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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具

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发表于 Post on 2020-10-18 19:49:06 | 只看该作者 Only view this author
不好意思打扰,一个小问题(其实无关紧要)
5.3中的把4.7节得到的包含15个Li6团簇初猜构型的traj.xyz放到molclus目录下。4.7应为4.8

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-19 03:58:19 | 只看该作者 Only view this author
Reminder 发表于 2020-10-18 19:49
不好意思打扰,一个小问题(其实无关紧要)
5.3中的把4.7节得到的包含15个Li6团簇初猜构型的traj.xyz放到m ...

谢谢指正。一个bug都不能放过
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发表于 Post on 2020-11-7 10:25:22 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,好。 我碰到了和前一个同学咨询的类似问题。在我点molclus后,gaussian 可以被调动,但是Gaussian界面出来后,再没有别的反应。
另外的我的gaussian版本是Gaussian version D.01,路径我设置的是  gaussian_path= "C:\g09w\g09w.exe" ,您强调了得写成g09.exe, 但是我这样写的话
连Gaussian 都无法调动出来。另外环境变量也已经设置了,实在找不到问题是出在哪个环节。有没有可能是因为我电脑上按照的Gaussian是盗版的,因为我平时
计算是提交到服务器上进行,电脑上的是网上购买的一个盗版软件。谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-8 19:32:27 | 只看该作者 Only view this author
aimoly 发表于 2020-11-7 10:25
sob老师,好。 我碰到了和前一个同学咨询的类似问题。在我点molclus后,gaussian 可以被调动,但是Gaussian ...

明显只可能路径写错了

Gaussian程序文件完全没有正版盗版之分
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发表于 Post on 2020-11-12 09:35:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 aimoly 于 2020-11-12 09:37 编辑
sobereva 发表于 2020-11-8 19:32
明显只可能路径写错了

Gaussian程序文件完全没有正版盗版之分

谢谢社长的回复,但是我点击molclus是可以调动Gaussian的,只是Gaussian被打开后,就维持附件图片中的样子,不再变化。D:\molclus截图molclus中也没有报错信息。

molclus截图.png (127.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 56)

molclus截图.png

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发表于 Post on 2020-11-12 10:31:34 | 只看该作者 Only view this author
aimoly 发表于 2020-11-12 09:35
谢谢社长的回复,但是我点击molclus是可以调动Gaussian的,只是Gaussian被打开后,就维持附件图片中的样 ...

C:\g09w\g09.exe这个文件存在吗?
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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发表于 Post on 2020-11-12 15:50:53 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-12 10:31
C:\g09w\g09.exe这个文件存在吗?

这个文件存在的,不存在的话,也没办法成功地调动出来。只是Gaussian被打开后就像我上个帖子发的再无反应。可以手动把gau.gif文件添加到Gaussian里运行,但是不会记录到isomers.xyz中。真是非常烦恼,这个问题纠结很久了。Gaussian的路径见下图。另外我怎么可以利用molclus调动服务器上的Gaussian,我是通过putty和secure file transfer 来提交任务和传输文件的。目前学校封校,不能去学校。仅通过这2个软件能不能实现同时使用molclus和Gaussian? 谢谢~

Gaussian路径截图1.png (44.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 63)

Gaussian路径截图1.png

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发表于 Post on 2020-11-12 19:05:30 | 只看该作者 Only view this author
aimoly 发表于 2020-11-12 15:50
这个文件存在的,不存在的话,也没办法成功地调动出来。只是Gaussian被打开后就像我上个帖子发的再无反应 ...

我说的是g09.exe,不是g09w.exe
必须调用g09.exe而不是g09w.exe,这个上面已经提到了,所以我才问g09.exe存不存在
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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发表于 Post on 2020-11-12 21:29:25 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-12 19:05
我说的是g09.exe,不是g09w.exe
必须调用g09.exe而不是g09w.exe,这个上面已经提到了,所以我才问g09.ex ...

g09.exe 不存在,那我再找个版本试试,谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-13 09:22:39 | 只看该作者 Only view this author
aimoly 发表于 2020-11-12 09:35
谢谢社长的回复,但是我点击molclus是可以调动Gaussian的,只是Gaussian被打开后,就维持附件图片中的样 ...

我这里都用红字高亮显示了都不看么?
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html



不可能不存在g09.exe,真不存在的话你机子里的Gaussian 09根本没法用

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发表于 Post on 2020-11-13 20:49:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-13 09:22
我这里都用红字高亮显示了都不看么?
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsc ...

谢谢您的回复,是我搞错了,我找到了g09.exe. 然后按照社长的说明重新安装了Gaussian和GaussView,  设置了settings.ini 中的Gaussian 路径,并且在环境变量添加了GAUSS_EXEDIR环境变量。点击molclus后,有gau.gif生成,但是molclus闪退,还是没有办法成功调动Gaussian。生成的gau.gif 可以手动添加到Gaussian中成功运行,所以gau.gif文件和Gaussian本身应该是没问题的。molclus闪退截图如下。
另外社长,能不能考虑把“启动molclus。molclus会载入traj.xyz、settings.ini和模板文件,然后自动调用量子化学或分子力学程序对traj.xyz的每一帧结构进行优化,并将优化好坐标和能量写入到当前目录下的isomers.xyz文件中” 分为2步“点击molclus, molclus会载入traj.xyz、settings.ini和模板文件,生成输入文件,将输入文件上传到服务器上计算生成输出文件,再将输出文件放入molclus的文件夹,点击molclus,将优化好坐标和能量写入到当前目录下的isomers.xyz文件中”。 这样比之前的步骤要繁琐一些,但是对于使用作业提交系统的人,不懂脚本的人,省去了很多麻烦。谢谢~ 也可能是我太笨了。











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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-14 02:52:52 | 只看该作者 Only view this author
aimoly 发表于 2020-11-13 20:49
谢谢您的回复,是我搞错了,我找到了g09.exe. 然后按照社长的说明重新安装了Gaussian和GaussView,  设置 ...

从屏幕上提示明显能看出Gaussian的路径都不对,必定是gaussian_path设置有问题,怀疑你的文本编辑器比较诡异,搞出来莫名其妙字符或者特殊的编码。把settings.ini直接上传

molclus专门有xyz2qc工具,仔细看
将多帧xyz文件转化成量子化学输入文件的工具:xyz2QC
http://bbs.keinsci.com/thread-12468-1-1.htmlhttp://sobereva.com/472
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发表于 Post on 2020-11-14 09:38:15 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 aimoly 于 2020-11-14 16:18 编辑
sobereva 发表于 2020-11-14 02:52
从屏幕上提示明显能看出Gaussian的路径都不对,必定是gaussian_path设置有问题,怀疑你的文本编辑器比较 ...

谢谢老师的回复,附件是setting.ini. 我删除了除microsoft自带的其他文本软件,然后重装了Gaussian和GaussView, 现在比之前有些进步,molclus不再闪退,但还是报错,提示无法找到Gaussian路径,及我的template file 有问题。但是template file就是之前老师提供的一个练习文件中的,针对windows,我只修改了其中以下2项:%nprocs=2 %mem=1400MB。另外点击molclus后,生成gau.gif 可以在
我电脑和学校服务器Gaussian上成功运行。Gaussian的环境变量中设置的路径也没有问题,是指向D:\G09W. setting 中设置的路径是: "D:\G09W\g09.exe"。


http://bbs.keinsci.com/thread-12468-1-1.html 这篇帖子我看了,老师考虑得太周到了。看到帖子里也写了 后续可能开发反向的QC2xyz,
这样我们所有的运算,都可以提交到服务器上进行了,期待~


molclus报错截图.png (87.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 61)

molclus报错截图.png

gau.gjf

698 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0

template.gjf

120 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3

settings.ini

2.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-14 23:39:10 | 只看该作者 Only view this author
aimoly 发表于 2020-11-14 09:38
谢谢老师的回复,附件是setting.ini. 我删除了除microsoft自带的其他文本软件,然后重装了Gaussian和Gaus ...

要从报错上分析
屏幕上提示GAUSS_EXEDIR的路径的D:\前面有个问号,明显是环境变量设置有问题,有什么奇怪的字符

molclus显然在服务器上也可以直接运行啊,还有molclus用户针对在集群上通过PBS作业提交方式使用molclus的方法做了介绍,见:http://bbs.keinsci.com/thread-15598-1-1.html
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发表于 Post on 2020-11-15 09:17:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-14 23:39
要从报错上分析
屏幕上提示GAUSS_EXEDIR的路径的D:\前面有个问号,明显是环境变量设置有问题,有什么奇 ...

昨天把GAUSS_EXEDIR 重新设置了几次都没有用,今天一试就行了。不知道是不是电脑重启的作用。 谢谢老师的回复.
我看下您推介的这个帖子,谢谢~

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