模型时,输入的命令是要构造一个50*50*150nm的盒子,但是最 ...

我不用NAMD,不清楚
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发表于 Post on 2021-7-27 09:25:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-26 23:43
我不用NAMD,不清楚

老师,我也没用NAMD,我是用VMD将pdb文件转换为data文件,然后盒子的大小和我最开始设置的不一样

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发表于 Post on 2021-7-27 09:32:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-26 23:43
我不用NAMD,不清楚

谢谢老师了

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发表于 Post on 2021-7-29 09:39:23 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,packmol构建的盒子有尺寸要求吗,比如说它能构建的最大盒子尺寸

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-30 07:02:07 | 只看该作者 Only view this author
zhi2679889405 发表于 2021-7-29 09:39
老师,您好,packmol构建的盒子有尺寸要求吗,比如说它能构建的最大盒子尺寸

没这个限制
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