genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具

清岚 · 发表于 Post on 2016-7-14 10:54:01

老师，您好我按照您说的在原始的settings.ini基础上改的我所需要的参数

，运行molclus是出现这样的错误attach://5227.jpg，不知道是怎么回事啊，而且生成的isomers.xyz文件是空的。

sobereva · 发表于 Post on 2016-7-14 21:43:22

清岚发表于 2016-7-14 10:54
老师，您好我按照您说的在原始的settings.ini基础上改的我所需要的参数，运行molclus是出现这样的错误at ...

在控制面板-系统-高级系统设置里配置好环境变量，否则Gaussian找不到link
在其中把GAUSS_EXEDIR指向lxxx.exe所在目录

清岚 · 发表于 Post on 2016-7-15 15:58:42

好的，多谢sob老师指点

清岚 · 发表于 Post on 2016-9-12 18:10:06

sob老师，请问用genmer工具生成团簇初始构型的依据是什么？在生成初始构型的时候考虑了哪些作用力了吗？

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-12 19:22:38

清岚发表于 2016-9-12 18:10
sob老师，请问用genmer工具生成团簇初始构型的依据是什么？在生成初始构型的时候考虑了哪些作用力了吗？

帖子里介绍得很详细了，考虑各种随机朝向排布，不需要什么依据，凭最最基本的直觉就知道这必然是合理的
没考虑分子间作用，只考虑不能有强烈位阻

清岚 · 发表于 Post on 2016-9-12 20:06:35

恩恩，好的，谢谢老师！

jiameiye · 发表于 Post on 2017-4-17 19:30:58

楼主，您好，这个genmer适用于产生包含两种金属元素再加氢原子的团簇吗？我尝试用genmer.Win 来产生RhAlH4+团簇的初始构型，设置产生20个构型，优化后是一种，就是Rh 和 Al 上各连接一个桥连的H2分子。

sobereva · 发表于 Post on 2017-4-17 23:05:39

jiameiye 发表于 2017-4-17 19:30
楼主，您好，这个genmer适用于产生包含两种金属元素再加氢原子的团簇吗？我尝试用genmer.Win 来产生RhAlH4+ ...

适合。各种初始构型都优化到那个去，即便不是唯一极小点，至少也算是能量很低、极有可能是能量最低的结构了

jiameiye · 发表于 Post on 2017-4-18 21:15:49

sobereva 发表于 2017-4-17 23:05
适合。各种初始构型都优化到那个去，即便不是唯一极小点，至少也算是能量很低、极有可能是能量最低的结构 ...

收到，好的，感谢耐心解答回复。

jiameiye · 发表于 Post on 2017-4-21 18:43:39

请问，用genmer产生包含Rh, Al, H 原子的团簇时，不打乱顺序是否比打乱顺序更合理一些？
// 0: Don't shuffle the sequence of molecular types 1: shuffle the sequence

jiameiye · 发表于 Post on 2017-4-21 18:49:04

另一个问题，当团簇总原子数少于等于20（4,6,8,10,20）的时候，若设置产生20个构型，
这20个构型是所有可能构型种较为合理的那部分吗？会因为设置构型数目过少而遗漏掉能量更低的一些构型吗？谢谢。

sobereva · 发表于 Post on 2017-4-22 08:35:01

jiameiye 发表于 2017-4-21 18:43
请问，用genmer产生包含Rh, Al, H 原子的团簇时，不打乱顺序是否比打乱顺序更合理一些？
// 0: Don't s ...

建议打乱，要不然结构会有一定规律性
构型数目和原子数目没直接关系。随着原子数目增多，极小点数目往往呈现指数型增长，所以哪怕10个原子，只算20个构型都不算多，都未必保证能找到最小点。

Do@yourself · 发表于 Post on 2018-1-18 10:35:35

sobereva 发表于 2016-1-15 21:03
无论是genmer这样随意堆积，还是分子动力学，目的都是产生随机分布的构型（团簇要说构型而非构象），在势 ...

Sob老师，这个生成团簇的软件genmer在哪能下到呢？谢谢老师！

Do@yourself · 发表于 Post on 2018-1-18 10:36:58

Do@yourself 发表于 2018-1-18 10:35
Sob老师，这个生成团簇的软件genmer在哪能下到呢？谢谢老师！

我找到了，谢谢老师！

moonlight2690 · 发表于 Post on 2018-1-25 12:27:00

老师，请问，genmer产生的构型是否能保证大多数情况下，能量是按照traj.xyz从前到后依次升高的呢？（在不进行下一步高精度优化的条件下）

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