简单量子化学问题答疑专帖

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-5 11:47:06

cokie 发表于 2023-6-4 21:28
关于orca计算kisc的问题

请问老师我每次计算完Kisc均会提示“FATAL ERROR ENCOUNTERED CANNOT OPEN FILE ...

检查此文件是否在当前目录下、名字对不对

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-5 11:47:47

糖糖糖豆9988 发表于 2023-6-5 09:25
老师，再多问一句，势能面上的所有物种的单点能必须在同一水平下计算吗？可以普通结构是DLPNO-CCSD(T)， ...

如果大小差不多，建议都用CCSD(T)，特别是如果需要能量相互求差时

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-5 12:11:34

snljty2 发表于 2023-6-4 22:28
请问一个常见有机分子的N+1态计算极化率，使用调了w的lc-wpbe/6-31+g(d,p)，结果异常，数据有大量位数超出 ...

6-31+G(d,p)算极化率远不如大小相近的def2-SVPD
如果def2-SVPD也这样，用有限差分方式手动基于带和不带电场的偶极矩算极化率。或者用polar关键词，这样在输出文件末尾会以科学计数法输出，不会因为格式宽度问题显示不出来

cokie · 发表于 Post on 2023-6-5 13:24:08

sobereva 发表于 2023-6-5 11:47
检查此文件是否在当前目录下、名字对不对

谢谢老师

我检查了一下，.xyz文件的确在当前运算文件的目录下（和.hess以及.inp同一个文件）
名字也是匹配的（我是拷贝的文件名）

另外我无论用multiwfn转化出的Tn.xyz文件，还是用ORCA计算opt+freq后产生的Tn.xyz文件，在使用ORCA算Kisc时均显示上述报错。（但相关数据在.out文件里均正常输出，并且.out文件里所有阶段计算均显示“finished without error”，只有在“运行”框里显示如图的报错）

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-6-5 14:27:07

sobereva 发表于 2023-6-5 11:47
如果大小差不多，建议都用CCSD(T)，特别是如果需要能量相互求差时

好的社长，我都改成CCSD(T)再算一次~

wanchen · 发表于 Post on 2023-6-5 14:52:38

sobereva 发表于 2023-6-5 11:40
图上一片黑，什么都看不到，重新贴
6-31G*对碘没定义，可以用def2-SVP，档次和6-31G*基本一致
搞计算的 ...

非常感谢老师的建议！

wanchen · 发表于 Post on 2023-6-5 15:20:29

sobereva 发表于 2023-6-5 11:40
图上一片黑，什么都看不到，重新贴
6-31G*对碘没定义，可以用def2-SVP，档次和6-31G*基本一致
搞计算的 ...

老师，我重新利用这个指令提交含碘分子进行激发态的计算，但也是提交上去就计算失败了，想请问下老师问题出在哪里呢？
# B3LYP/def2-SVP td=(50-50,nstates=10,root=1) IOp(9/40=4)

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-6-5 15:24:34

cokie 发表于 2023-6-5 06:24
谢谢老师

我检查了一下，.xyz文件的确在当前运算文件的目录下（和.hess以及.inp同一个文件）

在xyzfile那行的最后多加一个回车应该就行了

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-6-5 15:25:09

wanchen 发表于 2023-6-5 08:20
老师，我重新利用这个指令提交含碘分子进行激发态的计算，但也是提交上去就计算失败了，想请问下老师问题 ...

但凡说计算失败，必须给具体报错信息（屏幕上的报错信息以及输出文件最后几十行），否则无法回答

wanchen · 发表于 Post on 2023-6-5 15:30:43

wzkchem5 发表于 2023-6-5 15:25
但凡说计算失败，必须给具体报错信息（屏幕上的报错信息以及输出文件最后几十行），否则无法回答

老师，具体信息如下
# B3LYP/def2-SVP td=(50-50,nstates=10,root=1) IOp(9/40=4)
---------------------------------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
# B3LYP/def2-SVP td=(50-50,nstates=10,ro
      '
Last state= "GCL"
TCursr=    3918 LCursr=       8
Error termination via Lnk1e in /public/apps/g16/l1.exe at Mon Jun  5 15:06:48 2023.
Job cpu time:    0 days  0 hours  0 minutes  0.7 seconds.
Elapsed time:    0 days  0 hours  0 minutes  0.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    6 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

cokie · 发表于 Post on 2023-6-5 15:46:58

wzkchem5 发表于 2023-6-5 15:24
在xyzfile那行的最后多加一个回车应该就行了

谢谢老师，我检查了一下输入文件，确实发现在最后的xyzfile那行没有添加回车。

另外还有两个问题想请教一下老师，这是我的输入文件（是对着ORCA手册照猫画虎得来的）

1. 在ORCA手册输入文件的最后一行有“...”我把他理解为需要像前面"TROOTSSL 0"和"TROOTSSL -1"一样，加入"TROOTSSL 1"请问老师我这个理解对吗？
2. 在ORCA的输出文件里，因为我最后一行没加入回车所以可能"TROOTSSL 1"这一项没有算，但前面算了两项分别是"TROOTSSL 0"和"TROOTSSL -1"，给出了两个kisc rate，如果正常算完应该一共会给三个 kisc rate吧，请问老师这三个kisc rate我应该将哪个作为最终结果呢？还是我应该将这三项相加作为最终的结果？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-6-5 17:13:48

wanchen 发表于 2023-6-5 08:30
老师，具体信息如下
# B3LYP/def2-SVP td=(50-50,nstates=10,root=1) IOp(9/40=4)
----------------- ...

def2-SVP基组在高斯里要写作def2SVP

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-6-5 17:21:49

cokie 发表于 2023-6-5 08:46
谢谢老师，我检查了一下输入文件，确实发现在最后的xyzfile那行没有添加回车。

另外还有两个问题想请 ...

1. 应该是的
2. 加起来，因为S1到T1的三个spin sublevel的ISC彼此之间属于并行反应，它们对S1浓度降低的速率的影响显然是简单叠加关系。如果是计算从T1到S0的ISC，会麻烦一点，需要确定T1的三个spin sublevel的布居数是否已达平衡，如果是的话需要考虑Boltzmann平均，如果不是的话需要知道T1是从什么过程产生的才能计算从T1出发的ISC速率

shiqingduo · 发表于 Post on 2023-6-5 20:10:32

snljty2 发表于 2023-6-3 11:07
软件名拼错了。

对的不好意思是MOMAP软件

shiqingduo · 发表于 Post on 2023-6-5 20:13:16

sobereva 发表于 2023-6-3 00:11
老生常谈的问题，论坛里讨论过无数遍，去论坛首页全文搜索框搜

好的谢谢sob老师看文献了解到一个公式想请问有算Kr,Knr的具体步骤吗

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