分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用

Uus/pMeC6H4-/キ

借楼问个和packmol本身无关的问题，本文最后一节第4段“gmx genion在插入时会考虑体系电荷分布，会把阳离子和阴离子分别加入到静电势较负和较正的地方”这个说法有具体的来源和解释吗？
看gitlab的GROMACS仓库里当前版本C++源代码，特别是src/gromacs/gmxpreprocess/genion.cpp的insert_ion()和gmx_genion()函数，虽然正离子和负离子是分别添加没错，但是我没有找到按原子电荷计算静电势或者考虑如同号电荷排斥/异号电荷吸引的具体部分，只是根据离子与非溶剂分子的最小距离来排除不可以替换的溶剂分子（由commit 1639c73e定义）。

论坛里很多人做电解液模拟讨论紧密离子对(contact ion pair, CIP)、溶剂分离离子对(solvent-separated ion pair, SSIP)和团簇(aggregate? agglomerate?, AGG)等溶剂化结构，可能会关心初始结构构建是否均匀分散对平衡后统计数目和比例的影响；按理说预平衡时段充分长（能消除初始结构的自相关性“记忆”、保证随机性）的话应该关系不大，但取决于力场参数指认和计算资源限制，这点未必能理想地达成。

sobereva

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2026-2-9 14:30
借楼问个和packmol本身无关的问题，本文最后一节第4段“gmx genion在插入时会考虑体系电荷分布，会把阳离子 ...

那是很久以前我的误解。由于genion需要tpr（体现了原子电荷），很久以前我以为是因为算静电势才需要的。后来经检验没这情况，忘了改此博文的说法。

如果考虑到静电势去插入，可以令初始结构静电作用能更低、相对更稳定，减小初期崩的可能性。当然只要模拟初期不崩，动力学跑的时间够长就无所谓，结果都一样。