使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

Caroline2022 · 发表于 Post on 2024-3-21 11:38:53

老师，在第四步中用Gaussian几何优化和振动分析后再用ORCA做高精度单点能计算，最终的能量=Gaussian计算得到的自由能的热校正量+ORCA计算得到的单点能。我用一个结构验证了以下上述计算，发现和Molclus的结果有一点偏差，请问是哪里出了问题，是不是我读取的数据不正确？
从gau00001.out中查到Thermal correction to Gibbs Free Energy= 0.331359，从orcaSP00001.out文件中查到FINAL SINGLE POINT ENERGY -2207.044075889572
两者相加得-2206.712717，但是从cluster.xyz文件中读取的第一个构象的最终能量为 -2206.71415400 a.u。两者相差0.001437 a.u.，虽然这个差值不大，但是验证了几个体系这个数值始终对不上。备注：构象按照能量排列的顺序始终没有变化，都是第一个构象能量最低。

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-22 20:50:43

Caroline2022 发表于 2024-3-21 11:38
老师，在第四步中用Gaussian几何优化和振动分析后再用ORCA做高精度单点能计算，最终的能量=Gaussian计算得 ...

要比就去和isomers.xyz比

Caroline2022 · 发表于 Post on 2024-3-25 11:37:29

sobereva 发表于 2024-3-22 20:50
要比就去和isomers.xyz比

老师，感谢您的回复。
我查看了isomers.xyz中的Gcorr数值，确实和ORCA计算的单点能相加后，是能够和最终的能量相吻合的（不论是isomers.xyz还是cluster.xyz文件中）。但是我还有个疑问：isomers.xyz中的Gcorr数值的含义是什么呢？为什么其和Gaussian计算出的Thermal correction to Gibbs Free Engergy不是一个数值呢？

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-25 11:55:55

Caroline2022 发表于 2024-3-25 11:37
老师，感谢您的回复。
我查看了isomers.xyz中的Gcorr数值，确实和ORCA计算的单点能相加后，是能够和最终 ...

不可能不一样，要么是你看错地方了，要么是额外调用Shermo算的自由能热校正量

Caroline2022 · 发表于 Post on 2024-3-25 15:15:06

sobereva 发表于 2024-3-25 11:55
不可能不一样，要么是你看错地方了，要么是额外调用Shermo算的自由能热校正量

是的，老师，我在270楼里向您咨询了我写的控制Shermo的语句：
--- Below for Shermo ---
  Shermo_path= "/sob/Shermo_2.3.5/Shermo"  // Command for invoking Shermo
  T= 298.15
  P= 1.0
  sclZPE= 0.9806
  ilowfreq= 2
那么，isomers.xyz文件中的Gcorr数值就是Shermo在298.15 K，频率校正因子为0.9806（对应B3LYP/6-31G*）条件下计算的自由能数值，不知道我这样理解对不对？

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-26 00:38:48

Caroline2022 发表于 2024-3-25 15:15
是的，老师，我在270楼里向您咨询了我写的控制Shermo的语句：
--- Below for Shermo ---
Shermo_path ...

对

shuiningzhu · 发表于 Post on 2024-3-26 14:53:00

老师你好，在第二步中：
0.5 //能量去重阈值(kcal/mol)
0.5 //结构去重阈值(埃)

这两个阈值是如何选取的？

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-26 14:56:38

shuiningzhu 发表于 2024-3-26 14:53
老师你好，在第二步中：
0.5 //能量去重阈值(kcal/mol)
0.5 //结构去重阈值(埃)

凭经验
没特殊情况用默认的就行。几何优化收敛不十分精确的情况可以适当放宽

Caroline2022 · 发表于 Post on 2024-3-26 19:36:57

老师，请问如何在Shermo的控制语句中做修改，使得Shermo的计算热力学量结果的文件可以保存下来。类似于ibkout=1这样的语句。

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-26 22:19:19

Caroline2022 发表于 2024-3-26 19:36
老师，请问如何在Shermo的控制语句中做修改，使得Shermo的计算热力学量结果的文件可以保存下来。类似于ibko ...

没有这种语句
把振动分析的输出文件都保留下来，利用shell脚本让Shermo批量算一下也就是一瞬间的事

wilely · 发表于 Post on 2024-4-15 20:29:31

本帖最后由 wilely 于 2024-4-15 20:35 编辑

我用这个方法做一个环糊精与两个客体分子的包合物，开始构型我把两个客体放在环糊精空腔的两边任意一定距离，电荷要设置吗，这么做可以把？

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-16 01:11:10

wilely 发表于 2024-4-15 20:29
我用这个方法做一个环糊精与两个客体分子的包合物，开始构型我把两个客体放在环糊精空腔的两边任意一定距离 ...

可以尝试

净电荷根据实际情况设。如果都是中性客体分子，整体净电荷为0，不需要刻意设定，默认就是0

wilely · 发表于 Post on 2024-4-18 11:54:57

sobereva 发表于 2024-4-16 01:11
可以尝试

净电荷根据实际情况设。如果都是中性客体分子，整体净电荷为0，不需要刻意设定，默认就是0

有一个客体带正电荷，一个客体中性，与环糊精同时结合时，怎么设置没看到有说明？像我这种体系，DFT法优化好单个分子后，先优化出一个客体与环糊精的复合物，再用PM6D3方法优化第二个客体与前面复合物的包合，但由于原子数目300多，总是出现L103错误；另外用Autodock（vina）做分子对接出初始结构，然后Gromacs跑单个分子的动力学，可行吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-19 05:19:34

wilely 发表于 2024-4-18 11:54
有一个客体带正电荷，一个客体中性，与环糊精同时结合时，怎么设置没看到有说明？像我这种体系，DFT法优 ...

稍有量化常识的人都知道，设的是整体的净电荷
提问Gaussian相关问题最忌讳问lxxx，必须始终直接说文字报错
强烈建议系统学学Gaussian的使用基础：北京科音初级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html）。没有量化常识会有很多奇怪的观念、碰到最基本出错都不知道怎么解决。

用autodock对接完全不适合。这种体系初始结构的产生该用的是genmer
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

梵墨 · 发表于 Post on 2024-5-13 16:17:05

有一个小问题请教一下哈：我用genmer构建了包含有12个小分子的团簇，然后用xtb进行动力学模拟（温度400K，时间100ps），发现跑着跑着体系就散掉了，另外阴离子很容易与阳离子结合在一起，掉到势井中，正常情况下，阴阳离子应该是解离的

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