分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用

作业抄

sobereva 发表于 2022-4-22 01:41
gmx solvate构建水盒子，gmx genion加入离子。根本用不着packmol

谢谢老师，那如果是有机电解液体系，是直接用gmx建模还是用packmol呢，溶剂是二乙二醇二甲醚，溶质是NaPF6？

sobereva

作业抄 发表于 2022-4-22 10:00
谢谢老师，那如果是有机电解液体系，是直接用gmx建模还是用packmol呢，溶剂是二乙二醇二甲醚，溶质是NaPF ...

packmol

作业抄

sobereva 发表于 2022-4-23 03:07
packmol

谢谢老师，我知道了

chaochao

sob老师，向您请教一个问题，我用ms建立了CO2，H2O, CO2 hydrate的pdb，我写的inp文件内容是：tolerance 2.0
add_box_sides 1.2
output mixmodel.pdb
structure CO2.pdb
number 64
inside box 0.0.0.30.30.20
end structure
structure H2O.pdb
number 368
inside box 0.0.0.30.30.20
end structure
structure chaojingbao.pdb
number 1
inside box 0.0.0.20.30.30.50
end structure
structure CO2.pdb
number 6
inside box 0.0.0.50.30.30.70
end structure
structure H2O.pdb
number 368
inside box 0.0.0.50.30.30.70
end structure
但出现了这样的问题，请问这种情况应该怎么解决呀

牧生

chaochao 发表于 2022-4-30 15:56
sob老师，向您请教一个问题，我用ms建立了CO2，H2O, CO2 hydrate的pdb，我写的inp文件内容是：tolerance 2. ...

你注意看一下你建立盒子的大小
比如这部分是没有错的
structure CO2.pdb
number 64
inside box 0.0.0.30.30.20
但这部分就错了
structure H2O.pdb
number 368
inside box 0.0.0.50.30.30.70            
end structure


好好看一下packmol的使用，如何建立立方盒子，它的原理很简单的，每个顶点都可以用xyz三个数字来表示的，你完全可以照抄sob的作业。

或者你抄一下我的作业，我建立的这个盒子比晶胞略大一点点，所以不加add_box_sides 1.2也是行得通的，如果你加上也是没问题的。如果对以下还有不理解的，特别是那几个坐标不理解，自己在纸上画一个立方盒子，把一个点作为0. 0. 0. 的原点，手动去标一下盒子的其他几个点的坐标，就会理解了。

tolerance 2.0
output mix.pdb
filetype pdb

structure H2O.pdb                                 \\盒子的一端放入水和CO2，从0. 0. 0. 延展到25. 25. 25.
number 368
inside box 0. 0. 0. 25. 25. 25.
end structure
structure CO2.pdb
number 64
inside box 0. 0. 0. 25. 25. 25.
end structure

structure chaojingbao.pdb                     \\盒子中间放入晶胞，起点为0. 0. 25.  延展到25. 25. 50.
number 1
inside box 0. 0. 25. 25. 25. 50.
end structure

structure H2O.pdb                                \\盒子另一端放入水和CO2，从0. 0. 50.延展到  25. 25. 75..
number 368
inside box 0. 0. 50. 25. 25. 75.
end structure
structure CO2.pdb
number 64
inside box 0. 0. 50. 25. 25. 75.
end structure

chaochao

牧生 发表于 2022-4-30 16:20
你注意看一下你建立盒子的大小
比如这部分是没有错的
structure CO2.pdb

问题已解决，感谢指点

adong

sob老师，packmol在用fixed旋转的时候使用的弧度单位，如何准确旋转90度呢？

sobereva

adong 发表于 2022-6-26 16:41
sob老师，packmol在用fixed旋转的时候使用的弧度单位，如何准确旋转90度呢？

语义不明
弧度和度数的换算小学就学过

xylz6188

sob老师，packmol 能自组装晶体么？

adong

sobereva 发表于 2022-6-27 05:00
语义不明
弧度和度数的换算小学就学过

sob老师，抱歉，是我没有表达清楚，就是弧度有个pai的问题，之前疑惑packmol语法中如何表达pai这个无理数，例如要准确旋转90度，弧度就是二分之一pai，现在就是多写几位小数就行了

snljty2

adong 发表于 2022-6-27 15:53
sob老师，抱歉，是我没有表达清楚，就是弧度有个pai的问题，之前疑惑packmol语法中如何表达pai这个无理数 ...

一个常识，计算机不能直接存储无理数，换算成十进制，最常用的的存储实数的方法中，双精度浮点数只有15~16位有效数字，单精度浮点数只有6~7位有效数字，再多计算机存不下，或者说常见程序极少有用更大的四精度浮点数的。

sobereva

xylz6188 发表于 2022-6-27 13:20
sob老师，packmol 能自组装晶体么？

要搞清楚packmol的算法是什么，知道了算法自然就知道不可能给你产生分子晶体。自组装过程是靠分子动力学模拟体现的

sobereva

adong 发表于 2022-6-27 15:53
sob老师，抱歉，是我没有表达清楚，就是弧度有个pai的问题，之前疑惑packmol语法中如何表达pai这个无理数 ...

让你用弧度的时候就自己换算成具体数值写进去就完了，要求精度高的话就多保留几位

eziosaber

老师您好，我的inp文件如下，但是会报错，排查了多次发现去掉小数就能成功运行，想请问怎么在cube里设置小数呢？
tolerance 2.0
output lyc_593OUT.pdb
filetype pdb

structure LiCl.pdb
  number 57
  inside cube 0. 0. 0. 18.2526.
end structure

structure KCl.pdb
  number 13
  inside cube 0. 0. 0. 18.2526.
end structure

structure CsCl.pdb
  number 29
  inside cube 0. 0. 0. 18.2526.
end structure

sobereva

eziosaber 发表于 2022-10-12 21:22
老师您好，我的inp文件如下，但是会报错，排查了多次发现去掉小数就能成功运行，想请问怎么在cube里设置小 ...

18.2526.根本什么都不是，哪能有两个小数点