简单量子化学问题答疑专帖

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-5 08:35:09

Gaussian-Caio 发表于 2023-7-5 08:13
谢谢sob老师的回答，那请问我这边是先固定其中一个分子，放开另外两个分子做优化？还是先固定两个分子， ...

不固定任何原子，直接优化整体

Gaussian-Caio · 发表于 Post on 2023-7-5 10:15:16

sobereva 发表于 2023-7-5 08:35
不固定任何原子，直接优化整体

谢谢老师，那需要在gif文件里面的原子名后面写上（0 -1）这种参数吗？因为看你之前发的那个帖子，opt=cartesian需要用0 -1设置冻结。那这里都不固定任何原子，那么都是写-1表示不冻结吗？

devilove · 发表于 Post on 2023-7-5 14:36:41

请教Sob老师：后HF计算中(full)，对碘用aug-cc-pwCTVZ-PP基组 (ECP28mdf赝势)，其余前三周期原子用aug-cc-pwCTVZ描述（氢用aug-cc-pVTZ），是否可行？

@CHQ啦 · 发表于 Post on 2023-7-6 08:59:05

本帖最后由 @CHQ啦于 2023-7-6 11:14 编辑

请问老师，IRC没有达到我想要的那个前中间体，我应该怎么做

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-6 09:14:55

Gaussian-Caio 发表于 2023-7-5 10:15
谢谢老师，那需要在gif文件里面的原子名后面写上（0 -1）这种参数吗？因为看你之前发的那个帖子，opt=car ...

分清楚gif和gjf
用opt=cartesian跟是否冻结毫无直接关系

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-6 09:16:01

devilove 发表于 2023-7-5 14:36
请教Sob老师：后HF计算中(full)，对碘用aug-cc-pwCTVZ-PP基组 (ECP28mdf赝势)，其余前三周期原子用aug-cc-p ...

不存在aug-cc-pwCTVZ-PP。只有aug-cc-pwCVTZ-PP

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-6 09:57:58

@CHQ啦发表于 2023-7-6 08:59
文件正常结束，我上传不上来，请问像左边这种情况，要怎么操作

论坛首页公告栏明确说了，较大文本文件必须先压缩再上传
并且注意看此文
计算化学研究者应当了解的文件压缩的常识
http://sobereva.com/672（http://bbs.keinsci.com/thread-37881-1-1.html）

没完整输入输出文件没法说

不要以“请问像左边这种情况，要怎么操作”这种方式发问，明确描述清楚你要问什么
好好看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

devilove · 发表于 Post on 2023-7-6 10:49:52

sobereva 发表于 2023-7-6 09:16
不存在aug-cc-pwCTVZ-PP。只有aug-cc-pwCVTZ-PP

抱歉，Sob老师，粗心笔误。还烦请您指点，该基组搭配是否合理？(已google并检索论坛，但对体现核电子相关的基组的讨论较少)

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-6 10:52:18

devilove 发表于 2023-7-6 10:49
抱歉，Sob老师，粗心笔误。还烦请您指点，该基组搭配是否合理？(已google并检索论坛，但对体现核电子相关 ...

可

@CHQ啦 · 发表于 Post on 2023-7-6 11:14:38

sobereva 发表于 2023-7-6 09:57
论坛首页公告栏明确说了，较大文本文件必须先压缩再上传
并且注意看此文
计算化学研究者应当了解的文件 ...

抱歉，老师

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-7 10:08:29

@CHQ啦发表于 2023-7-6 08:59
请问老师，IRC没有达到我想要的那个前中间体，我应该怎么做

我不知道你算的是什么，如果I是自由基，那没事，如果是I-离子，体系净电荷不对，而且必须得给碘加弥散函数

看下文确保计算没有硬伤
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400（http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html）

opt freq IRC都用默认的IEFPCM甭用SMD

LQA改成recalc=3

如果IRC还跑不完整，按照虚频微调结构用较小步长上限做优化凑合当IRC用

@CHQ啦 · 发表于 Post on 2023-7-7 15:01:36

sobereva 发表于 2023-7-7 10:08
我不知道你算的是什么，如果I是自由基，那没事，如果是I-离子，体系净电荷不对，而且必须得给碘加弥散函 ...

好的，是碘自由基，谢谢老师

Gaussian-Caio · 发表于 Post on 2023-7-8 15:59:22

请问sob老师，这种模型构建思路是怎么的？（直接把这几个分子和Li放一平面直接做全局优化吗）

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-7-8 16:35:43

Gaussian-Caio 发表于 2023-7-8 08:59
请问sob老师，这种模型构建思路是怎么的？（直接把这几个分子和Li放一平面直接做全局优化吗）

对，视构象搜索软件而定，摆一个复合物的初始结构然后做构型搜索也可以，把离子和配体单独的结构给程序让程序做构型搜索也可以

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-9 09:30:29

Gaussian-Caio 发表于 2023-7-8 15:59
请问sob老师，这种模型构建思路是怎么的？（直接把这几个分子和Li放一平面直接做全局优化吗）

genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

Li+固定在中心，让genmer产生有机分子绕着Li+各种随机排布的结构，然后拿molclus做构型搜索

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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