简单量子化学问题答疑专帖

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-6-5 20:16:22

shiqingduo 发表于 2023-6-5 13:13
好的谢谢sob老师看文献了解到一个公式想请问有算Kr,Knr的具体步骤吗

DOI: 10.1021/acs.jpclett.0c02054

shiqingduo · 发表于 Post on 2023-6-5 20:19:34

wzkchem5 发表于 2023-6-5 20:16
DOI: 10.1021/acs.jpclett.0c02054

万分感谢，谢谢老师

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-6-6 09:22:05

请教各位老师，我想要使用变分过渡态理论计算速率常数，对过渡态IRC(m062x/6-311G**)曲线-4~-1和1~4取来8个点，但是朝着反应物方向的四个结构在CBS-QB3=SP水平下计算的单点能比TS的单点能还要高，正常应该是TS的单点能最高吧？这是不是有问题，怎么解决呢？谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-6 09:39:59

糖糖糖豆9988 发表于 2023-6-6 09:22
请教各位老师，我想要使用变分过渡态理论计算速率常数，对过渡态IRC(m062x/6-311G**)曲线-4~-1和1~4取来8个 ...

说明两个级别对势能面描述的差异过大
IRC路径上更高级别算的电子能量的极大点更接近于实际势能面上的过渡态。但CBS-QB3=SP也未必有多准确，看具体体系，而且CBS-QB3原本也不是为了算过渡态设计的，不推荐将CBS-QB3=SP作为通用、普适的算高精度电子能量的方法。

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-6-6 10:26:21

sobereva 发表于 2023-6-6 09:39
说明两个级别对势能面描述的差异过大
IRC路径上更高级别算的电子能量的极大点更接近于实际势能面上的过 ...

社长，那这样子要如何处理呢？需要进一步利用CCSD(T)再计算一下这几个点的结构吗？如果朝着反应物的这几个点的能量仍旧比TS高，这还能按照VTST理论计算k吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-6 10:34:12

糖糖糖豆9988 发表于 2023-6-6 10:26
社长，那这样子要如何处理呢？需要进一步利用CCSD(T)再计算一下这几个点的结构吗？如果朝着反应物的这几 ...

需
能。你就看IRC上自由能最大点在哪就完了

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-6-6 15:12:43

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2023-6-6 15:19 编辑

请教一下老师们，如何衡量反应复合物的H---O原子之间是否形成氢键呢？社长在 “计算分子内氢键键能的几种方法” 一文中 “基于键临界点的电子密度估计内氢键键能”方法中提到multiwfn载入的 “sp_B3LYP.fch” 是单点能计算任务的fch文件，但是我是用ORCA计算的单点能，那我把.gbw文件转换成转换成molden文件再载入是不是同样效果呢？谢谢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-6-6 15:18:56

糖糖糖豆9988 发表于 2023-6-6 08:12
请教一下老师们，如何衡量反应复合物的H---O原子之间是否形成氢键呢？社长在 “计算分子内氢键键能的几种方 ...

是的，但要先把gbw转成molden等格式

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-6-6 15:20:27

wzkchem5 发表于 2023-6-6 15:18
是的，但要先把gbw转成molden等格式

谢谢王老师，刚才在支持文件类型中看到啦，我去试一试

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-6-6 15:46:37

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2023-6-6 15:53 编辑

请教各位老师对于OH自由基进行的H提取反应，形成的自旋多重度为2的反应复合物，其中O---H（C原子上的H）距离在2.2-3埃之间。在multiwfn得到的ρ(BCP)=0.00001118910384，我利用图片所示的公式计算的键能绝对值仅为1.07，这是不是可以认为根本没有氢键形成呢？谢谢老师

1983984613 · 发表于 Post on 2023-6-6 16:32:33

本帖最后由 1983984613 于 2023-6-6 16:38 编辑

各位老师好，想请教一下过渡金属催化机理方面的问题，我做的是钯催化羰基化的一个机理，在其中存在一个苯胺的亲核加成过程，经过对比苯胺加成前后的反应物产物的能量，能量是合理的，然后搜索过渡态，我首先用pm6-D3进行过渡态的初猜，然后做了同水平的IRC，发现都是合理的，包括过渡态的虚频振动，然后我用高级别的方法去计算（采用的是b3lyp/def2-SVP同时加了D3），发现无法找到过渡态，经常跑丢，尝试缩短步长，以及使用calcall,都没办法找到之前的过渡态，想问下老师们有没有什么方法，可以使我这个水平上更好的搜索过渡态，或者是不是我的初猜pm6-D3不合理，需要换方法？谢谢老师！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-6-6 19:21:08

糖糖糖豆9988 发表于 2023-6-6 08:46
请教各位老师对于OH自由基进行的H提取反应，形成的自旋多重度为2的反应复合物，其中O---H（C原子上的H）距 ...

假如ρ(BCP)确实这么小的话，不用ρ(BCP)就可以判断出来没有氢键，例如通过键长判断就足够了。当ρ(BCP)极其小的时候，截图里这个公式是否适用都成问题，例如当O-H距离无穷远时，氢键键能应该为0，但按这个公式算出来非零（因为此时ρ(BCP)=0）

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-6-6 19:22:11

1983984613 发表于 2023-6-6 09:32
各位老师好，想请教一下过渡金属催化机理方面的问题，我做的是钯催化羰基化的一个机理，在其中存在一个苯胺 ...

可能这个反应本来就不存在过渡态，又或者PM6级别下的机理和B3LYP不同。
一定要用半经验方法初步优化的话，建议考虑GFN2-xTB，PM6不是太可靠

1983984613 · 发表于 Post on 2023-6-6 20:05:39

wzkchem5 发表于 2023-6-6 19:22
可能这个反应本来就不存在过渡态，又或者PM6级别下的机理和B3LYP不同。
一定要用半经验方法初步优化的话 ...

好的，谢谢老师，我用GFN2-xTB试一下，之前以为pm6加上d3会更接近结果一点

cokie · 发表于 Post on 2023-6-6 23:56:08

请问各位老师，有没有什么软件或者方法可以计算总的Kisc呢

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖