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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-13 22:21:21 | 只看该作者 Only view this author
梵墨 发表于 2024-5-13 16:17
有一个小问题请教一下哈:我用genmer构建了包含有12个小分子的团簇,然后用xtb进行动力学模拟(温度400K, ...

用更低温度,或者加上球形限制势避免跑飞

本来阴离子就理应倾向于与阳离子呆在一起,库伦吸引作用那么强。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-5-14 13:29:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-13 22:21
用更低温度,或者加上球形限制势避免跑飞

本来阴离子就理应倾向于与阳离子呆在一起,库伦吸引作用那么 ...

好的,谢谢卢老师

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发表于 Post on 2024-10-21 14:38:17 | 只看该作者 Only view this author
XTB现在有了一个做复合物的新功能(Docking Submodule ),这个填补了介于团族与单个分子之间的中等复合物的优化,里面有很多参数像--nostack,--pocket, --nstack INT,不知道怎么设置?卢老师有兴趣测试下其效果如何。

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发表于 Post on 2024-10-22 11:59:00 | 只看该作者 Only view this author
我看了下其参数文件,除了param_gfn0-xtb.txt,param_gfn1-xtb.txt,param_gfn2-xtb.txt,还有param_gfn1-si-xtb.txt, param_ipea-xtb.txt参数文件,有什么差别?

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发表于 Post on 2024-11-28 16:22:12 | 只看该作者 Only view this author
运行时可以设置温度吗?我设置temp=450,gfn1优化结构 但是温度没起作用,是不是动力学才能定义温度,其他都是默认常温来算。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-28 17:10:25 | 只看该作者 Only view this author
wilely 发表于 2024-11-28 16:22
运行时可以设置温度吗?我设置temp=450,gfn1优化结构 但是温度没起作用,是不是动力学才能定义温度,其他 ...

谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响
http://sobereva.com/423http://bbs.keinsci.com/thread-10159-1-1.html
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发表于 Post on 2024-12-2 17:56:21 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我的目的是搜寻能量最低的过渡态构象。现用gaussian找到初始过渡态结构后,通过gentor旋转单键生成了上千个可能的过渡态构象,想通过CREST对生成的traj.xyz文件进行过渡态结构优化,请问在Linux下启动CREST进行过渡态优化,文中所述的关键词“-mdopt traj.xyz -gfn0 -opt normal -niceprint”应如何修改

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-2 21:57:01 | 只看该作者 Only view this author
hujj29 发表于 2024-12-2 17:56
老师您好,我的目的是搜寻能量最低的过渡态构象。现用gaussian找到初始过渡态结构后,通过gentor旋转单键生 ...

此时没法这么用,只能一个个优化
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发表于 Post on 2024-12-2 22:52:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-2 21:57
此时没法这么用,只能一个个优化

请教sob老师,寻找最低能量的过渡态构象有什么有效、常用的方法或流程吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-3 01:13:59 | 只看该作者 Only view this author
hujj29 发表于 2024-12-2 22:52
请教sob老师,寻找最低能量的过渡态构象有什么有效、常用的方法或流程吗

同一个问题别在两处问
http://bbs.keinsci.com/thread-50180-1-1.html我已经回答了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-12-17 18:44:55 | 只看该作者 Only view this author
用isostat时出现错误,我复合物的原子数目598个,1000个结构,是什么原因?

202412171843326639..png (54.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

202412171843326639..png

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发表于 Post on 2024-12-17 19:03:00 | 只看该作者 Only view this author
wilely 发表于 2024-12-17 18:44
用isostat时出现错误,我复合物的原子数目598个,1000个结构,是什么原因?

解决了

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发表于 Post on 2025-4-23 13:52:47 | 只看该作者 Only view this author
在重复第四步:用Molclus调用Gaussian和ORCA得到水环境下的高精度自由能》时:
完全按照说明设置,出现以下错误:
Error: This Gaussian task did not perform geometry optimization at all! Please check if you omitted "opt" keyword or there is any problem in the template file
Press ENTER button to exit program
使用的版本是G16

已上传运行附件


gau.gjf

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gau.out

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template.gjf

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发表于 Post on 2025-4-23 14:56:45 | 只看该作者 Only view this author
caoyx0612 发表于 2025-4-23 13:52
在重复《第四步:用Molclus调用Gaussian和ORCA得到水环境下的高精度自由能》时:[ ...

在提交计算前请先检查化学合理性,不能默认从某些数据库下载的结构文件可以直接用。这个gjf文件里的分子缺失氢原子且存在O9-O35的异常接触、O14-C38-C39-C40的诡异直线等等,是从哪来的、叫什么名?
√546=23.36664289109

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发表于 Post on 2025-4-23 15:08:04 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-4-23 14:56
在提交计算前请先检查化学合理性,不能默认从某些数据库下载的结构文件可以直接用。这个gjf文件里的分子 ...

明白了,感谢您的解答。我是初学者,按照教程复现案例。因为用的高斯版本是新版的,原来的案例参数可能要修改,但是我对这些参数还不会调整,只能慢慢学习了

本版积分规则 Credits rule

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