使用MOKIT做多参考计算

ABQTrap · 发表于 Post on 2023-10-20 11:39:22

本帖最后由 ABQTrap 于 2023-10-20 11:41 编辑

zjxitcc老师，我在使用mokit时指定了HF_prog=ORCA，但是看进程，发现mokit运行时仍然先调用了gaussian的l401.exe，然后是ORCA计算。那如果我没有gaussian的license（目前gaussian仅用于学习），而且mokit的运行绕不开gaussian，是不是不能把mokit的结果用于发表？谢谢！

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-10-20 12:27:35

ABQTrap 发表于 2023-10-20 11:39
zjxitcc老师，我在使用mokit时指定了HF_prog=ORCA，但是看进程，发现mokit运行时仍然先调用了gaussian的l40 ...

目前MOKIT自动多参考计算确实没有完全移除对Gaussian的依赖。不过，你可以手动用ORCA做个HF计算（模仿MOKIT的automr会算RHF和UHF，并获得稳定的UHF波函数，然后比较RHF/UHF哪个能量低，选那个），然后使用mkl2fch小程序从mkl文件产生fch文件，使用关键词
mokit{ist=3,readrhf='rhf的fch文件名'}
或
mokit{ist=1,readuhf='uhf的fch文件名'}
读取fch文件进来计算，这样就可以完全跳过需要Gaussian的环节。不过从实际上讲，其实你不需要管这个，因为谁也不知道你的fch文件是哪来的。。。MOKIT提供了很多小程序可以从其他量化程序产生fch文件。

ABQTrap · 发表于 Post on 2023-10-20 15:08:14

本帖最后由 ABQTrap 于 2023-10-20 15:14 编辑

zjxitcc 发表于 2023-10-20 12:27
目前MOKIT自动多参考计算确实没有完全移除对Gaussian的依赖。不过，你可以手动用ORCA做个HF计算（模仿MOK ...

谢谢zjxitcc老师，就是说按您的方法，使用MOKIT的automr功能进行CASSCF活性空间的选取是能完全绕开gaussian的

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-10-20 15:16:02

ABQTrap 发表于 2023-10-20 15:08
谢谢zjxitcc老师，就是说按您的方法，使用MOKIT的automr功能进行CASSCF活性空间的选取是能完全绕开gaussi ...

CASSCF_prog=pyscf是默认的，不用写。我在62L回复里已经说过了。。。你提供一个别的程序算好的fch文件，就可以绕开Gaussian了。。。

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2023-10-20 15:44:30

本帖最后由 hebrewsnabla 于 2023-10-20 15:45 编辑

zjxitcc 发表于 2023-10-20 12:27
目前MOKIT自动多参考计算确实没有完全移除对Gaussian的依赖。不过，你可以手动用ORCA做个HF计算（模仿MOK ...

或许可以考虑把HF_prog=pyscf或orca时改为不从高斯步骤开始，不过这样就需要处理基组数据如何和高斯统一的问题（也就是说是否允许同一个任务HF_prog=orca和=gaussian使用的基组略有不同）……

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-10-20 16:13:09

hebrewsnabla 发表于 2023-10-20 15:44
或许可以考虑把HF_prog=pyscf或orca时改为不从高斯步骤开始，不过这样就需要处理基组数据如何和高斯统一 ...

我是有这个想法，让py2fch_direct和mkl2fch直接产生fch文件

ABQTrap · 发表于 Post on 2023-10-22 22:05:01

zjxitcc 发表于 2023-10-19 11:05
见《离线安装OpenMolcas-v22.06》，《编译MPI并行版OpenMolcas》

zjxitcc老师，我按您写的openmolcas教程安装的openmolcas v23，环境变量也写了路径export MOLCAS 和export PATH，pymolcas可以正常运行。但是mokit运行automr调用openmolcas时，仍然显示molcas_path = ”NOT FOUND“，后面就无法计算了，请问应该如何正确写环境变量呢？谢谢！

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-10-22 22:12:55

ABQTrap 发表于 2023-10-22 22:05
zjxitcc老师，我按您写的openmolcas教程安装的openmolcas v23，环境变量也写了路径export MOLCAS 和expor ...

如果你在任何路径下执行which pymolcas都能正常显示pymolcas的路径，这就说明环境变量没问题了。这种情况下可能你的计算是提交到别的计算节点运行的（比如集群队列），那个节点是否识别你的环境变量，我不知道。有一种可能是：如果你把molcas环境变量写在了提交任务的脚本里，通过bsub/sbatch等命令提交到队列，那么你应该试试把molcas环境变量挪到~/.bashrc里，而不要放在提交任务的脚本里。

Accelerator · 发表于 Post on 2024-10-25 01:15:41

在automr运行到Gamess的GVB步骤时，由于关键字里会写MAXIT=500，就会导致GAMESS报错ERROR: MAXIT MUST BE BETWEEN 0 AND 200, NOT 500。请问如何解决？

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-10-25 12:37:07

本帖最后由 zjxitcc 于 2024-10-25 13:32 编辑

Accelerator 发表于 2024-10-25 01:15
在automr运行到Gamess的GVB步骤时，由于关键字里会写MAXIT=500，就会导致GAMESS报错ERROR: MAXIT MUST BE B ...

这个在README_zh.md里有提到“注意官方GAMESS程序只能处理少于13对的GVB计算，但借助MOKIT现今可以实现上百对的GVB计算。因此请阅读手册 4.4.10部分使用提供的脚本自动修改GAMESS代码”，具体操作请见MOKIT线上文档https://jeanwsr.gitlab.io/mokit- ... .html#4410-gvb_prog

简单解释：GAMESS的GVB最多只能算12对（可以看作12根化学键），实际研究往往不够用，需要用MOKIT提供的./modify_GMS1.sh一键修改并编译GAMESS，其中有一个顺带的修改就是200改成了500，但还有其他更重要的修改。

Accelerator · 发表于 Post on 2024-10-26 13:32:46

本帖最后由 Accelerator 于 2024-10-26 13:36 编辑

zjxitcc 发表于 2024-10-25 12:37
这个在README_zh.md里有提到“注意官方GAMESS程序只能处理少于13对的GVB计算，但借助MOKIT现今可以实现上 ...

多谢。另外请教一下：对于一个50原子左右的分子结合def2svp，GVB运行极慢（Gold6139 36核，花了快一天还没算完，并且没迭代几圈），是否正常？以下是MOKIT的相关输出：
Enter subroutine do_gvb...
nbf=554, nif=554, doubly_occ=43, npair=80, nopen=0, nvir=351
LocDocc=F, Lin_dep=F
gms_scr_path = ~/gamess/scr
$fch2inp automr_TS5_uf_uno_asrot.fch -gvb 80
Remark: FcGVB=.T. GVB with all doubly occupied orbitals frozen.

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-10-27 20:11:57

本帖最后由 zjxitcc 于 2024-10-27 20:14 编辑

Accelerator 发表于 2024-10-26 13:32
多谢。另外请教一下：对于一个50原子左右的分子结合def2svp，GVB运行极慢（Gold6139 36核，花了快一天还 ...

从输出内容npair=80可以看出正在进行GVB(80)计算，这确实很耗时，要算两三天。这需要MOKIT做一些改进，自动去除GVB中一些不重要的化学键，这可能会在v1.2.6rc41版本中更新。如果你急着算，可以在标题行写mokit{UNO_thres=0.02}，这样会把不重要的UNO轨道留在双占据和虚轨道空间，不放进GVB活性空间。

这与MOKIT的历史有关，我读博的时候在一个开发GVB和post-GVB方法的课题组里，当时好不容易完成了GVB计算自动化，所以课题组内大家计算时喜欢把所有化学键都放进GVB活性空间，彰显方法高效性和计算能力。然后再从GVB根据轨道占据数选择合适的轨道做为CASSCF初始轨道，比如算个GVB(20)然后挑5对轨道做CAS(10,10)。后来我把MOKIT搬到gitlab上，随着用户的增多，发现一些用户的体系不小，而且含有很多平庸的C-H键，这最终不会被选进CASSCF活性空间，但却会在CASSCF前面一步——GVB做为pair轨道计算，导致GVB计算时间很长。

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