使用MOKIT做多参考计算

822010397

zjxitcc 发表于 2025-2-25 13:13
针对73L @822010397 和74L @jchengq 的统一回复：

方式1. 在线安装mokit和pyscf后，如果机子上有Intel M ...

十分感谢邹老师的回答。

以下流程供需要的人参考:

MOKIT+Pyscf+Block2的安装 使用的是这个网页 https://gitlab.com/jxzou/mokit/-/issues/19 最下方的回答，即：
conda create -n mokit-block2 python=3.10 -c conda-forge
conda activate mokit-block2
conda install mokit -c mokit/label/cf -c conda-forge
conda install pyscf -c conda-forge
pip install block2

DMRGSCF的安装 使用官网 https://block2.readthedocs.io/en/latest/user/dmrg-scf.html 的安装方式，即:
$ pip install git+https://github.com/pyscf/dmrgscf
$ PYSCFHOME=$(pip show pyscf-dmrgscf | grep 'Location' | tr ' ' '\n' | tail -n 1)
$ wget https://raw.githubusercontent.co ... settings.py.example
$ mv settings.py.example ${PYSCFHOME}/pyscf/dmrgscf/settings.py
$ chmod +x ${PYSCFHOME}/pyscf/dmrgscf/nevpt_mpi.py

最后修改DMRGSCF里settings.py的内容，删除mpirun，修改临时文件夹位置，修改Block2main位置，即可以在服务器上通过楼中 幻七熏 提供的例子了。

822010397

822010397 发表于 2025-2-26 01:39
十分感谢邹老师的回答。

以下流程供需要的人参考:

当然前提是有编译并链接好了的GAMESS。

NHX

Z老师您好，我准备用源码安装MOKIT，我下载的最新版Intel 工具包，编译器ifort变成了ifx，请问可以用ifx编译吗

aaq2800

windows下能用么？需要安装么？

zjxitcc

aaq2800 发表于 2025-5-15 09:12
windows下能用么？需要安装么？

Releases页面有提供Windows可执行文件，下载、解压缩后便可使用
https://gitlab.com/jxzou/mokit/-/releases

注意，Windows下可以使用各种小程序进行传轨道，例如fch2mkl负责Gaussian->ORCA传轨道，fch2inporb负责Gaussian->OpenMolcas传轨道；但无法使用automr进行自动多参考计算。因此还是建议到Linux下做计算。

aaq2800

zjxitcc 发表于 2025-5-15 09:29
Releases页面有提供Windows可执行文件，下载、解压缩后便可使用
https://gitlab.com/jxzou/mokit/-/rele ...

谢谢大神，用来寻找活性电子和活性轨道，用以ORCA的CASSCF计算，可以的吧？

zjxitcc

aaq2800 发表于 2025-5-15 09:34
谢谢大神，用来寻找活性电子和活性轨道，用以ORCA的CASSCF计算，可以的吧？

可以。提醒两点：
（1）此时仍需要安装GAMESS和PySCF，也需要安装ORCA。关于量化软件依赖，可阅读
https://gitlab.com/jxzou/mokit/- ... #%E4%BE%9D%E8%B5%96
（2）PySCF拥有世上（几乎）最快的CASSCF功能，MOKIT默认调用PySCF做CASSCF计算。事实上，MOKIT每个步骤默认调用的量化程序都是经过深思熟虑的，哪个软件进行哪种计算最快/最稳健，就调用哪个程序。如果您实在想调用ORCA进行CASSCF计算，愿意承受（相同方法基组下）比PySCF略慢的计算速度，当然也是可以的，只是不太经济。

aaq2800

zjxitcc 发表于 2025-5-15 09:38
可以。提醒两点：
（1）此时仍需要安装GAMESS和PySCF，也需要安装ORCA。关于量化软件依赖，可阅读
http ...

明白，谢谢老师！

aaq2800

用高斯试了你帖子中的几个例子，都出现这个问题，是window版本不支持的原因？

Leave Link  401 at Thu May 15 10:05:31 2025, MaxMem=   196608000 cpu:         0.0
(Enter C:\G09W\l405.exe)
Illegal values: Multiplicity= 1 CAS( 0, 0)
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l405.exe at Thu May 15 10:05:31 2025.

zjxitcc

aaq2800 发表于 2025-5-15 10:09
用高斯试了你帖子中的几个例子，都出现这个问题，是window版本不支持的原因？

Leave Link  401 at Thu M ...

请再次阅读在80L的回复（即，Windows下可以使用小程序传轨道，但无法使用automr进行自动多参考计算）

aaq2800

zjxitcc 发表于 2025-5-15 11:26
请再次阅读在80L的回复（即，Windows下可以使用小程序传轨道，但无法使用automr进行自动多参考计算）

明白，那就换Linux去算

hebrewsnabla

NHX 发表于 2025-5-9 00:31
Z老师您好，我准备用源码安装MOKIT，我下载的最新版Intel 工具包，编译器ifort变成了ifx，请问可以用ifx编 ...

据我所知暂时不行。

Xx_DerEnTh

邹老师您好，我想把MOKIT做CASSCF计算后产生的GVB轨道转到其他程序当初猜，例如ORCA和OpenMolcas，我看了sob老师的将Gaussian等程序收敛的波函数作为ORCA的初猜波函数的方法 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元博文，发现把Gaussian的波函数当作ORCA的初猜时，Gaussian输入文件需要一定的设置来保持一致，例如加上nosymm和IOp(3/32=2)等关键词，想请教老师：MOKIT做CASSCF时第一步也是提供Gaussian的输入文件，我在写这个输入文件时需不需要考虑类似的问题，加上相关的关键字？

zjxitcc

Xx_DerEnTh 发表于 2025-5-21 12:19
邹老师您好，我想把MOKIT做CASSCF计算后产生的GVB轨道转到其他程序当初猜，例如ORCA和OpenMolcas，我看了so ...

您完全搞错了，IOp(3/32=2)更是错误的做法。这些问题在MOKIT里早就正确、自动地考虑了，并且MOKIT还考虑了积分精度的一致性等很多其他因素。将fch文件中的GVB轨道传给ORCA/OpenMolcas/Molpro任何其他量化程序，只需使用相应的小程序fch2mkl, fch2inporb, fch2com等等，MOKIT拥有全套的传轨道小程序，无需借助其他程序。所有传轨道小程序可以在手册上看到，有图有文字List of Utilities in MOKIT - MOKIT Documentation

在GitLab MOKIT中文README里也有图片，一看就知道需要使用哪个小程序


另外，以防您没学会MOKIT很多方便的功能，这里再详细介绍两个技巧，将GVB轨道传给ORCA/OpenMolcas做CASSCF或更高级方法的计算，有两种方式：
（1）使用fch2mkl, fch2inporb等小程序，例如运行

1. fch2mkl h2o_gvb2_s.fch

复制代码

由此产生h2o_gvb2_s_o.gbw，h2o_gvb2_s_o.inp文件，需要自己手动打开inp文件，增加CASSCF方法的关键词，然后提交ORCA任务。此法虽然可以正确传轨道，却需要自己手改输入文件，不是100%方便。
（2）完全自动化的CASSCF/CASPT2/NEVPT2/FIC-MRCISD计算，无需手动使用fch2mkl, fch2inporb等小程序，无需手改inp文件。假设GVB自然轨道文件叫h2o_uhf_uno_asrot2gvb4_s.fch，我们只需创建一个极其简单的gjf文件，例如h2o.gjf

1. %mem=10GB
   
2. %nprocshared=6
   
3. #p CASPT2/cc-pVDZ
   
4. 
   
5. mokit{ist=5,readno='h2o_uhf_uno_asrot2gvb4_s.fch',CASSCF_prog=ORCA}

复制代码

提交任务，即运行

1. automr h2o.gjf >h2o.out 2>&1

复制代码

automr会自动调用ORCA做CASSCF轨道优化、自动调用OpenMolcas做CASPT2能量计算（CASPT2_prog默认值就是OpenMolcas）。

Xx_DerEnTh

zjxitcc 发表于 2025-5-21 13:43
您完全搞错了，IOp(3/32=2)更是错误的做法。这些问题在MOKIT里早就正确、自动地考虑了。将fc ...

好的，感谢老师！我再仔细学习一下