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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-8 19:14:58 | 只看该作者 Only view this author
yuanlairuci 发表于 2023-6-8 16:30
我是优化来分析弱相互作用,最近一直不成功,总是报错L502,菜鸟也看不懂输出文件哪里出错了,能量什么 ...

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

优化用6-311G**足矣
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-6-9 09:31:11 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我在用ORCA计算一个含Pd体系时报错,输入文件如下:
! B3LYP D3 ma-def2-TZVPP autoaux RIJCOSX tightSCF noautostart miniprint nopop

报错信息:
Calculating one electron integrals          ... done (  0.7 sec)
Calculating ECP integrals                   ... done ( 19.3 sec)
Calculating RI/J V-Matrix + Cholesky decomp.... [file orca_tools/Tool-GTO-Integrals/SHARK/shark.cpp, line 334, Process 4]:  ... sorry, have to bail out
[file orca_tools/Tool-GTO-Integrals/SHARK/shark.cpp, line 334, Process 5]:  ... sorry, have to bail out
[file orca_tools/Tool-GTO-Integrals/SHARK/shark.cpp, line 334, Process 6]:  ... sorry, have to bail out
[file orca_tools/Tool-GTO-Integrals/SHARK/shark.cpp, line 334, Process 7]:  ... sorry, have to bail out
[file orca_tools/Tool-GTO-Integrals/SHARK/shark.cpp, line 334, Process 8]:  ... sorry, have to bail out
[file orca_tools/Tool-GTO-Integrals/SHARK/shark.cpp, line 334, Process 9]:  ... sorry, have to bail out
[file orca_tools/Tool-GTO-Integrals/SHARK/shark.cpp, line 334, Process 10]:  ... sorry, have to bail out
[file orca_tools/Tool-GTO-Integrals/SHARK/shark.cpp, line 334, Process 11]:  ... sorry, have to bail out
[file orca_tools/Tool-GTO-Integrals/SHARK/shark.cpp, line 334, Process 12]:  ... sorry, have to bail out
[file orca_tools/Tool-GTO-Integrals/SHARK/shark.cpp, line 334, Process 13]:  ... sorry, have to bail out
[file orca_tools/Tool-GTO-Integrals/SHARK/shark.cpp, line 334, Process 14]:  ... sorry, have to bail out
[file orca_tools/Tool-GTO-Integrals/SHARK/shark.cpp, line 334, Process 15]:  ... sorry, have to bail out


WARNING! Potentially linear dependencies in the auxiliary basis
===>>    At the moment, SHARK is not equipped to deal with this
[file orca_tools/Tool-GTO-Integrals/SHARK/shark.cpp, line 334, Process 0]:  ... sorry, have to bail out
[file orca_tools/Tool-GTO-Integrals/SHARK/shark.cpp, line 334, Process 1]:  ... sorry, have to bail out
[file orca_tools/Tool-GTO-Integrals/SHARK/shark.cpp, line 334, Process 2]:  ... sorry, have to bail out
[file orca_tools/Tool-GTO-Integrals/SHARK/shark.cpp, line 334, Process 3]:  ... sorry, have to bail out

ORCA finished by error termination in GTOInt



不加弥散时计算可以正常结束。请问是我输入文件有问题吗?

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发表于 Post on 2023-6-9 12:06:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wanghaoyu 于 2023-6-9 13:27 编辑

请问
1)ORCA如何实现利用xtb进行几何优化以后,结果继续进行DFT级别的优化。这是可以写到一个inp文件实现的吗?还是必须得分开写呢?搜索半天,实在没找到类似的范例。
2)xtb如果不输入电荷和自旋多重度-1 为啥也能计算呢?结果可靠吗?

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发表于 Post on 2023-6-9 21:46:12 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,请问我如果用UKS的方式优化三重态激发态的几何构型,这时采用的泛函是和基态优化保持一致,还是和单重态激发态使用的泛函一致呢?我研究的金属配合物体系单重态可以证明有比较强的电荷转移,因此基态优化使用PBE0泛函时单重态激发态都用CAM-B3LYP泛函进行优化(发射能和实验观测接近);但对于三重态激发态,采用UKS方式优化时,是用PBE0进行、再用CAM-B3LYP算TD单点,还是直接CAM-B3LYP优化、再CAM-B3LYP算TD单点呢?谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-10 07:19:32 | 只看该作者 Only view this author
ningchem 发表于 2023-6-9 09:31
各位老师好,我在用ORCA计算一个含Pd体系时报错,输入文件如下:
! B3LYP D3 ma-def2-TZVPP autoaux RIJCO ...

ma-def2-TZVPP autoaux容易有线性相关问题。不用辅助基组,如果加弥散不是必须的则改用def2-QZVPP(-g,-f)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-10 07:23:12 | 只看该作者 Only view this author
KSeGaSn 发表于 2023-6-9 21:46
各位老师好,请问我如果用UKS的方式优化三重态激发态的几何构型,这时采用的泛函是和基态优化保持一致,还 ...

S1态用什么泛函优化的T1态就用什么泛函优化
同类任务一般应当保持泛函一致
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发表于 Post on 2023-6-13 01:09:11 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 cokie 于 2023-6-13 01:10 编辑

请问一下各位老师,我想算一下S1态的重组能,就是图中的λ1。计算过程我是先用tddft B3LYP-D3(BJ)/6-31G(d,p)做的S1态的优化和频率计算,之后E1我用tddft, (0 1) M06-2X/6-311+G(d,p)计算单点能,E1'则是用tddft, (-1 2) M06-2X/6-311+G(d,p)计算单点能。结果λ1算出来高达30000 cm-1,比通过实验测得的丨λ1+λ0丨还要大6倍左右(实验测得丨λ1+λ0丨=5100 cm-1),请问我的计算方法有误吗?我现在不知道我错在哪里才搞出这离谱的误差。

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发表于 Post on 2023-6-13 01:16:46 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2023-6-12 18:09
请问一下各位老师,我想算一下S1态的重组能,就是图中的λ1。计算过程我是先用tddft B3LYP-D3(BJ)/6-31G(d, ...

重组能的单点能必须和结构优化是同一个理论级别。
容易看出,随着基态结构和激发态结构的差别d的增加,重组能应该以d的平方的速率增加,而如果单点能和结构优化的理论级别不一致的话,重组能会以d的一次方的速率增加,所以当重组能不是太大时,单点能和结构优化的理论级别不一致会导致高估重组能,且高估多少倍都有可能。

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cokie + 3 感谢王老师!

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Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2023-6-13 09:31:29 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我想问一下这个我做的自由基加成,一直优化到产物的结构,在计算过渡态时使用的自旋极化单重态,但是始终优化不到想要的过渡态,用了guess=mix,stable=opt,也尝试了片段初猜,但是一直出现Bad data into FinFrg.不知道这个怎么解决。第一次尝试将铜,配体为一部分,其他的为另一部分。第二次尝试将双N配体为一部分,铜氰为一部分,剩下的为一部分,请问这样合理吗?怎么解决Bad data into FinFrg.的问题?

202306130923018766..png (73.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 35)

202306130923018766..png

202306130931235027..png (69.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 33)

202306130931235027..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-13 11:56:17 | 只看该作者 Only view this author
hehe321123 发表于 2023-6-13 09:31
sob老师,我想问一下这个我做的自由基加成,一直优化到产物的结构,在计算过渡态时使用的自旋极化单重态, ...

贴输入文件和压缩后的输出文件
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发表于 Post on 2023-6-13 14:17:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-13 11:56
贴输入文件和压缩后的输出文件

这是输入文件和输出文件,麻烦sob老师帮我看一下

TSCu3.com

3.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

TSCu3.7z

1.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-13 14:48:07 | 只看该作者 Only view this author
hehe321123 发表于 2023-6-13 14:17
这是输入文件和输出文件,麻烦sob老师帮我看一下

你没上传输出文件
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发表于 Post on 2023-6-13 14:57:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-13 14:48
你没上传输出文件

已上传,刚才搞错了

TSCu3.zip

585.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

输出文件

TSCu3-guess.zip

45.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

片段初猜输入输出文件

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发表于 Post on 2023-6-13 15:29:31 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,学生近期计算了一个18碳环和苯环的双分子结构,做了optfreq,算了结合能、单点和NMR,写了一篇小文章,但是身边没有做计算的老师,所以迟迟无法修改,请问有老师可以帮助审阅文章,提一些修改建议吗?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-13 16:50:41 | 只看该作者 Only view this author
hehe321123 发表于 2023-6-13 14:57
已上传,刚才搞错了

0 1 0 1 0 2 0 2设得不对
第二个和第三个片段的alpha都比beta电子数多一个,显然整体的自旋多重度不可能为1
其中一个必须写-2才对得上
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