简单量子化学问题答疑专帖

wzkchem5

Roonry 发表于 2023-5-31 12:51
各位老师好 图1和图2我都进行了结构优化 我想问一下为什么同一种物质由于最初的分子摆放不同 优化后的结构 ...

结构优化找的是和初始结构最近的构象，而不是能量最低的构象。所以初始结构不同、优化结果当然可以不同。
严格来说应该用构象搜索来确定能量（或自由能）最低的构象，见http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

wzkchem5

cokie 发表于 2023-5-31 13:04
各位老师好，有个有机共轭小分子（芳环骨架）的计算，我从基态/激发态的优化，以及垂直激发/发射能，都是用 ...

引DOI: 10.1039/c3mh00098b，证明HOMO-LUMO gap本来就不该能和吸收光谱对上，两者之间差一个激子结合能，可以多达好几个eV；B3LYP的HOMO-LUMO gap和吸收光谱对得好，是因为B3LYP轨道能的误差（因为self-interaction error所致，导致激发能偏低）和忽略激子结合能（导致激发能偏高）引入的误差抵消了。具体见sob老师的博文http://sobereva.com/543

anxy

下面是输出报错行以及输入文件
NBO analysis skipped by request.
Leave Link  607 at Mon May 29 20:28:09 2023, MaxMem=  1342177280 cpu:             312.1 elap:   
(Enter /THFS/home/g-tyut-lls/g16/l9999.exe)
WE HAVE SEEN THAT MAN ON THE AVERAGE DOES NOT LIVE ABOVE
TWO-AND-TWENTY YEARS.  DURING THESE TWO AND TWENTY
YEARS HE IS LIABLE TO TWO AND TWENTY THOUSAND EVILS,
MANY OF WHICH ARE INCURABLE.  YET EVEN IN THIS DREADFUL STATE
MEN STILL STRUT AND POSE ON THE STAGE OF LIFE.
THEY MAKE LOVE AT THE RISK OF DESTRUCTION,
INTRIGUE, CARRY ON WAR, AND FORM PROJECTS, JUST AS IF THEY
WERE TO LIVE IN LUXURY AND HAPPINESS FOR A THOUSAND
AGES.
                                             -- VOLTAIRE
Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in /THFS/home/g-tyut-lls/g16/l9999.exe at Mon May 29 20:28:11 2023.

太赫兹电磁炉

看看这个
Gaussian 常见报错及解决方法；新手求助报错时的注意事项：http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html

cokie

wzkchem5 发表于 2023-5-31 20:38
引DOI: 10.1039/c3mh00098b，证明HOMO-LUMO gap本来就不该能和吸收光谱对上，两者之间差一个激子结合能， ...

谢谢老师解惑！关于前几天向您请教的关于“溶剂极性与光谱红/蓝移的关系”的问题，又有了新的变化。

1. 首先是实验现象，吸收光谱随溶剂极性增大蓝移，但发射光谱随溶剂极性增大而红移
2. 其次是计算结果，基态极性比激发态要小（通过偶极矩和MPI指数来判断）
3. 同时Pi轨道更加弥散，pi*轨道则更加紧凑一些
4. 激发为pi-pi*，同时存在LE和CT激发，吸收和发射过程均为S0-S1

如果按照“比较激发态和基态极性大小，激发态极性大则红移，基态极性大则蓝移”这个判断标准，只能解释吸收/发射其中一种情况，这种情况该怎么解释呢。

wzkchem5

cokie 发表于 2023-5-31 16:17
谢谢老师解惑！关于前几天向您请教的关于“溶剂极性与光谱红/蓝移的关系”的问题，又有了新的变化。

1 ...

实验的蓝移、红移，计算能重复出来吗？如果能，可以看一下计算输出文件里面溶剂对轨道能、激发能的贡献来分析原因

sobereva

Roonry 发表于 2023-5-31 19:51
各位老师好 图1和图2我都进行了结构优化 我想问一下为什么同一种物质由于最初的分子摆放不同 优化后的结构 ...

头脑里要有构象搜索的概念

看
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

sobereva

糖糖糖豆9988 发表于 2023-5-31 09:43
谢谢sob老师，我看了电子能垒仅有1.074923602 kcal/mol，确实电子能垒和自由能垒都很低；还想再多问老师 ...

1 可以。反正其它过程的k都比这小得多得多、整体反应速率的瓶颈明显在其它过程，相对来说讨论这个极快过程的k具体是多大就没什么实际意义

2 是。没意义

sobereva

吴双 发表于 2023-5-31 09:55
大家好，我在用高斯优化一个开壳层体系，电荷-3 自选多重度3，在观察自旋密度的时候发现从Mulliken charges ...

分清楚自旋密度和自旋布居
仔细看
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353（http://bbs.keinsci.com/thread-4422-1-1.html）

没必要看hydrogens summed into heavy atoms:的

sobereva

anxy 发表于 2023-5-31 21:30
下面是输出报错行以及输入文件
NBO analysis skipped by request.
Leave Link  607 at Mon May 29 20:28: ...

量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

Mechem

老师好，我按http://bbs.keinsci.com/thread-30080-1-1.html在win11下设置好了xtb的环境变量，并且把文件路径都加进去了，为什么还是提示我No input file given呢？感觉出了极其低级的问题

sobereva

Mechem 发表于 2023-6-1 09:02
老师好，我按http://bbs.keinsci.com/thread-30080-1-1.html在win11下设置好了xtb的环境变量，并且把文件路 ...

确保h2o.xyz确实在当前目录下。并且去掉--sp再试
死活运行不了的话建议用虚拟机跑linux版xtb，本来原生windows版的xtb就有些毛病，诸如优化过程莫名其妙中断

qinyuanyuan

各位老师好 1a.u.=2.54175*10-18erg，这里的erg和erg cm之间需要转换吗？怎么转换？谢谢~

wzkchem5

qinyuanyuan 发表于 2023-6-1 13:26
各位老师好 1a.u.=2.54175*10-18erg，这里的erg和erg cm之间需要转换吗？怎么转换？谢谢~

esu是一系列单位的统称（https://en.wikipedia.org/wiki/Ce ... lectrostatic_units_(ESU)）。例如这个维基页面给的例子里，可以说某个电荷是1 esu charge，也可以说某个电流是1 esu current。esu charge可以简称esu（https://en.wikipedia.org/wiki/Statcoulomb），由此可以推导出esu cm怎么和au换算；但是esu单位制下的偶极矩单位能不能也简称esu我就不知道了。
另外esu和erg是两个概念，后者是能量单位

liustone

各位老师好，请问在做过渡态搜索和反应计算时，是溶剂体系，使用了水作为隐式溶剂，援引sob老师的动力学计算公式 http://sobereva.com/310时，是不是应该选用双分子（液相）那一sheet？