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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-25 14:19:16 | 只看该作者 Only view this author
moonlight2690 发表于 2018-1-25 12:27
老师,请问,genmer产生的构型是否能保证大多数情况下,能量是按照traj.xyz从前到后依次升高的呢?(在不进 ...

根本不会考虑这个,显然不能
你跑完了用isostat一排序就完了
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发表于 Post on 2018-2-3 00:15:39 | 只看该作者 Only view this author
膜拜!

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发表于 Post on 2018-10-30 10:47:32 | 只看该作者 Only view this author
社长大大,用genmer生成团簇构型数目时,有标准可言吗?谢谢解答

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-30 21:39:31 | 只看该作者 Only view this author
zhongyuabc 发表于 2018-10-30 10:47
社长大大,用genmer生成团簇构型数目时,有标准可言吗?谢谢解答

体系的可能异构体数越多,生成的数目就应该越多,凭直觉估计
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发表于 Post on 2018-10-31 09:39:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-30 21:39
体系的可能异构体数越多,生成的数目就应该越多,凭直觉估计

好的,谢谢社长大大

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发表于 Post on 2019-1-10 18:57:23 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好!请问该软件可以用于搜索两个靠氢键相互作用的有机分子的最稳定构象吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-10 20:29:45 | 只看该作者 Only view this author
莫落 发表于 2019-1-10 18:57
老师,您好!请问该软件可以用于搜索两个靠氢键相互作用的有机分子的最稳定构象吗?


(群里已经回复过了,同样问题不要24小时内在群里和论坛里问,论坛置顶的新人必读和群文件里群规都强调了这一点)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-13 12:33:43 | 只看该作者 Only view this author
molclus 1.6版已发布,对genmer做了重大更新,更新内容见http://bbs.keinsci.com/thread-12134-1-1.html。本文也做了相应大幅更新和补充
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发表于 Post on 2019-3-20 16:24:05 | 只看该作者 Only view this author
卢老师,用genmer生成初始构型与其他分子动力学产生的有什么区别吗,我看您molclus的实例是用动力学程序找到初始构型的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-20 16:49:50 | 只看该作者 Only view this author
409407227 发表于 2019-3-20 16:24
卢老师,用genmer生成初始构型与其他分子动力学产生的有什么区别吗,我看您molclus的实例是用动力学程序找 ...

用genmer省事得多,不需要学MD程序的使用,而且也不需要考虑有没有合用的力场的问题
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发表于 Post on 2019-3-20 17:38:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-20 16:49
用genmer省事得多,不需要学MD程序的使用,而且也不需要考虑有没有合用的力场的问题

谢谢卢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-20 19:32:32 | 只看该作者 Only view this author
发布了1.8版,对genmer进行了更新,加入了rmin、zmax、zmin选项,对构建特殊形状(笼状、平面、环状、桶状)的团簇极其有用!此更新使得genmer+molclus搜索原子团簇方面的实用性有了显著提升。相应的更新在本文进行了体现,专门增加了4.9、4.10节示例了新选项的用处,并且增加了5.4节演示用genmer+molclus+xtb搜索Li30团簇的过程,展现了很好的效果。
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发表于 Post on 2019-3-28 05:02:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-31 00:40
如果是正、负电荷离子混杂,需要额外修改程序,增加一些规则,尽量让两类交替出现。

请问楼主molclus_1.8_Win现在可以很好的做正负离子混杂的构型搜索了吗?最近我要处理的是带正电荷的笼子(属于超分子类型吧)跟阴离子(或者是电中性小分子),做他们二者在一起的构型搜索,希望得到楼主的帮助。谢谢~~谢谢~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-28 07:05:30 | 只看该作者 Only view this author
wanghu301 发表于 2019-3-28 05:02
请问楼主molclus_1.8_Win现在可以很好的做正负离子混杂的构型搜索了吗?最近我要处理的是带正电荷的笼子 ...

这个还没有纳入专门的考虑,你需要的话可以具体描述一下你的情况,到时候我试图给genmer增加特殊的处理规则,比如如果检测到有两个阳离子距离小于多少就自动把这个结构去掉
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发表于 Post on 2019-3-28 07:50:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-28 07:05
这个还没有纳入专门的考虑,你需要的话可以具体描述一下你的情况,到时候我试图给genmer增加特殊的处理规 ...


      笼子(带8个正电荷)正视图                                  笼子(带8个正电荷)俯视图                                  BF4(带一个正电荷)


老师您好,我想做:一个带正电荷的笼子跟多个带负电荷的BF4阴离子混杂的团簇的构型搜索,谢谢~希望能得到您的帮助~谢谢~

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