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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具

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发表于 Post on 2022-6-5 11:11:41 | 只看该作者 Only view this author
genmer能适用于产生阴离子和分子在一起的团簇么?类似CN-和CH3CH2Cl,这种算是小体系吧,如果可以生成的话,一般产生多少构型比较合适?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-5 11:44:54 | 只看该作者 Only view this author
PESPES 发表于 2022-6-5 11:11
genmer能适用于产生阴离子和分子在一起的团簇么?类似CN-和CH3CH2Cl,这种算是小体系吧,如果可以生成的话 ...

genmer对体系带电状态没有限制
10个就够
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发表于 Post on 2022-10-19 17:23:06 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我对环丙烷cC3H6+H这个氢提取反应的过渡态进行IRC计算后,优化了irc曲线两个端点的结构,发现反应/产物复合物的结构还是和文献提供的结构不符合。之前的提问有老师建议使用genmer进行构型搜索,那么我仿照您“4.7 水分子与多巴胺的氨基形成氢键二聚体”的例子,让环丙烷cC3H6作为第一个单体,设置imoveclust= 0,并且以环丙烷中即将发生H迁移的氢原子的坐标为体系原点,设置氢提取剂H的rmax为合适范围,得到复合物的初猜结构traj.xyz。老师麻烦您看看这样的思路可行吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-19 18:36:25 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-19 17:23
sob老师您好,我对环丙烷cC3H6+H这个氢提取反应的过渡态进行IRC计算后,优化了irc曲线两个端点的结构,发现 ...

这个问题和molclus没什么关系
环丙烷的结构非常简单,抽氢的过渡态也就只有一个结构,没有什么可做搜索的。没具体细节没法说怎么和文献不符
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发表于 Post on 2022-10-19 19:30:58 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 糖糖糖豆9988 于 2022-10-19 19:35 编辑
sobereva 发表于 2022-10-19 18:36
这个问题和molclus没什么关系
环丙烷的结构非常简单,抽氢的过渡态也就只有一个结构,没有什么可做搜索 ...

老师,我利用文献的MP2 cc-pVTZ方法和过渡态结构跑出来的IRC,通过优化IRC两端结构,能够重现出文献里的反应前复合物和反应后的结构。但是如果在文献过渡态结构基础上用um062x 6-311g(d,p)进行opt+freq,再次IRC、优化IRC两端结构就得不到文献里的稳定结构。①看了两篇关于环丙烷氢提取反应,都用的是cc-pVTZ,您觉得这和基组关系大吗?②或者老师您建议采用什么方法最合适呢,就用m062x 6-311g(d,p)优化、CCSD(T)  cc-pVTZ计算单点来得到势能面、计算k可以吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-19 23:30:19 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-19 19:30
老师,我利用文献的MP2 cc-pVTZ方法和过渡态结构跑出来的IRC,通过优化IRC两端结构,能够重现出文献里的 ...

m062x 6-311g(d,p)优化,CCSD(T)下用cc-pVTZ/QZ外推CBS,结果无可置疑
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发表于 Post on 2023-7-5 10:01:09 | 只看该作者 Only view this author
老師您好,請問genmer能否做到在同一分子裡,要圍繞著多個不同原子擺放CO2分子和H2O分子?
例如ABC為同一分子中的三個片段的中心原子,先固定A座標擺放CO2分子和H2O分子,接著再對B座標,最後對C座標。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-5 10:09:41 | 只看该作者 Only view this author
hstime891013 发表于 2023-7-5 10:01
老師您好,請問genmer能否做到在同一分子裡,要圍繞著多個不同原子擺放CO2分子和H2O分子?
例如ABC為同一 ...

运行三次genmer可以实现
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发表于 Post on 2024-1-30 12:18:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-15 21:03
无论是genmer这样随意堆积,还是分子动力学,目的都是产生随机分布的构型(团簇要说构型而非构象),在势 ...

假如我使用高斯开始计算了,但是想要降低泛函,我应该如何才能停止计算呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-31 01:46:13 | 只看该作者 Only view this author
ncepu-stt 发表于 2024-1-30 12:18
假如我使用高斯开始计算了,但是想要降低泛函,我应该如何才能停止计算呢?

直接杀了呗
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发表于 Post on 2024-3-8 09:04:36 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ligninpyrolysis 于 2024-3-8 09:23 编辑

谢谢

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发表于 Post on 2024-3-14 17:52:44 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我用genmer生成的99个原子团簇初猜结构traj.xyz文件,放到molclus运行,结果全军覆没,都不收敛,报错都是The optimization failed due to certain reason, e.g. SCF unconvergence, three atoms are lying in the same line,也改了坐标系,老师能帮我看看吗

gau00010.out

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template.gjf

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traj.xyz

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-15 17:41:19 | 只看该作者 Only view this author
595032034 发表于 2024-3-14 17:52
老师您好,我用genmer生成的99个原子团簇初猜结构traj.xyz文件,放到molclus运行,结果全军覆没,都不收敛 ...

完全看不出来你要跑什么团簇
结构极其诡异的体系SCF难收敛是必然的
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发表于 Post on 2024-8-24 18:12:49 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问genmer是否可以直接生成具有对称性的团簇初猜呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-25 01:07:33 | 只看该作者 Only view this author
Acommunist 发表于 2024-8-24 18:12
老师,请问genmer是否可以直接生成具有对称性的团簇初猜呢

不可以
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