分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用

zhangfaxue · 发表于 Post on 2023-11-30 20:01:14

请问add_box_sides 1.2这一行是不是意味着创建的盒子每个方向上都在原来的基础上增加了1.2埃，那盒子大小就不是我原来计算密度时设定的大小了这样会对最终结果产生影响吗?

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-1 05:14:42

zhangfaxue 发表于 2023-11-30 20:01
请问add_box_sides 1.2这一行是不是意味着创建的盒子每个方向上都在原来的基础上增加了1.2埃，那盒子大小就 ...

没有什么所谓的“原来的基础”
这是代表相对于当前体系最外侧原子，往各个方向延展1.2埃来定义盒子，类似于gmx editconf的-d

wilely · 发表于 Post on 2024-3-12 20:23:22

您好，我做环糊精与另外两个分子结合的模拟，初始结构文献是先用环糊精与一个分子结合计算后，再以此复合物为基础与l另外一个分子结合。可不可以开始就把三个分子放在一起作为初始结构。

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-13 07:32:27

wilely 发表于 2024-3-12 20:23
您好，我做环糊精与另外两个分子结合的模拟，初始结构文献是先用环糊精与一个分子结合计算后，再以此复合物 ...

完全取决于研究目的
倘若你对结合过程感兴趣，显然就不能这样

davi · 发表于 Post on 2024-3-13 10:02:55

老师，问个问题，建packmol或者说跑动力学前，需要对分子进行量子化学优化opt吗

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-14 10:12:32

davi 发表于 2024-3-13 10:02
老师，问个问题，建packmol或者说跑动力学前，需要对分子进行量子化学优化opt吗

没绝对必要

小沫沫 · 发表于 Post on 2024-4-7 11:42:00

牧生发表于 2022-4-30 16:20
你注意看一下你建立盒子的大小
比如这部分是没有错的
structure CO2.pdb

您好，看到您修改了一个帖子的错误，跟我当时模拟的错误一样，您可以帮忙看下吗？我是通过腐殖酸片段模拟腐殖酸的结构，麻烦您了

   tolerance 2.0
add_box_sides 1.2
output HA.pdb

structure C:\Packmol\test1\water.pdb
  number 1000
  inside box 0.0.0.50.50.50
end structure

structure C:\Packmol\test1\C4H4O4.pdb
  number 2
  inside box 0.0.0.50.50.50
end sturcture

structure C:\Packmol\test1\C4H6O5.pdb
  number 1
  inside box 0.0.0.50.50.50
end sturcture

structure C:\Packmol\test1\C5H8O3.pdb
  number 2
  inside box 0.0.0.50.50.50
end sturcture

structure C:\Packmol\test1\C6H12O3.pdb
  number 2
  inside box 0.0.0.50.50.50
end sturcture
错误也是segmantation fault

牧生 · 发表于 Post on 2024-4-7 12:06:06

小沫沫发表于 2024-4-7 11:42
您好，看到您修改了一个帖子的错误，跟我当时模拟的错误一样，您可以帮忙看下吗？我是通过腐殖酸片段模 ...

你看一下第一楼的教程和模板吧
需要把pdb文件和inp放在一起

小沫沫 · 发表于 Post on 2024-4-7 14:35:32

我都放在一起了，但是运行时还是出现segmantation fault

小沫沫 · 发表于 Post on 2024-4-7 14:37:06

牧生发表于 2024-4-7 12:06
你看一下第一楼的教程和模板吧
需要把pdb文件和inp放在一起

我放在一起运行的，但还是有这个错误，是我的输入文件有问题吗？

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[综合交流] 分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用