使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-6 09:33:35

kimariyb 发表于 2023-7-5 23:31
卢老师，学生想问一下，您帖子中提到的 xtb 跑动力学的 md.inp 文件，对于一般的有机体系能否直接拿来用呢 ...

通常能
但是温度必须根据实际情况来设
还是得学点分子动力学常识，热浴、步长、约束等概念都得懂，不要指望一个输入文件就能适合所有情况

kimariyb · 发表于 Post on 2023-7-6 09:48:19

sobereva 发表于 2023-7-6 09:33
通常能
但是温度必须根据实际情况来设
还是得学点分子动力学常识，热浴、步长、约束等概念都得懂，不要 ...

好的卢老师，感谢您的回答

csu-77 · 发表于 Post on 2023-11-8 11:27:50

您好卢老师，学生请教个问题，有关第二步——“用Molclus调用xtb在GFN0-xTB下做批量优化”的问题，第一步得到了xtb.trj文件，并将改名为traj.xyz放到了Molclus目录下，但输入./molclus执行命令后，出现了作业瞬间关闭的情况，如下图所示，不知原因出在何处，特来咨询老师，先行感谢。

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-8 12:13:50

csu-77 发表于 2023-11-8 11:27
您好卢老师，学生请教个问题，有关第二步——“用Molclus调用xtb在GFN0-xTB下做批量优化”的问题，第一步得 ...

涉及到任务提交系统的情况我不清楚，我从来不用这类东西

wsz · 发表于 Post on 2023-12-12 10:54:29

我使用crest发现没有加速，后台只有1个xtb进程，CPU利用率100%，看了一下手册，发现有个--T <threads>的参数，添加后可以实现并行加速。

Caroline2022 · 发表于 Post on 2023-12-26 16:56:25

由于ORCA升级到5.0版本和Molclus更新后默认会自动调用Shermo，如果没有正确安装Shermo并给出Shermo的控制语句，会导致程序报错。
我在按照Sob老师此文做计算工作时发现以下两点需要做：
1. 如果机器中安装的时ORCA 5.0以上版本，需要将template_SP.inp文件中的grid 4 gridx 4改为defgrid 3.
2.需要在机器中安装Shermo，并在settings,ini文件中加入Shermo的控制语句，如下：
--- Below for Shermo ---
  Shermo_path= "Shermo path"  // Command for invoking Shermo
  T= 298.15
  P= 1.0 //Pressure in unit of atm
  sclZPE= 0.9806  //Frequency scale factor for calculating zero-point energy (ZPE). Default is 1.0
  ilowfreq= 2
其中，sclZPE= 0.9806是由于计算opt+freq时所使用的B3LYP/6-31G*所使用的频率校正因子。(由http://bbs.keinsci.com/thread-3805-1-1.html中查得)，常用的B3LYP/6-311G**为0.9888.

以上不对的地方还请各位老师指正.

一朵云 · 发表于 Post on 2023-12-28 20:47:18

sob老师我的molclus不知是何原因调用不了xtbgfn0（但是可以用gfn0跑动力学），只能调用gfn1和gfn2，我可以换成第一步调用gfn1，第二步调用gfn2和水模型吗

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-29 04:16:52

一朵云发表于 2023-12-28 20:47
sob老师我的molclus不知是何原因调用不了xtbgfn0（但是可以用gfn0跑动力学），只能调用gfn1和gfn2，我可以 ...

Multiwfn怎么调用xtb的，在输出信息里提示得非常明确。自己手动用相同的命令，看xtb报错提示是什么，根据提示自行判断可能原因

一朵云 · 发表于 Post on 2023-12-29 12:47:46

sobereva 发表于 2023-12-29 04:16
Multiwfn怎么调用xtb的，在输出信息里提示得非常明确。自己手动用相同的命令，看xtb报错提示是什么，根据 ...

老师，上面提示是这样的：
                     *** Configuration 29  ***
Current date: 2023-12-29 Time: 12:46:27
Loading geometry       29 from the inputted trajectory file
Generating xtb.xyz file...
Deleting xtbrestart
Running xtb: xtb xtb.xyz  --opt --gfn 0 --chrg 0 --uhf 0 > xtb.out
abnormal termination of xtb
Error: Cannot find .xtboptok file!
The task is failed!
Wall clock time elapsed for calculating this configuration:    0 s
但是输入1 ，2都能正常跑

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-30 05:34:18

一朵云发表于 2023-12-29 12:47
老师，上面提示是这样的：
*** Configuration 29 ***
Current date: 20 ...

看xtb.out内容判断

一朵云 · 发表于 Post on 2024-1-3 10:51:11

sobereva 发表于 2023-12-30 05:34
看xtb.out内容判断

老师新年快乐！xtb.out的内容为
         -------------------------------------------------
      |             Calculation Setup             |
         -------------------------------------------------

      program call             : xtb  xtb.xyz  --opt --gfn 0 --chrg 0 --uhf 0
      coordinate file          : xtb.xyz
      omp threads             :                   16

ID Z sym. atoms
1 6 C    1-7, 10-20, 22-26, 30, 32, 34
2 8 O    8, 9, 21, 27-29, 31, 33
3 1 H    35-66
########################################################################
[ERROR] Program stopped due to fatal error
-3- Could not setup single-point calculator
-2- main_setup_newCalculator: Could not construct new calculator
-1- xtb_calculator_newXTBCalculator: Parameter file param_gfn0-xtb.txt not found!
########################################################################
我在C:\xtb-6.6.1-windows-x86_64\xtb-6.6.1\share\xtb中可以看到gfn0 gfn1 gfn2的txt文件唯独不能调用gfn0  但是他在自己做分子动力学的时候我把它复制到bin文件夹下 gfn0可以正常使用

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-4 10:56:28

一朵云发表于 2024-1-3 10:51
老师新年快乐！xtb.out的内容为
-------------------------------------------------
...

用Linux版

sh_2023 · 发表于 Post on 2024-3-5 13:44:35

Caroline2022 发表于 2023-12-26 16:56
由于ORCA升级到5.0版本和Molclus更新后默认会自动调用Shermo，如果没有正确安装Shermo并给出Shermo的控制语 ...

请问你知道这个问题怎么解决？在做第四步：用Molclus调用Gaussian和ORCA得到水环境下的高精度自由能的时候遇到下面的问题

[color=DarkRed]Setting file: settings.ini
Loading setting file ...
Program to be invoked: Gaussian
Task: Optimization + Frequency
The first 6 frames in the inputted trajectory file will be proceeded
Cleaning old output and temporary files...
Deleting *.out *.chk gauSP*
All Gaussian temporary files in current folder have been cleaned
*** Configuration 1 ***
Current date: 2024-03-05 Time: 09:55:09
Loading geometry 1 from the inputted trajectory file
Generating gau.gjf...
Running Gaussian: "g16" < gau.gjf > gau.out
Fine, optimization normally converged
Note: Unable to locate "Input orientation" field, try to load standard orientation instead
Opt + freq task normally terminated
Thermal correction to Gibbs free energy: 0.549481 a.u.
Gibbs free energy: -2321.262030 a.u.
Fine, there is no imaginary frequency
Now run single point task based on the template_SP.inp in current folder
Running ORCA: "orca" orcaSP.inp > orcaSP.out
Warning: Could not load keyboard geometry for :0
BadName (named color or font does not exist)
Resulting keymap file will not describe geometry
[/color]

复制代码

sh_2023 · 发表于 Post on 2024-3-5 13:47:30

sh_2023 发表于 2024-3-5 13:44
请问你知道这个问题怎么解决？在做第四步：用Molclus调用Gaussian和ORCA得到水环境下的高精度自由能的时 ...

这是template_SP.inp 文件

! PWPB95 D3 def2-QZVPP def2/J def2-QZVPP/C RIJCOSX defgrid3 tightSCF noautostart miniprint nopop
%maxcore 2000
%pal nprocs 36 end
%cpcm
smd true
SMDsolvent "water"
end
* xyz 0 1
[GEOMETRY]
*

复制代码

Caroline2022 · 发表于 Post on 2024-3-7 10:14:45

sh_2023 发表于 2024-3-5 13:44
请问你知道这个问题怎么解决？在做第四步：用Molclus调用Gaussian和ORCA得到水环境下的高精度自由能的时 ...

Running ORCA: "orca" orcaSP.inp  > orcaSP.out
Warning:       Could not load keyboard geometry for :0
               BadName (named color or font does not exist)
               Resulting keymap file will not describe geometry

看起来应该是调用ORCA时有问题，不知道你单独用ORCA计算单点能时是否能正常运行，先确保ORCA正确安装并能正常运行

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[Molclus] 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索