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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-28 08:11:25 | 只看该作者 Only view this author
wanghu301 发表于 2019-3-28 07:50
笼子(带8个正电荷)正视图                                  笼子(带8个正电荷)俯视图       ...

你这个体系说实在的很不适合用genmer来构建初始团簇结构,最佳做法是跑动力学产生初始结构。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-5-18 21:28:06 | 只看该作者 Only view this author
社长能否把以下说明加入到genmer.ini中,方便使用。

在单体数目后头可以加入以下选项来设置加入此类单体时的特殊设定:
norot:单体不允许随机旋转。默认情况下每次加入单体时都是让单体随机旋转的,以让团簇构型间尽量有差异性
cenxyz [XYZ坐标]:定义单体的中心位置,坐标是相对于单体结构文件的坐标。默认情况下是以单体几何中心作为单体的中心位置
rmax [距离]:设定这个单体的中心与体系中心最远距离不能超过多少。默认不做限制
rmin [距离]:这个选项可以要求单体中心与体系中心距离不得小于多少,这实际上是发射单体时与体系中心的最初距离。默认为0
zmax [数值]:要求单体里的所有原子的z坐标不允许大于这个值。默认为不限制
zmin [数值]:要求单体里的所有原子的z坐标不允许小于这个值。默认为不限制

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-19 00:30:33 | 只看该作者 Only view this author
hzamber 发表于 2019-5-18 21:28
社长能否把以下说明加入到genmer.ini中,方便使用。

在单体数目后头可以加入以下选项来设置加入此类单体 ...

由于这段会导致genmer.ini太冗长,所以暂时还是放在帖子里(目前等价于手册)。
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发表于 Post on 2019-5-22 20:16:44 | 只看该作者 Only view this author
社长有没有考虑对分子的原子增加限制规则?这样可以方便得到期望的团簇构型,跟packmol的功能一样。
谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-23 00:40:11 | 只看该作者 Only view this author
hzamber 发表于 2019-5-22 20:16
社长有没有考虑对分子的原子增加限制规则?这样可以方便得到期望的团簇构型,跟packmol的功能一样。
谢谢 ...

genmer主要是构建团簇用的,我觉得当前提供的规则对于这个目的已经基本够了,不打算弄得packmol那么general
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-26 07:30:25 | 只看该作者 Only view this author
新加入一个例子,CB6主体分子包夹客体分子乙醇,见4.11节
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-26 11:12:09 | 只看该作者 Only view this author
更新了molclus 1.8.3版。genmer程序的genmer.ini里增加了ngenmust选项,用于要求genmer运行结束前必须成功生成多少个构型,而不是像ngen选项那样指定的是期望生成多少个构型(其中有的可能生成失败)。
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发表于 Post on 2019-6-3 16:13:24 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wuzhiyi 于 2019-6-3 16:23 编辑

前天下的isostat好像有一个bug
就是当有很多个cluster的时候
比如 Final number of clusters is     893, which is fairly large. If you need all of them, press ENTER button directly. If you only need e.g. 150 clusters with lowest energy, input 150
这时候按两下回车并不可以直接输出所有的结果
但输入诸如150后再按回车则可以正常运行下去
顺便想问一下isostat可不可以加上这样一个功能? 就是可以检查所有的键长,如果原本两个原子之间成键,xtb优化好之后一个proton却跑去和别人成键来,这种构型就会被筛除之类的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-3 17:55:20 | 只看该作者 Only view this author
wuzhiyi 发表于 2019-6-3 16:13
前天下的isostat好像有一个bug
就是当有很多个cluster的时候
比如 Final number of clusters is     893, ...

谢谢,是有这个bug,之后会修正
我不太明白你说的检查键长。是指的希望能提供一个参考结构,以这个结构里的键长来检查跑完的结构的键长的合理性,还是说直接根据共价半径判断跑完的结构的键长合理性?
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发表于 Post on 2019-6-3 21:35:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-3 17:55
谢谢,是有这个bug,之后会修正
我不太明白你说的检查键长。是指的希望能提供一个参考结构,以这个结构 ...

是第一个
不好意思 这其实应该是一个gentor的性质 就是系统性的旋转二面角所产生的结构 有可能生成一些能量非常高的初始结构 导致对质子来说 比起维持原本的化学键 移到别的原子那里成键更稳定 这种新结构虽然合理 但可能并不是我们所需要的
所以如果可以给定一个初始结构 检查后筛除traj.xyz中发生了键的断裂和新键的形成的结构 会很有帮助

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-4 09:35:46 | 只看该作者 Only view this author
wuzhiyi 发表于 2019-6-3 21:35
是第一个
不好意思 这其实应该是一个gentor的性质 就是系统性的旋转二面角所产生的结构 有可能生成一些 ...

实际上gentor目前就有筛除不合理结构的功能,判据是如果有任意两个原子之间距离小于二者的共价半径和的0.5倍就被认为是不合理结构,不输出到traj.xyz里。如果这样的判据仍然会导致有些结构最终优化到不合理结构,我可以在gentor.ini里提供一个选项,允许把0.5倍改成其它值。改大后应该能避免你说的情况。
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发表于 Post on 2019-6-5 15:34:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-4 09:35
实际上gentor目前就有筛除不合理结构的功能,判据是如果有任意两个原子之间距离小于二者的共价半径和的0. ...

谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-12 20:33:08 | 只看该作者 Only view this author

今日更新了molclus。gentor程序的gentor.ini里增加了critskip选项,如果gentor产生的结构中有任意两个原子间距离小于两个原子共价半径乘以critskip值的话,则这个构象将不被输出到traj.xyz中(critskip默认值为0.5,这也是之前版本用的数值)。
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发表于 Post on 2019-6-12 23:01:47 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师

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发表于 Post on 2019-9-5 11:09:31 | 只看该作者 Only view this author
sob老师你好,对于4.6节 水层包围多巴胺,我的目的是想计算水和多巴胺之间的相互作用能,请问下一步该如何进行?

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