genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具

hanmingxi

sob老师，我用genmer生成.xyz文件后修改完setting运行molclus显示找不到.out文件，然后调出来高斯后不运行，我修改了gaussian_path和ibkout都没有起作用，想请问下您是我在setting中的设置有什么问题吗？还是错误在别的方面？setting:
  iprog= 1  // The computational code to invoke. 1: Gaussian, 2: MOPAC, 3: ORCA, 4: xtb, 5: Open Babel
  ngeom= 0  // Geometries in traj.xyz to be considered. 0: All, n: First n. You can also use e.g. 2,5-8,12-14 to customize range
  itask= 0  // Type of task. 0: Optimization, 1: Single point energy, 2: frequency, 3: Optimization with frequency, -1: Composite method (only for Gaussian, e.g. CBS-QB3)
  ibkout= 1  // When backup output file. 0: Never, 1: All, 2: Successful tasks, 3: Failed tasks
  distmax= 999  // If distance between any two atoms is larger than this (Angstrom), the geometry will be skipped
  ipause= 1  // When pause molclus. 1: Optimization didn't converge (For Gaussian and ORCA), 2: After each cycle, 0: Never pause
  freeze= 0  // Index of atoms to be freezed during optimization, e.g. 2,4-8,13-14. If no atom is to be freezed, this parameter should be set to 0
--- Below for Gaussian ---
  gaussian_path= "C:\G09W\G09w.exe"  // Command for invoking Gaussian
  igaucontinue= 1  // 1: If optimization exceeded the upper number of steps, continue to optimize the last geometry using template2.gjf  0: Don't continue
  energyterm= "HF=" // For itask= 0 or 1, set label for extracting electron energy from archive part of output file, e.g. HF=, MP2=, CCSD(T)=. For itask= -1, set label for extracting thermodynamic quantity, e.g. "G4 Free Energy=" means G4 free energy will be extracted (need to write double quotes!). For itask= 2 or 3, this parameter does not need to be set because free energy is always extracted (however, if template_SP.gjf is presented, this parameter also determines loading which energy from high-level single point task).
  ibkchk= 1  // The same as ibkout, but for .chk file
--- Below for ORCA ---
  orca_path= "D:\study\ORCA\orca.exe"  // Command for invoking ORCA
  ibkgbw= 0  // The same as ibkout, but for .gbw file
  ibktrj= 0  // 1: Backup optimization trajectory (*_trj.xyz) with step number in the file name, 0: Don't backup
  mpioption= none  // Special MPI option for running ORCA. e.g. --allow-run-as-root. If no option is needed, this option should be set to "none"
--- Below for MOPAC ---
  mopac_path= "C:\Program Files\MOPAC\MOPAC2016.exe"  // Command for invoking MOPAC
--- Below for xtb ---
  xtb_arg= "--gfn 1 --chrg 0 --uhf 0"  // Additional arguments for xtb, e.g. "vtight --gfn 1 --gbsa h2o --chrg 0" (don't write task keywords such as "--opt" here)
--- Below for Open Babel ---
  obabel_FF= MMFF94  // Force field employed by Open Babel, available: MMFF94,   Ghemical, UFF, GAFF
  obabel_param= "--steps 2500" // Additional arguments for Open Babel. Hint: For large system, "--log" could be added to monitor minimization process




template.gjf：
# M062X/6-31G* int=ultrafine opt(tight,maxcyc=40) nosymm

Template file

0 1
[GEOMETRY]

snljty

hanmingxi 发表于 2020-4-4 23:12
sob老师，我用genmer生成.xyz文件后修改完setting运行molclus显示找不到.out文件，然后调出来高斯后不运行 ...

1.你没截图出错信息。
2.找不到out不是报错，或者说不是实际报错，无非是调用命令行删除文件提示你没得可删。
3.你的GAUSS_EXEDIR环境变量正确设置了么？设置成包含g09.exe的【目录】的路径。最好把这个路径也添加到环境变量PATH里。

hanmingxi

snljty 发表于 2020-4-4 23:25
1.你没截图出错信息。
2.找不到out不是报错，或者说不是实际报错，无非是调用命令行删除文件提示你没得 ...

您好，之所以没错误信息是因为molclus调出高斯后就停止了，根本就没有开始运算，还有就是gaussian_path= "C:\G09W\G09w.exe" 我是这样设置的，sob老师帖子里用G09.exe，我试过了发现连高斯程序都点不出来了，所以就很苦恼问题具体出在哪里？

snljty

hanmingxi 发表于 2020-4-5 23:22
您好，之所以没错误信息是因为molclus调出高斯后就停止了，根本就没有开始运算，还有就是gaussian_path=  ...

我是说环境变量GAUSS_EXEDIR和PATH，看这个。

使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

gaussian_path：Gaussian的可执行文件的路径，比如"/sob/g09/g09"、"D:\study\g16w\g16.exe"。也可以只写"g09"，前提是程序所在目录已经加入到了PATH环境变量里。如果路径中有空格，则必须有双引号，没空格的话无所谓，后同
[注意：如果是Windows版Gaussian，gaussian_path必须指向诸如g09.exe而不能是g09w.exe，因为后者只是前者的一个图形界面而已，经常有人在这里犯错。另外，运行前还必须进入“控制面板”-“高级系统设置”-“高级”-“环境变量”，添加GAUSS_EXEDIR环境变量，使之指向Gaussian目录，如D:\study\g09w，否则Gaussian没法以命令行方式运行，也因此molclus将没法调用Gaussian。另外，不要用太老的G09版本，比如年代久远的G09 A.01、A.02版可能没法被molclus支持]

一条君

sobereva 发表于 2015-12-31 00:40
如果是正、负电荷离子混杂，需要额外修改程序，增加一些规则，尽量让两类交替出现。

请问老师如何修改程序，有没有这方面的教程呢

sobereva

一条君 发表于 2020-5-18 17:27
请问老师如何修改程序，有没有这方面的教程呢

无

niubaotian85

sob老师，我在学习molclus，在第一步使用genmer生成构型时遇到了问题。在重复Li6团簇的时候一切正常，但当我想找出B6Li8的所有异构体，出现了如下问题。
1.我写了一个B6的xyz文件，
1
boron
B                 -1.82403429    0.52217453    0.00000000
又写了一个Li8的xyz文件，同上。
genmer.ini里仿照例子写的，
----
8
examples\8Li.xyz
6
examples\6B.xyz
这时运行不了genmer。

2.我对B6Li8画了初始构型，然后在xyz文件中粘贴坐标，genmer.ini里仿照例子写的，
----
1
examples\B6Li8.xyz
这时得到的结构基本就是我画出来的，改变不大。
请问sob老师，我该怎么解决？

sobereva

niubaotian85 发表于 2020-7-17 12:25
sob老师，我在学习molclus，在第一步使用genmer生成构型时遇到了问题。在重复Li6团簇的时候一切正常，但当 ...

1 “Li8的xyz文件”是指什么？xyz文件里有8个Li？显然这样得到的结果会有8*8=64个Li，明显不是你想要的
你应当创建两个xyz文件，一个里面只有一个B，一个里面只有一个Li，这样genmer.ini里分别设6和8才能得到B6Li8

2 这明显是错的。xyz文件里的体系被是作为整个刚性片段来构建团簇的，你此时得到的结构显然和xyz里一模一样。

仔细看帖子里的例子。

niubaotian85

sobereva 发表于 2020-7-18 11:22
1 “Li8的xyz文件”是指什么？xyz文件里有8个Li？显然这样得到的结果会有8*8=64个Li，明显不是你想要的
...

谢谢sob老师

niubaotian85

sob老师，求助。我想找到B6Li8团簇的基态结构，遇到了一些问题。
1. 我将使用 genmer生成了的traj.xyz里的坐标使用gview看了一下，大多数的结构中B-B，Li-Li，B-Li的键长有的都超过4埃或者5埃了，是我哪里出错了吗？如下图。2.对于这种B6Li8体系，我在genmer.ini中  ngen设置多少比较合理呢？
3.我的计算条件一般，那么在使用molclus时调用Gaussian、MOPAC，ORCA哪一个更好一点？谢谢sob老师！

sobereva

niubaotian85 发表于 2020-7-19 09:26
sob老师，求助。我想找到B6Li8团簇的基态结构，遇到了一些问题。
1. 我将使用 genmer生成了的traj.xyz里的 ...

iradtype应当用0使用共价半径
ngen设个200
先调用xtb预优化，筛选出最低二三十个再用Gaussian通过PBE0/6-31G*进一步优化

niubaotian85

sobereva 发表于 2020-7-19 12:36
iradtype应当用0使用共价半径
ngen设个200
先调用xtb预优化，筛选出最低二三十个再用Gaussian通过PBE0/ ...

sob老师，非常感谢！！

蒋小乐

卢老师你好 ，我想建立一种金属氧化物的原子团簇模型，即用genmer发射原子，产生大量初始构型，再用gaussian结构优化，筛选去重，请问是否可行？

sobereva

蒋小乐 发表于 2020-9-1 21:37
卢老师你好 ，我想建立一种金属氧化物的原子团簇模型，即用genmer发射原子，产生大量初始构型，再用gaussia ...

直接用Gaussian做成本太高，建议先结合xtb初步筛选一下，不花什么时间，还可以考虑大批量初始结构
可以试试，这也得看具体这种体系的原子簇特征，有的情况适合genmer有的情况可能不适合

蒋小乐

好的 谢谢老师 我试试