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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-23 15:09:04 | 只看该作者 Only view this author
caoyx0612 发表于 2025-4-23 13:52
在重复《第四步:用Molclus调用Gaussian和ORCA得到水环境下的高精度自由能》时:[ ...

由gau.out可见Gaussian完全没开始计算,8成是运行环境或者Default.Rou配置有问题
先确保能手动用Gaussian成功运行gau.gjf,再说molclus调用的事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-4-24 08:44:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-23 15:09
由gau.out可见Gaussian完全没开始计算,8成是运行环境或者Default.Rou配置有问题
先确保能手动用Gaussia ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2025-4-24 09:22:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-23 15:09
由gau.out可见Gaussian完全没开始计算,8成是运行环境或者Default.Rou配置有问题
先确保能手动用Gaussia ...

卢老师,根据您的建议,我在配置G16时完全按照《Gaussian的安装方法及运行时的相关问题》来安装:
安装版本为G16-A03-AVX2.tbz
cpu配置如下:

flags显示是支持avx2的
在手动运行时显示如下错误。
Error: illegal instruction, illegal opcode
   rax 00000000014bd760, rbx 00007ffe0437bfb0, rcx 00007ffe0437bfb0
   rdx 00007ffe0437bf80, rsp 00007ffe0437bed8, rbp 00007ffe0437bee0
   rsi 00007ffe0437bf88, rdi 00007ffe0437bf18, r8  0000000000000080
   r9  00000000014a3d00, r10 0000000000000032, r11 0000000000000035
   r12 0000000002cf5ad0, r13 0000144f18f47250, r14 0000144f18f10778
   r15 0000144f18f05b98
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x42520) [0x145e0dc0d520]
  /root/autodl-tmp/g16/l101.exe() [0x14bd80a]
Aborted (core dumped)





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gau.out

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-24 18:28:31 | 只看该作者 Only view this author
caoyx0612 发表于 2025-4-24 09:22
卢老师,根据您的建议,我在配置G16时完全按照《Gaussian的安装方法及运行时的相关问题》来安装:
安装 ...

和文中说的“运行时提示Error: illegal instruction , illegal opcode”情况一样处理
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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