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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用

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发表于 Post on 2022-10-17 22:52:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-13 10:53
18.2526.根本什么都不是,哪能有两个小数点

不好意思,我对格式的理解不太到位,感谢sob老师的指点

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发表于 Post on 2022-12-3 14:31:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-25 15:40
packmol不是建立单个分子的,而是将单个分子组装成凝聚状态的。所以后一个问题可行。

请教SOB老师,问题一:packmol能把我导入的一个聚合物链的结构单元分子聚合成链吗?
问题二:我用MS建了一个聚合度为12的链,优化后,在packmol中填充在盒子中,packmol填充时候链保持刚性,可视化后链不密集,我是模拟膜分离气体的,请问有办法让他密集一点吗?

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发表于 Post on 2022-12-3 15:35:38 | 只看该作者 Only view this author
luogaoyang123 发表于 2022-12-3 14:31
请教SOB老师,问题一:packmol能把我导入的一个聚合物链的结构单元分子聚合成链吗?
问题二:我用MS建了 ...

Packmol不能将单体链接成聚合物,不过可以限制分子分散在某个小区域。
ORCA大法好!算得快,还免费,我爷爷的爷爷都说不赖!
山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔᵊ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ。

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发表于 Post on 2022-12-3 17:56:14 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-12-3 15:35
Packmol不能将单体链接成聚合物,不过可以限制分子分散在某个小区域。

好的  谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-4 01:08:50 | 只看该作者 Only view this author
luogaoyang123 发表于 2022-12-3 14:31
请教SOB老师,问题一:packmol能把我导入的一个聚合物链的结构单元分子聚合成链吗?
问题二:我用MS建了 ...

做完NPT的动力学,自然就密了
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发表于 Post on 2022-12-6 11:37:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-4 01:08
做完NPT的动力学,自然就密了

明白了  谢谢老师

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发表于 Post on 2023-3-14 11:41:41 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问用packmol建立固体颗粒悬浮液,单个粒子表示多个水分子,单个粒子表示固体颗粒,应该怎么建模呢(单个粒子的pdb文件怎么获取)?

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发表于 Post on 2023-5-11 10:30:01 | 只看该作者 Only view this author
kunkun 发表于 2019-3-25 21:47
好惭愧,我居然都忘光了...

我也一样,全忘了

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发表于 Post on 2023-9-25 11:51:12 | 只看该作者 Only view this author
sob老师我在lammps教程看到,用lammps内置的命令可以建立圆锥的模型,请问用packmol可以建立圆锥的模型吗

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发表于 Post on 2023-10-28 09:41:47 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,packmol建模之后用NPT跑下MD之后,如何判断水的密度是约为1g/cm3,或者说该怎么判断结构合理了呢。另外想请教老师,这个NPT是指NPE_F嘛。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-29 00:54:26 | 只看该作者 Only view this author
哪有这么脆弱 发表于 2023-9-25 11:51
sob老师我在lammps教程看到,用lammps内置的命令可以建立圆锥的模型,请问用packmol可以建立圆锥的模型吗

建不了
但是可以考虑packmol建一个立方盒子,然后载入VMD,保存坐标的时候用恰当的选择语句根据几何关系选中一个锥形区域里的原子/分子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-29 00:56:34 | 只看该作者 Only view this author
fd7 发表于 2023-10-28 09:41
请问老师,packmol建模之后用NPT跑下MD之后,如何判断水的密度是约为1g/cm3,或者说该怎么判断结构合理了呢 ...

显然不是NPE_F。NPT说明用了热浴来控温(T恒定),用了热浴自然就不属于NPE,因为此时体系和热浴之间有能量交换

诸如你用gromacs跑的,gmx energy从edr文件中直接就可以提取密度随时间的变化

PS:诸如此类动力学模拟的理论和计算的基础知识在北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)都详细讲
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sobereva 发表于 2023-10-29 00:56
显然不是NPE_F。NPT说明用了热浴来控温(T恒定),用了热浴自然就不属于NPE,因为此时体系和热浴之间有能 ...

谢谢老师,我是用CP2K跑,老师您的意思是在创建输入文件的时候需要通过Multiwfn设置10:2(CSVR)和13:1,这样吗。我是一个盒子里面是石墨烯平面上面有100个水分子,通过packmol创建之后想按照老师讲的做一下水的密度的平衡,使其合理些。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-30 01:36:00 | 只看该作者 Only view this author
fd7 发表于 2023-10-29 09:39
谢谢老师,我是用CP2K跑,老师您的意思是在创建输入文件的时候需要通过Multiwfn设置10:2(CSVR)和13:1, ...

选项13是13 Toggle suppressing printing SCF information during MD,跟当前无关
选项12里选1 Use barostat, flexible cell
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发表于 Post on 2023-10-30 08:51:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-30 01:36
选项13是13 Toggle suppressing printing SCF information during MD,跟当前无关
选项12里选1 Use baro ...

谢谢老师

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