genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具

sobereva · 发表于 Post on 2020-11-27 11:20:55

CYQ@ 发表于 2020-11-20 22:35
sob老师，您之前分享的"计算化学相关的免费的在线数据库及工具"里S66数据集网站进不去了，它是已经更新了吗 ...

网站貌似挂了
这里也有S66的数据
http://schooner.chem.dal.ca/wiki/Benchmark_data

ggdh · 发表于 Post on 2021-2-7 01:02:24

不知道能不能加个选项，比如
norotxy
指不能绕xy轴旋转。
我想构建一个pi-pi 堆叠的团簇。
希望加入的分子只绕z轴旋转。

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-7 07:21:11

ggdh 发表于 2021-2-7 01:02
不知道能不能加个选项，比如
norotxy
指不能绕xy轴旋转。

这两天抽空加上

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-11 09:48:19

今日更新了molclus 1.9.9.3，其中genmer的settings.ini里支持了新选项

noxrot、noyrot、nozrot：分别让单体不能绕X轴、绕Y轴、绕Z轴旋转。也可以同时写多个，比如同时写noxrot noyrot则体系就只能绕Z轴随机旋转。三个同时写的话效果和写norot相同

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-11 09:49:16

ggdh 发表于 2021-2-7 01:02
不知道能不能加个选项，比如
norotxy
指不能绕xy轴旋转。

已经更新新版本，写noxrot noyrot就能实现你要的效果

用这个新功能弄了个18碳环团簇

10 noxrot noyrot rmax 10
C18.xyz

wuyeyangguang · 发表于 Post on 2021-4-29 19:58:04

请问在xyz文件的标题行中设定单体构象出现比例时，genmer自动设别0~1当中的数字当作构象比例?那该行中的其他内容则是否要避免出现数字以防误判？谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-29 22:30:16

wuyeyangguang 发表于 2021-4-29 19:58
请问在xyz文件的标题行中设定单体构象出现比例时，genmer自动设别0~1当中的数字当作构象比例?那该行中的其 ...

只要那一行第一个是数字，并且后面有空格（或者后面什么都没有）即可

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-4 14:54:01

根据用户需求，molclus发布了1.9.9.5版，改进：
• genmer组件的genmer.ini设置文件里现在可以用xmin、xmax、ymin、ymax用于控制分子出现的X、Y范围，和之前版本里的zmin、zmax用处类似。因此目前可以严格控制指定的分子出现的三维空间范围。

一条君 · 发表于 Post on 2021-12-3 16:59:15

老师，不知道#11是否回答了，对于，中心单原子离子，周围分子的体系适用吗，谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-3 18:37:53

一条君发表于 2021-12-3 16:59
老师，不知道#11是否回答了，对于，中心单原子离子，周围分子的体系适用吗，谢谢

适用
构造的时候让那个原子出现在中央，分子出现在周围即可

种子123 · 发表于 Post on 2022-2-23 10:35:52

请问，我在按5.3做molclus结合Gaussian做DFT计算的时候，改完Gaussian的模板输入文件那个步骤之后，点击molclus没有反应，无法启动是怎么回事呢，不知道有没有前辈可以指教一下。

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-23 18:51:51

种子123 发表于 2022-2-23 10:35
请问，我在按5.3做molclus结合Gaussian做DFT计算的时候，改完Gaussian的模板输入文件那个步骤之后，点击mol ...

点击当然没反应，这是选中此文件，都是计算机最基本常识
如果是双击，说清楚。没法启动说明traj.xyz有问题或者settings.ini内容有问题，不上传文件没法说

alonewolfyang · 发表于 Post on 2022-5-16 16:49:06

sobereva 发表于 2019-3-28 08:11
你这个体系说实在的很不适合用genmer来构建初始团簇结构，最佳做法是跑动力学产生初始结构。

老师，楼主这个体系不适合用Molclus是不是因外太过复杂，还是因为体系是正负离子

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-17 02:20:10

alonewolfyang 发表于 2022-5-16 16:49
老师，楼主这个体系不适合用Molclus是不是因外太过复杂，还是因为体系是正负离子

要先充分了解genmer的算法
这样的体系用genmer来产生初始结构，大概率几个阴离子都会在笼状体系中央附近出现，这显然偏离现实情况太远。他的这种体系已经不是一般意义的分子团簇层面的结构了，和诸如离子液体大相径庭。离子液体那种阴阳离子交错出现的簇结构用genmer完全没问题。

alonewolfyang · 发表于 Post on 2022-5-17 07:56:25

sobereva 发表于 2022-5-17 02:20
要先充分了解genmer的算法
这样的体系用genmer来产生初始结构，大概率几个阴离子都会在笼状体系中央附近 ...

谢谢老师

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