分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用

zhi2679889405 · 发表于 Post on 2021-7-30 08:57:23

sobereva 发表于 2021-7-30 07:02
没这个限制

好的，谢谢老师

飒飒萨达 · 发表于 Post on 2021-9-15 10:26:24

老师您好，我想问一下我目前用MS建了一个5*5*5的supercell,然后想把这个supercell作为我的substrate,接着想用packmol在substrate上面随机混加A和B，请问这样的操作packmol能做到吗

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-16 06:31:54

飒飒萨达发表于 2021-9-15 10:26
老师您好，我想问一下我目前用MS建了一个5*5*5的supercell,然后想把这个supercell作为我的substrate,接着想 ...

可以，恰当设置A和B的出现区域，并且恰当指定底物结构出现的坐标，且不让底物随机旋转

飒飒萨达 · 发表于 Post on 2021-9-16 11:18:10

sobereva 发表于 2021-9-16 06:31
可以，恰当设置A和B的出现区域，并且恰当指定底物结构出现的坐标，且不让底物随机旋转

好的谢谢社长

nianbin · 发表于 Post on 2021-11-5 17:26:26

请问卢老师，packmol如何在两层石墨烯的pdb文件中填充小分子

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-6 01:32:00

nianbin 发表于 2021-11-5 17:26
请问卢老师，packmol如何在两层石墨烯的pdb文件中填充小分子

设置约束条件，让小分子出现区域只在两层石墨烯中间即可

mengxiangidea · 发表于 Post on 2021-12-2 21:40:31

sobereva 发表于 2019-10-15 01:12
packmol只给出含有坐标信息的结构文件，其它都不体现

sob老师，我用packmol导出pdb后，再用vmd导出的data文件里面在补充完所有拓扑关系后，竟然显示bond atom 7693 7695 missing，我看了bond里面相关数据还存在，然后我是仿照别人的原文，势函数肯定会是对的，请问这个怎么解决

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-2 22:29:09

mengxiangidea 发表于 2021-12-2 21:40
sob老师，我用packmol导出pdb后，再用vmd导出的data文件里面在补充完所有拓扑关系后，竟然显示bond atom ...

我不清楚你用的什么程序
如果是lammps，我不清楚。本帖只说packmol本身的事

mengxiangidea · 发表于 Post on 2021-12-3 15:12:04

sobereva 发表于 2021-12-2 22:29
我不清楚你用的什么程序
如果是lammps，我不清楚。本帖只说packmol本身的事

我的情况就是packmol+vmd导data文件，我首先用packmol把pdb文件弄出来，然后通过vmd的tk控制台转data文件，修改键角数据后在lammps里面竟然报原子丢失的错误。
好的，我去问关于lammps专门的人

mengxiangidea · 发表于 Post on 2022-1-14 20:31:34

sob老师，请教一下我用packmol建模的过程中，对两个分开的液滴，比如里面的钠离子和氯离子，用相同的离子pdb文件去跑，最后得到的新的pdb文件，用vmd转data文件之后，放到lammps里面会出现角动量不守恒的问题吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-15 06:52:58

mengxiangidea 发表于 2022-1-14 20:31
sob老师，请教一下我用packmol建模的过程中，对两个分开的液滴，比如里面的钠离子和氯离子，用相同的离子pd ...

我不用lammps，不清楚

作业抄 · 发表于 Post on 2022-4-21 14:48:43

老师您好，packmol建立NaCl-H2O模型时，直接创建NaCl的pdb文件，还是分别创建Na和Cl的pdb文件，这两者有什么区别吗，理论上讲NaCl水溶液中Na+和Cl-是以解离的状态下存在的

snljty · 发表于 Post on 2022-4-21 14:53:27

作业抄发表于 2022-4-21 14:48
老师您好，packmol建立NaCl-H2O模型时，直接创建NaCl的pdb文件，还是分别创建Na和Cl的pdb文件，这两者有什 ...

注意看博文里的例子和内容。

用Packmol实现构建含有Na+、Cl-离子的溶液体系是可以的。但是肯定没有用GROMACS里专用的gmx genion命令好，因为gmx genion在插入时会考虑体系电荷分布，会把阳离子和阴离子分别加入到静电势较负和较正的地方，这样比较合理。而Packmol则没有考虑这点，并且有可能比如产生的结构里恰好Na+出现在显著带正电荷的区域，这可能会令模拟初期稳定性较差（此时需要用较谨慎的模拟参数，比如小步长）。

作业抄 · 发表于 Post on 2022-4-21 15:26:21

snljty 发表于 2022-4-21 14:53
注意看博文里的例子和内容。

谢谢您的回复，我有注意到这里的内容，因为我是新接触到的分子模拟，目前只掌握了packmol建模，所以就暂时不考虑博文里提到的问题。只想通过packmol把这个模型建出来。我也搜索过类似的itp文件，有NaCl也有Na和Cl分别的，因此就有了上面的疑问

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-22 01:41:13

作业抄发表于 2022-4-21 15:26
谢谢您的回复，我有注意到这里的内容，因为我是新接触到的分子模拟，目前只掌握了packmol建模，所以就暂 ...

gmx solvate构建水盒子，gmx genion加入离子。根本用不着packmol

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[综合交流] 分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用