使用MOKIT做多参考计算

zjxitcc

hhwang 发表于 2021-5-11 21:37
老师您好，我在超算上安装mokit时出现了下面的错误：
error: Command "gcc -pthread -B /lustre/home/acct ...

你有使用module load相应的编译器么？我看你似乎用的是gcc编译器。超算上通常都有intel编译器，你可以用module avai查询一下可用的intel编译器，然后用module load加载之，再尝试编译MOKIT。

提示：更换编译器后，再次编译前，需执行make clean清理上次残留编译文件。

hhwang

zjxitcc 发表于 2021-5-11 22:12
你有使用module load相应的编译器么？我看你似乎用的是gcc编译器。超算上通常都有intel编译器，你可以用m ...

谢谢您，现在已经安装上了，有一个疑问，老师，请问是不是每安装一个需要相应编译器的软件都需要module load呀？

zjxitcc

hhwang 发表于 2021-5-11 22:28
谢谢您，现在已经安装上了，有一个疑问，老师，请问是不是每安装一个需要相应编译器的软件都需要module l ...

如果这个账号只有你一个人使用，你可以把module load intelxxxx写进环境变量~/.bashrc里，以后每次登录的话就自动加载这些编译器了。
如果这个超算账号不止你一个人使用，但大家都同意用你这个intel编译器，那你也可以这么做。

hhwang

zjxitcc 发表于 2021-5-11 23:23
如果这个账号只有你一个人使用，你可以把module load intelxxxx写进环境变量~/.bashrc里，以后每次登录的 ...

好的，谢谢您！

找镜

老师您好，我是在服务器上的个人目录下编译的，然后运行例子的时候报错，应该是高斯的环境变量没有设置对。

我猜测默认的是“gau_path = /home/$user/g16/g16”，但是我们服务器中的高斯不在此目录下，因此报错了。

我尝试 用自己的目录 按下图的方法 向~/.bashrc添加环境变量来覆盖默认的路径，失败了，老师可否指导一下怎么修改高斯的目录？万分感谢！

zjxitcc

找镜 发表于 2021-7-29 18:39
老师您好，我是在服务器上的个人目录下编译的，然后运行例子的时候报错，应该是高斯的环境变量没有设置对。 ...

这个报错提示我已经写的已经挺清楚了你机器上高斯环境变量不对/不合理。MOKIT没有限制Gaussian装在哪个目录下，但要求用户写对环境变量。找到你机器上高斯环境变量在哪里（例如可能在~/.bashrc中），与报错提示中给出的例子逐行对比，几秒便知。如果你实在不懂，可以截图展示你现在的/你机器上的Gaussian环境变量。

找镜

zjxitcc 发表于 2021-7-29 19:08
这个报错提示我已经写的已经挺清楚了你机器上高斯环境变量不对/不合理。MOKIT没有限制Gaussian装在哪 ...

谢谢老师的回复！您确实写得很清楚，是我自己对linux的东西不太熟悉，所以搞起来比较费劲。
今天重新按您的这三句话写，总算成功了🙏

但是我又遇到了新的问题，服务器上没有装gamess，今天我按量子化学公众号的教程编译好了（测试了gamess文件夹里的rhf的p4.inp，运行成功了就没再继续测试了），然后我运行mokit后，.gms文件中报错是：

The GAMESS executable gamess.01.x
or else the DDIKICK executable ddikick.x
could not be found in directory /home/$USER/software/gamess,
or else they did not properly link to executable permission.

这个文件夹下我编译出来的是gamess.00.x，然后这个是01，所以运行不了，请问有办法解决吗？（或者也可能是我哪儿编译出问题了吗？）

老师，非常不好意思，我是第一次尝试编译软件学习，自己又不太熟悉，因此问题确实很多，感谢您的帮助！

zjxitcc

找镜 发表于 2021-7-30 21:00
谢谢老师的回复！您确实写得很清楚，是我自己对linux的东西不太熟悉，所以搞起来比较费劲。
今天重新按 ...

这个问题在多处写了，你估计看安装说明时一扫而过，没仔细看：
（1）公众号安装教程中“在运行automr前我们还需。。。”
（2）程序包里README.md文件里的The original GAMESS code can only...
（3）软件手册（PDF手册在程序包里doc/目录下）中
2.2.1 Prerequisite最后一段
4.3.1章节
4.4.10章节

找镜

zjxitcc 发表于 2021-7-31 10:56
这个问题在多处写了，你估计看安装说明时一扫而过，没仔细看：
（1）公众号安装教程中“在运行automr前 ...

谢谢老师，我昨天按这个弄过了，但是最后报错了，说缺一个.o的文件，我不知道怎么解决，感觉是没有编译好，所以只好重新编译了个01的gamess😂。。现在mokit已经可以用了，谢谢老师耐心解答！我后续再好好学习一下！

zjxitcc

找镜 发表于 2021-7-31 13:44
谢谢老师，我昨天按这个弄过了，但是最后报错了，说缺一个.o的文件，我不知道怎么解决，感觉是没有编译好 ...

你的gamess.01.x是按安装教程里写的那么编译的么？以下两种是错误操作：
（1）把gamess.00.x重命名成gamess.01.x；
（2）未做任何改动，直接运行./lked gamess 01
另外提醒：不要在root下编译GAMESS，因为有些linux系统的root默认alias cp='cp -i'，这会导致GAMESS编译不成功。

找镜

zjxitcc 发表于 2021-7-31 13:50
你的gamess.01.x是按安装教程里写的那么编译的么？以下两种是错误操作：
（1）把gamess.00.x重命名成gam ...

1、我重新编译了一次（就是把gamess教程里编译步骤的00都改成了01），没有按您说的那两种做，目前看来暂且能用，也多谢老师的提醒！

2、您文中也提到了通过modify_GMS1.sh似乎能实现更好的计算，目前我先用着试试，熟悉一点再去用您说的modify_GMS.sh1。

3、另外还有一个小问题想和老师交流一下，我运行mokit测试example的00-h2o_cc-pVDZ_1.5.gjf后，gamess部分的计算其实报了个错误，就是MAXIT=500这里，gms的计算会提示只能到0-200。

（1）我猜测可能是我下的gamess的版本有问题（我是用的卢老师百度网盘里最新的那个安装包）？但是我实在不想再去编译一次旧的看看有没有这个问题了，所以我最后的处理方式是：

（2）我去mokit下的src文件夹里，grep了MAXIT部分，然后把fch2inp.f90里面的MAXIT=500改成了200，重新编译了一次。后面gamess的输入就变成了200，就能运行成功了。

我对代码这些目前还是个小白，为了能成功计算就盲目的改了改，也不知道是否可行，如果老师愿意和我交流实在是太好了！

hebrewsnabla

找镜 发表于 2021-7-31 17:13
1、我重新编译了一次（就是把gamess教程里编译步骤的00都改成了01），没有按您说的那两种做，目前看来暂 ...

严格安照教程编译gamess.01.x，就不会有这些问题，不要自己发挥。和gamess版本没有关系。
对于GVB计算，遇到稍复杂一点的体系，原版的gamess.00.x就不能用了。

zjxitcc

找镜 发表于 2021-7-31 17:13
1、我重新编译了一次（就是把gamess教程里编译步骤的00都改成了01），没有按您说的那两种做，目前看来暂 ...

不可行。严格按手册说明来，不要自己瞎发挥。手册就是写到小白都能看懂、操作了；既然写了就是有意义的，我不会随便放无意义的操作进手册的。都严格来，就不会有这么多报错，早就开算了。

找镜

zjxitcc 发表于 2021-7-31 17:53
不可行。严格按手册说明来，不要自己瞎发挥。手册就是写到小白都能看懂、操作了；既然写了就是有意义的， ...

好的，感谢两位老师的回复，我明白了

杨小狗

您好，关于您说的program.info文件是安装完了就会出现吗？我安装完并未找到，在readme中也没有得到相应的提示，谢谢您的回答