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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

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发表于 Post on 2023-5-18 21:19:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 护卫天使 于 2023-5-18 21:20 编辑

老师您好,我想搜索图中(PCS.TIF)的五聚体在水环境下的最优构型,我是在cp2k软件(学校计算平台有这软件)下跑了两组AIMD,一个在真空跑,一个加了10个H2O和SCCS隐式溶剂模型下,两者均在GFN1-XTB基组,400k和常压下跑了5000步,显然有水溶剂模型所搜索的五聚体没有十分“卷曲”。那么下面我要如何处理有溶剂模型的这5000步构象得到最优构象?我的想法是:用Molclus筛选能量最低的1000步,在自己电脑(4核)下用xtb软件的GFN2-xtb+gbsa理论方法再优化一下,最后得到几个构象,把水分子去掉后在guassian作优化,不知这样做可以吗?

PCS.tif

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-19 03:15:25 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2023-5-18 21:19
老师您好,我想搜索图中(PCS.TIF)的五聚体在水环境下的最优构型,我是在cp2k软件(学校计算平台有这软件) ...

分清楚理论方法和基组
没有叫guassian的程序
真空根本没有常压的概念,带区区10个水也不可能构成什么常压的体系

这种事跟AIMD不沾边。应当做经典力场的计算,在显式水盒子里跑足够长,得到水中的构象的统计信息。这么又柔又大的体系,在水中不可能就只有一种构象稳定出现
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发表于 Post on 2023-5-22 20:52:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 护卫天使 于 2023-5-23 16:52 编辑
sobereva 发表于 2023-5-19 03:15
分清楚理论方法和基组
没有叫guassian的程序
真空根本没有常压的概念,带区区10个水也不可能构成什么常 ...

老师,您好,接该帖子的281楼,搜索PCS五聚体的构象,假如严格按照您搜索瑞德西韦构象的方法来做,是否可行?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-23 02:07:05 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2023-5-22 20:52
老师,您好,接该帖子的286楼,搜索PCS五聚体的构象,假如严格按照您搜索瑞德西韦构象的方法来做,是否可 ...

这帖子没有286楼
目前最新的是283楼
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发表于 Post on 2023-7-5 23:31:32 | 只看该作者 Only view this author
卢老师,学生想问一下,您帖子中提到的 xtb 跑动力学的 md.inp 文件,对于一般的有机体系能否直接拿来用呢。因为学生没有了解过分子动力学的相关知识,所以不太明白对于不同体系该如何修改 md.inp。
KimariYB, Postgraduate, XiaMen University
School of Electronic Science and Engineering (National Model Microelectronics College)
Research interests: theoretical and computational chemistry and machine learning

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-6 09:33:35 | 只看该作者 Only view this author
kimariyb 发表于 2023-7-5 23:31
卢老师,学生想问一下,您帖子中提到的 xtb 跑动力学的 md.inp 文件,对于一般的有机体系能否直接拿来用呢 ...

通常能
但是温度必须根据实际情况来设
还是得学点分子动力学常识,热浴、步长、约束等概念都得懂,不要指望一个输入文件就能适合所有情况
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发表于 Post on 2023-7-6 09:48:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-6 09:33
通常能
但是温度必须根据实际情况来设
还是得学点分子动力学常识,热浴、步长、约束等概念都得懂,不要 ...

好的卢老师,感谢您的回答
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发表于 Post on 2023-11-8 11:27:50 | 只看该作者 Only view this author
您好卢老师,学生请教个问题,有关第二步——“用Molclus调用xtb在GFN0-xTB下做批量优化”的问题,第一步得到了xtb.trj文件,并将改名为traj.xyz放到了Molclus目录下,但输入./molclus执行命令后,出现了作业瞬间关闭的情况,如下图所示,不知原因出在何处,特来咨询老师,先行感谢。

202311081126389830..jpg (65.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 54)

202311081126389830..jpg

202311081127384908..png (161.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 47)

202311081127384908..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-8 12:13:50 | 只看该作者 Only view this author
csu-77 发表于 2023-11-8 11:27
您好卢老师,学生请教个问题,有关第二步——“用Molclus调用xtb在GFN0-xTB下做批量优化”的问题,第一步得 ...

涉及到任务提交系统的情况我不清楚,我从来不用这类东西
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发表于 Post on 2023-12-12 10:54:29 | 只看该作者 Only view this author
我使用crest发现没有加速,后台只有1个xtb进程,CPU利用率100%,看了一下手册,发现有个--T <threads>的参数,添加后可以实现并行加速。





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发表于 Post on 2023-12-26 16:56:25 | 只看该作者 Only view this author
由于ORCA升级到5.0版本和Molclus更新后默认会自动调用Shermo,如果没有正确安装Shermo并给出Shermo的控制语句,会导致程序报错。
我在按照Sob老师此文做计算工作时发现以下两点需要做:
1. 如果机器中安装的时ORCA 5.0以上版本,需要将template_SP.inp文件中的grid 4 gridx 4改为defgrid 3.
2.需要在机器中安装Shermo,并在settings,ini文件中加入Shermo的控制语句,如下:
--- Below for Shermo ---
  Shermo_path= "Shermo path"  // Command for invoking Shermo
  T= 298.15  
  P= 1.0   //Pressure in unit of atm
  sclZPE= 0.9806  //Frequency scale factor for calculating zero-point energy (ZPE). Default is 1.0
  ilowfreq= 2
其中,sclZPE= 0.9806是由于计算opt+freq时所使用的B3LYP/6-31G*所使用的频率校正因子。(由http://bbs.keinsci.com/thread-3805-1-1.html中查得),常用的B3LYP/6-311G**为0.9888.

以上不对的地方还请各位老师指正.

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发表于 Post on 2023-12-28 20:47:18 | 只看该作者 Only view this author
sob老师 我的molclus不知是何原因调用不了xtbgfn0(但是可以用gfn0跑动力学),只能调用gfn1和gfn2,我可以换成第一步调用gfn1,第二步调用gfn2和水模型吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-29 04:16:52 | 只看该作者 Only view this author
一朵云 发表于 2023-12-28 20:47
sob老师 我的molclus不知是何原因调用不了xtbgfn0(但是可以用gfn0跑动力学),只能调用gfn1和gfn2,我可以 ...

Multiwfn怎么调用xtb的,在输出信息里提示得非常明确。自己手动用相同的命令,看xtb报错提示是什么,根据提示自行判断可能原因
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发表于 Post on 2023-12-29 12:47:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-29 04:16
Multiwfn怎么调用xtb的,在输出信息里提示得非常明确。自己手动用相同的命令,看xtb报错提示是什么,根据 ...

老师,上面提示是这样的:
                         *** Configuration    29  ***
Current date: 2023-12-29   Time: 12:46:27
Loading geometry        29 from the inputted trajectory file
Generating xtb.xyz file...
Deleting xtbrestart
Running xtb: xtb xtb.xyz  --opt --gfn 0 --chrg 0 --uhf 0 > xtb.out
abnormal termination of xtb
Error: Cannot find .xtboptok file!
The task is failed!
Wall clock time elapsed for calculating this configuration:       0 s
但是输入1 ,2都能正常跑

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-30 05:34:18 | 只看该作者 Only view this author
一朵云 发表于 2023-12-29 12:47
老师,上面提示是这样的:
                         *** Configuration    29  ***
Current date: 20 ...

看xtb.out内容判断
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