分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用

WB1040720479 · 发表于 Post on 2020-7-29 08:50:50

sobereva 发表于 2020-7-29 03:17
无

蟹蟹你！

战泽天 · 发表于 Post on 2020-10-8 17:00:23

sob老师，这个软件可用于晶体材料分子混合模型的建立吗？

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-10 00:37:15

战泽天发表于 2020-10-8 17:00
sob老师，这个软件可用于晶体材料分子混合模型的建立吗？

你最好举个例子，我不清楚你描述的情况

战泽天 · 发表于 Post on 2020-10-10 16:21:04

sobereva 发表于 2020-10-10 00:37
你最好举个例子，我不清楚你描述的情况

比如说我想要研究KCL和NaCl两种物质按一定比例混合的高温性质，原子间的成键情况等，packmol可以适用于建立这种混合晶体的模型吗？

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-13 06:45:59

战泽天发表于 2020-10-10 16:21
比如说我想要研究KCL和NaCl两种物质按一定比例混合的高温性质，原子间的成键情况等，packmol可以适用于建 ...

可以构建NaCl和KCl按照指定数目无序地堆积在指定区域的模型，至于之后能考察什么，看之后你具体怎么做模拟

战泽天 · 发表于 Post on 2020-10-13 20:40:04

sobereva 发表于 2020-10-13 06:45
可以构建NaCl和KCl按照指定数目无序地堆积在指定区域的模型，至于之后能考察什么，看之后你具体怎么做模 ...

好的，谢谢sob老师

计化社阶乘 · 发表于 Post on 2020-12-8 15:24:08

我在MS中将一个烷烃分子粗粒化Coarse Grain后就不能再使用packmol了吗？

计化社阶乘 · 发表于 Post on 2020-12-8 15:38:19

计化社阶乘发表于 2020-12-8 15:24
我在MS中将一个烷烃分子粗粒化Coarse Grain后就不能再使用packmol了吗？

问题应该已解决！可以先用packmol再粗粒化！

疯狂的阿太 · 发表于 Post on 2021-1-4 00:31:42

太好了，真的帮助初学者建模，谢谢sob老师！

zhi2679889405 · 发表于 Post on 2021-7-26 15:25:23

老师，您好，我用PACKMOL构建异辛烷与氧气的混合模型时，输入的命令是要构造一个50*50*150nm的盒子，但是最后用VMD转化成data文件时，里面盒子的大小是50*50*100，这个是出现了什么问题吗

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-26 23:43:01

zhi2679889405 发表于 2021-7-26 15:25
老师，您好，我用PACKMOL构建异辛烷与氧气的混合模型时，输入的命令是要构造一个50*50*150nm的盒子，但是最 ...

我不用NAMD，不清楚

zhi2679889405 · 发表于 Post on 2021-7-27 09:25:50

sobereva 发表于 2021-7-26 23:43
我不用NAMD，不清楚

老师，我也没用NAMD，我是用VMD将pdb文件转换为data文件，然后盒子的大小和我最开始设置的不一样

zhi2679889405 · 发表于 Post on 2021-7-27 09:32:37

sobereva 发表于 2021-7-26 23:43
我不用NAMD，不清楚

谢谢老师了

zhi2679889405 · 发表于 Post on 2021-7-29 09:39:23

老师，您好，packmol构建的盒子有尺寸要求吗，比如说它能构建的最大盒子尺寸

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-30 07:02:07

zhi2679889405 发表于 2021-7-29 09:39
老师，您好，packmol构建的盒子有尺寸要求吗，比如说它能构建的最大盒子尺寸

没这个限制

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[综合交流] 分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用