简单量子化学问题答疑专帖

Gaussian-Caio · 发表于 Post on 2023-7-10 07:56:04

wzkchem5 发表于 2023-7-8 16:35
对，视构象搜索软件而定，摆一个复合物的初始结构然后做构型搜索也可以，把离子和配体单独的结构给程序让 ...

好的，谢谢老师您的回答，那请问这个构想搜索软件是Molcus的gentor和genmer组件吗？那我这里应该是genmer组件的分子构像搜索吗？搜索完后还要在用Gaussian跑一下结构优化吗

Gaussian-Caio · 发表于 Post on 2023-7-10 08:00:18

sobereva 发表于 2023-7-9 09:30
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369- ...

哈哈，好的。谢谢，sob老师

liangjianfei · 发表于 Post on 2023-7-11 09:38:14

求助，我想要绘制两个体系的ELF，但是输出的fchk角度不同，无法进行对比，请问各位老师如何解决，谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-11 10:56:07

liangjianfei 发表于 2023-7-11 09:38
求助，我想要绘制两个体系的ELF，但是输出的fchk角度不同，无法进行对比，请问各位老师如何解决，谢谢

说清楚用什么程序绘制成什么样的ELF图
诸如三维等值面图你把角度旋转合适就完了
如果是Multiwfn主功能4绘制平面图，恰当定义绘图平面就完了，看下文4.2节
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452

liangjianfei · 发表于 Post on 2023-7-11 15:47:59

本帖最后由 liangjianfei 于 2023-7-11 15:49 编辑

sobereva 发表于 2023-7-11 10:56
说清楚用什么程序绘制成什么样的ELF图
诸如三维等值面图你把角度旋转合适就完了
如果是Multiwfn主功能4 ...

老师，我是用的Multiwfn主功能4，我之前使用的是3YZ平面得不到想要的角度。看了手册想要用4——选择3个原子的方式作图，但是我输入了我fchk中标号的原子回车后，multiwfn程序就关闭了，并没有生成图片。我想问一下是什么原因，是需要重新对原子标号吗？C:\Users\Administrator\Desktop

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-7-11 16:48:35

liangjianfei 发表于 2023-7-11 08:47
老师，我是用的Multiwfn主功能4，我之前使用的是3YZ平面得不到想要的角度。看了手册想要用4——选择3个原 ...

在命令行里运行Multiwfn，不要双击窗口运行。这个办法虽然不解决问题，但是能让你看到Multiwfn关闭之前输出的报错信息，进而方便确定Multiwfn关闭的原因

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-12 08:55:38

liangjianfei 发表于 2023-7-11 15:47
老师，我是用的Multiwfn主功能4，我之前使用的是3YZ平面得不到想要的角度。看了手册想要用4——选择3个原 ...

不能输入全角逗号
属于计算机常识知识

liangjianfei · 发表于 Post on 2023-7-12 10:01:28

sobereva 发表于 2023-7-12 08:55
不能输入全角逗号
属于计算机常识知识

问题解决了，感谢老师回复。我是做实验的，老师让我自学计算，常识了解的也不多，麻烦您了

white-album · 发表于 Post on 2023-7-12 12:20:03

请问下各位老师，对于像臭氧氧化双酚A这种有机物的反应，在选用泛函的时候是优先根据臭氧的强静态相关性质，选用TPSS这种纯泛函还是选用对有机物计算比较好的把lyp啊

MercuryLamp · 发表于 Post on 2023-7-12 12:54:35

本帖最后由 MercuryLamp 于 2023-7-12 13:01 编辑

老师们好，我在研究一个氧气和有机物的氢转移反应过渡态时，先使用B3LYP-D3BJ/def2-SVP级别进行计算，最终并未找到过渡态（达到步数上限仍未收敛），怀疑该反应可能没有过渡态，因此又用相同的级别对O-H键键长进行了柔性扫描，结果如下图，发现扫描过程中确实无极大值。

但后续又使用M06-2X-D3/def-TZVP级别对O-H键键长进行了柔性扫描，发现出现了一个极大值，以该极大值的结构作为过渡态初猜进行过渡态计算，确实找到了一个过渡态，观察虚频似乎也和预想的一样，这两个计算级别的结果哪个更可信呢？附件是我的输入和输出文件，烦请老师们指点，谢谢。

小白求助 · 发表于 Post on 2023-7-12 14:36:59

老师，玻尔兹曼构象分布适用于激发态的时候么？

忘不掉的回忆 · 发表于 Post on 2023-7-12 15:28:22

请问老师，假如现在计算出了两个不同体系的相互作用能，分别为-47.45kJ/mol和-29.64kJ/mol。

可以在文中说“负号”代表方向。相互作用能越大，相互作用越强吗？
谢谢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-7-12 15:43:52

小白求助发表于 2023-7-12 07:36
老师，玻尔兹曼构象分布适用于激发态的时候么？

适用，只要体系可以处理为平衡态即可。例如S1、T1往S0的弛豫都特别慢，但S1、T1之间ISC、RISC很快，那么S1、T1的相对浓度可以用Boltzmann分布算

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-7-12 15:45:33

MercuryLamp 发表于 2023-7-12 05:54
老师们好，我在研究一个氧气和有机物的氢转移反应过渡态时，先使用B3LYP-D3BJ/def2-SVP级别进行计算，最终 ...

后者可信的概率稍大一点，因为这种反应受SIE影响大。
但是唯一严格确定的方法就是换更高理论级别再算一次，例如双杂化泛函；如果做不动扫描，就在你已经扫出的任意一条曲线上做一系列单点计算，看看这些单点能描绘出的曲线和原来泛函的扫描曲线是否吻合

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-7-12 15:46:20

white-album 发表于 2023-7-12 05:20
请问下各位老师，对于像臭氧氧化双酚A这种有机物的反应，在选用泛函的时候是优先根据臭氧的强静态相关性质 ...

臭氧和有机物的反应有现成的benchmark文章（起码当有机物是烯烃时是有的），可以查一下

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖