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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-5 11:47:06 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2023-6-4 21:28
关于orca计算kisc的问题

请问老师我每次计算完Kisc均会提示“FATAL ERROR ENCOUNTERED CANNOT OPEN FILE ...

检查此文件是否在当前目录下、名字对不对
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-5 11:47:47 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2023-6-5 09:25
老师,再多问一句,势能面上的所有物种的单点能必须在同一水平下计算吗?可以普通结构是DLPNO-CCSD(T), ...

如果大小差不多,建议都用CCSD(T),特别是如果需要能量相互求差时
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-5 12:11:34 | 只看该作者 Only view this author
snljty2 发表于 2023-6-4 22:28
请问一个常见有机分子的N+1态计算极化率,使用调了w的lc-wpbe/6-31+g(d,p),结果异常,数据有大量位数超出 ...

6-31+G(d,p)算极化率远不如大小相近的def2-SVPD
如果def2-SVPD也这样,用有限差分方式手动基于带和不带电场的偶极矩算极化率。或者用polar关键词,这样在输出文件末尾会以科学计数法输出,不会因为格式宽度问题显示不出来
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发表于 Post on 2023-6-5 13:24:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-5 11:47
检查此文件是否在当前目录下、名字对不对

谢谢老师

我检查了一下,.xyz文件的确在当前运算文件的目录下(和.hess以及.inp同一个文件)
名字也是匹配的(我是拷贝的文件名)

另外我无论用multiwfn转化出的Tn.xyz文件,还是用ORCA计算opt+freq后产生的Tn.xyz文件,在使用ORCA算Kisc时均显示上述报错。(但相关数据在.out文件里均正常输出,并且.out文件里所有阶段计算均显示“finished without error”,只有在“运行”框里显示如图的报错)

错误.png (60.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

错误.png

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发表于 Post on 2023-6-5 14:27:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-5 11:47
如果大小差不多,建议都用CCSD(T),特别是如果需要能量相互求差时

好的社长,我都改成CCSD(T)再算一次~

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发表于 Post on 2023-6-5 14:52:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-5 11:40
图上一片黑,什么都看不到,重新贴
6-31G*对碘没定义,可以用def2-SVP,档次和6-31G*基本一致
搞计算的 ...

非常感谢老师的建议!

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发表于 Post on 2023-6-5 15:20:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-5 11:40
图上一片黑,什么都看不到,重新贴
6-31G*对碘没定义,可以用def2-SVP,档次和6-31G*基本一致
搞计算的 ...

老师,我重新利用这个指令提交含碘分子进行激发态的计算,但也是提交上去就计算失败了,想请问下老师问题出在哪里呢?
# B3LYP/def2-SVP td=(50-50,nstates=10,root=1) IOp(9/40=4)

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发表于 Post on 2023-6-5 15:24:34 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2023-6-5 06:24
谢谢老师

我检查了一下,.xyz文件的确在当前运算文件的目录下(和.hess以及.inp同一个文件)

在xyzfile那行的最后多加一个回车应该就行了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2023-6-5 15:25:09 | 只看该作者 Only view this author
wanchen 发表于 2023-6-5 08:20
老师,我重新利用这个指令提交含碘分子进行激发态的计算,但也是提交上去就计算失败了,想请问下老师问题 ...

但凡说计算失败,必须给具体报错信息(屏幕上的报错信息以及输出文件最后几十行),否则无法回答
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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发表于 Post on 2023-6-5 15:30:43 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-6-5 15:25
但凡说计算失败,必须给具体报错信息(屏幕上的报错信息以及输出文件最后几十行),否则无法回答

老师,具体信息如下
# B3LYP/def2-SVP td=(50-50,nstates=10,root=1) IOp(9/40=4)
---------------------------------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
# B3LYP/def2-SVP td=(50-50,nstates=10,ro
         '
Last state= "GCL"
TCursr=      3918 LCursr=         8
Error termination via Lnk1e in /public/apps/g16/l1.exe at Mon Jun  5 15:06:48 2023.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.7 seconds.
Elapsed time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      6 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1

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发表于 Post on 2023-6-5 15:46:58 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-6-5 15:24
在xyzfile那行的最后多加一个回车应该就行了

谢谢老师,我检查了一下输入文件,确实发现在最后的xyzfile那行没有添加回车。

另外还有两个问题想请教一下老师,这是我的输入文件(是对着ORCA手册照猫画虎得来的)

1. 在ORCA手册输入文件的最后一行有“...”我把他理解为需要像前面"TROOTSSL  0"和"TROOTSSL   -1"一样,加入"TROOTSSL   1"请问老师我这个理解对吗?
2. 在ORCA的输出文件里,因为我最后一行没加入回车所以可能"TROOTSSL    1"这一项没有算,但前面算了两项分别是"TROOTSSL  0"和"TROOTSSL   -1",给出了两个kisc rate,如果正常算完应该一共会给三个 kisc rate吧,请问老师这三个kisc rate我应该将哪个作为最终结果呢?还是我应该将这三项相加作为最终的结果?

输入文件.png (39.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

输入文件.png

ESD_JOB1.png (61.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

ESD_JOB1.png

ESD_JOB2.png (66.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

ESD_JOB2.png

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发表于 Post on 2023-6-5 17:13:48 | 只看该作者 Only view this author
wanchen 发表于 2023-6-5 08:30
老师,具体信息如下
# B3LYP/def2-SVP td=(50-50,nstates=10,root=1) IOp(9/40=4)
----------------- ...

def2-SVP基组在高斯里要写作def2SVP
Zikuan Wang
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2023-6-5 17:21:49 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2023-6-5 08:46
谢谢老师,我检查了一下输入文件,确实发现在最后的xyzfile那行没有添加回车。

另外还有两个问题想请 ...

1. 应该是的
2. 加起来,因为S1到T1的三个spin sublevel的ISC彼此之间属于并行反应,它们对S1浓度降低的速率的影响显然是简单叠加关系。如果是计算从T1到S0的ISC,会麻烦一点,需要确定T1的三个spin sublevel的布居数是否已达平衡,如果是的话需要考虑Boltzmann平均,如果不是的话需要知道T1是从什么过程产生的才能计算从T1出发的ISC速率
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2023-6-5 20:10:32 | 只看该作者 Only view this author
snljty2 发表于 2023-6-3 11:07
软件名拼错了。

对的 不好意思 是MOMAP软件

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发表于 Post on 2023-6-5 20:13:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-3 00:11
老生常谈的问题,论坛里讨论过无数遍,去论坛首页全文搜索框搜

好的 谢谢sob老师  看文献了解到一个公式 想请问有算Kr,Knr的具体步骤吗

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