使用MOKIT做多参考计算

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-10-7 17:20:43

杨小狗发表于 2021-10-7 17:17
您好，关于您说的program.info文件是安装完了就会出现吗？我安装完并未找到，在readme中也没有得到相应的提 ...

现今的MOKIT无需program.info，此贴中的介绍已过时，看MOKIT安装包中的README_zh.md说明文件，以及此文《自动做多参考态计算的程序MOKIT》

杨小狗 · 发表于 Post on 2021-10-7 17:23:39

zjxitcc 发表于 2021-10-7 17:20
现今的MOKIT无需program.info，此贴中的介绍已过时，看MOKIT安装包中的README_zh.md说明文件，以及此文《 ...

感谢您的及时回复

Yin · 发表于 Post on 2021-11-17 15:08:37

老师好，我在Gaussian中做了hf计算并挑选了活性轨道，然后通过MOKIT中fch2inporb小程序传轨道到给OpenMolcas，这里产生了.input和.INPORB文件，请问如何把.input文件中的笛卡尔坐标转化为内坐标形式呢？

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-11-17 15:18:30

本帖最后由 zjxitcc 于 2021-11-17 15:19 编辑

Yin 发表于 2021-11-17 15:08
老师好，我在Gaussian中做了hf计算并挑选了活性轨道，然后通过MOKIT中fch2inporb小程序传轨道到给OpenMolca ...

没有办法，你若转换了坐标，那input文件里每个原子的基组数据就没法与笛卡尔坐标一一对应了。你可在input文件里指定点群来开启对称性，但自动产生的input和INPORB文件是不含对称性信息的，因此你这么做行不行不确定，但可以try。

事实上，你可以让automr直接调用OpenMolcas自动做CASSCF计算，在gjf文件里的Title行写上
mokit{CASSCF_prog=OpenMolcas}
即可。当然，这样是没用到对称性的。

Yin · 发表于 Post on 2021-11-17 16:39:23

zjxitcc 发表于 2021-11-17 15:18
没有办法，你若转换了坐标，那input文件里每个原子的基组数据就没法与笛卡尔坐标一一对应了。你可在input ...

谢谢老师的回复。因为我是想扫描势能面的，所以要考虑很多结构。请问老师坐标的不同会使得.input文件中每个原子的基组数据发生变化吗？另外，还想问一下，能不能在OpenMolcas中只是用MOKIT所产生的INPORB的文件，而不用.input，相当于只用Gaussian中产生的轨道，而hf计算还是在OpenMolcas中进行？

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-11-17 16:40:57

本帖最后由 zjxitcc 于 2021-11-17 16:43 编辑

Yin 发表于 2021-11-17 16:39
谢谢老师的回复。因为我是想扫描势能面的，所以要考虑很多结构。请问老师坐标的不同会使得.input文件中每 ...

基组数据不会变化的。不能。

扫描势能面的话，你用OpenMolcas自带的扫描功能，只需要一个输入文件就行，看手册写怎么扫描。又不是那种产生很多帧结构然后批量提交输入文件的模式。

Yin · 发表于 Post on 2021-11-17 16:53:26

zjxitcc 发表于 2021-11-17 16:40
基组数据不会变化的。不能。

扫描势能面的话，你用OpenMolcas自带的扫描功能，只需要一个输入文件就行 ...

明白了，非常感谢老师的回复。

cxh19990601 · 发表于 Post on 2022-8-28 11:54:21

老师您好，我在编译mokit执行到make all 这一步时发生错误，错误截图如下，请问老师此问题该如何解决？

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-8-28 15:05:36

cxh19990601 发表于 2022-8-28 11:54
老师您好，我在编译mokit执行到make all 这一步时发生错误，错误截图如下，请问老师此问题该如何解决？

这说明没有Intel编译器，这在README_zh.md里有明确说明：前提（编译器和库要求）Fortran编译器: ifort(推荐>=2017)。建议先仔细阅读中文说明。

如果你是在集群上，一般来说可以通过module avai查看有哪些库可以加载，进而通过module load加载相应的库（如intel编译器）。如果是个人机器，则需要自己安装Intel编译器，参考《Linux下安装Intel oneAPI》

ABQTrap · 发表于 Post on 2023-8-9 09:41:11

本帖最后由 ABQTrap 于 2023-8-9 10:00 编辑

老师您好，我在conda环境安装了mokit，但是运行fch2py总是报错，fch文件是把ORCA的molden文件用multiwfn转换过来的，是因为fch文件的原因吗？麻烦看看，谢谢！
fch2py a.fch
以下是报错信息：

At line 256 of file read_fch.f90
Fortran runtime error: End of file
Error termination. Backtrace:
#0 0x146b63b01cb2 in read_sf
at /opt/conda/conda-bld/gcc-compiler_1654084175708/work/gcc/libgfortran/io/transfer.c:451
#1 0x146b63afe77e in read_default_char1
at /opt/conda/conda-bld/gcc-compiler_1654084175708/work/gcc/libgfortran/io/read.c:422
#2 0x146b63b032f4 in formatted_transfer_scalar_read
at /opt/conda/conda-bld/gcc-compiler_1654084175708/work/gcc/libgfortran/io/transfer.c:1647
#3 0x146b63b0433b in formatted_transfer
at /opt/conda/conda-bld/gcc-compiler_1654084175708/work/gcc/libgfortran/io/transfer.c:2339
#4 0x41242f in ???
#5 0x426c9a in ???
#6 0x42c608 in ???
#7 0x402080 in ???
#8 0x146b62f73492 in ???
#9 0x4020b0 in ???
#10 0xffffffffffffffff in ???

复制代码

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-8-9 11:03:18

ABQTrap 发表于 2023-8-9 09:41
老师您好，我在conda环境安装了mokit，但是运行fch2py总是报错，fch文件是把ORCA的molden文件用multiwfn转 ...

（1）如果你想ORCA -> PySCF传轨道，MOKIT有mkl2py小程序可以直接完成此任务，无需用户提供fch文件中转，mkl2py可直接从mkl文件生成.py文件，含电荷、自旋、基组、坐标和轨道等各种信息。如果你的MOKIT没有mkl2py小程序，请到https://gitlab.com/jxzou/mokit下载最新版MOKIT使用。如果你使用conda安装，可以先卸载，再安装最新版MOKIT。

（2）fch2py不是可执行程序，不能直接运行，它是python模块，是在python里import的，例如
from mokit.lib import fch2py
这个模块是读取fch文件里的轨道用的，不是产生.py文件。如果你想从fch文件产生.py文件，要用二进制程序bas_fch2py。对于想ORCA -> PySCF的情况，建议采用上述（1）。

ABQTrap · 发表于 Post on 2023-8-9 11:41:00

zjxitcc 发表于 2023-8-9 11:03
（1）如果你想ORCA -> PySCF传轨道，MOKIT有mkl2py小程序可以直接完成此任务，无需用户提供fch文件中转，mk ...

明白了，谢谢老师

ABQTrap · 发表于 Post on 2023-8-9 22:26:27

本帖最后由 ABQTrap 于 2023-8-9 22:35 编辑

zjxitcc 发表于 2023-8-9 11:03
（1）如果你想ORCA -> PySCF传轨道，MOKIT有mkl2py小程序可以直接完成此任务，无需用户提供fch文件中转，mk ...

老师您好，我在试用mokit还遇到了一些问题，向您请教。
想用mokit确定casscf的活性空间大小，程序自动调用了gaussian和GAMESS，我安装的是GAMESS 2023版，出现的问题包括：
（1）automr生成的gamess的执行命令行，默认gamess版本是01，我安装时写的是00，就会找不到gamess程序。后来改了版本号解决了。请问可以改成00吗？
（2）automr生成的gamess的inp文件里，maxit=500. 但是运行报错，说这个maxit数最大200，只能手动改了inp文件再运行。请问这个值可以在哪里设置吗？
（3）gamess的inp文件运行报错“***** ERROR **** DIMENSIONS EXCEEDED *****”，请问应该如何解决？谢谢！
下面是gamess输出文件

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-8-9 23:18:36

本帖最后由 zjxitcc 于 2023-8-9 23:20 编辑

ABQTrap 发表于 2023-8-9 22:26
老师您好，我在试用mokit还遇到了一些问题，向您请教。
想用mokit确定casscf的活性空间大小，程序自动调 ...

注意，不要修改MOKIT代码里gamess版本号和关键词、不要复制gamess.00.x。这三个问题属于同一个问题，见https://jeanwsr.gitlab.io/mokit- ... .html#4410-gvb_prog

简单来说，就是MOKIT默认会调用GAMESS做GVB计算，用GVB轨道作为CASSCF初始轨道，GVB轨道是目前世界上最好的CASSCF初始轨道（之一）。但GAMESS代码过于陈旧，把GVB活性空间上限定为12对（即12个成键轨道、12个反键轨道），因为以前的人几乎做不了GVB计算。如今借助MOKIT可以轻松实现上百对的GVB计算（我博士期间参与的工作），这就需要修改GAMESS代码，允许更大活性空间的计算。

MOKIT提供了脚本一键修改，就是把modify_GMS1.sh和modify_GMS2.f90文件复制到gamess/source/目录下，执行./modify_GMS1.sh即可修改和编译gamess，产生gamess.01.x。

ABQTrap · 发表于 Post on 2023-8-10 08:05:58

zjxitcc 发表于 2023-8-9 23:18
注意，不要修改MOKIT代码里gamess版本号和关键词、不要复制gamess.00.x。这三个问题属于同一个问题，见ht ...

老师，按照您的方法和mokit 手册4.4.10 GVB_prog的步骤，mokit终于顺利跑起来了，万分感谢！

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