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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2023-7-14 16:28:57 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,我想问一下ee值得计算取决于两种构型的势垒差还是能量差?

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发表于 Post on 2023-7-14 17:25:25 | 只看该作者 Only view this author
hehe321123 发表于 2023-7-14 09:28
各位老师,我想问一下ee值得计算取决于两种构型的势垒差还是能量差?

活化自由能之差
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发表于 Post on 2023-7-14 17:26:37 | 只看该作者 Only view this author
Roonry 发表于 2023-7-14 08:44
各位老师好,我使用M06-2X/6-311G**  计算溴化双酚A的分解 C-Br键会首先断开,Br自由基可能和甲基自由基结 ...

什么叫“最终的能量”,指的是什么减什么?
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发表于 Post on 2023-7-14 17:27:18 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2023-7-14 08:01
请教各位老师,自由能垒低的反应用MESS计算出来的高压极限速率常数并不是最快的,这如何解释呢?谢谢

说明过渡态理论不适合用来预测这个体系的速率常数相对大小。自由能垒低、速率常数大,是过渡态理论框架下才成立的结论
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发表于 Post on 2023-7-14 17:27:48 | 只看该作者 Only view this author
limen 发表于 2023-7-14 01:33
算乙醇,查阅资料乙醇生成焓为278kJ/mol
方案一:-1374kJ/mol
方案二:-260kJ/mol

是不是计算的时候把生成焓的符号搞错了
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发表于 Post on 2023-7-14 18:33:12 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Roonry 于 2023-7-14 19:00 编辑
wzkchem5 发表于 2023-7-14 17:26
什么叫“最终的能量”,指的是什么减什么?

老师好,指的是 溴甲烷+溴化双酚A脱1个Br的自由基-甲基自由基-溴化双酚A 这个E是正的 所有自由基和化合物都进行了结构优化 然后用Shermo得到的热力学数据 用的吉布斯自由能

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发表于 Post on 2023-7-14 18:46:45 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,想问一下IRC跑成这样是什么原因

202307141846431041..png (35.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

202307141846431041..png

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发表于 Post on 2023-7-14 19:25:26 | 只看该作者 Only view this author
hehe321123 发表于 2023-7-14 18:46
各位老师,想问一下IRC跑成这样是什么原因

在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400
"
Q:我的IRC曲线在过渡态位置怎么特别尖/不平滑,貌似不对劲?
A:应当确认初始结构是优化过的过渡态结构,并且找过渡态和走IRC用的计算级别(包括任何能够影响单点能的因素)严格相同。如果你就是这样做的,那么尝试增加过渡态的定位精度,比如优化过渡态时用tight收敛限、calcall/recalc=x、增加积分格点精度等。如果这些也都试了,走IRC时用GS2算法,或加上calcall试试。另外也要确保IRC任务第一步收敛到的波函数与过渡态搜索最后一步相同,这在前面已经说过了。
"

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发表于 Post on 2023-7-14 19:53:02 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2023-7-14 19:25
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400
"

谢谢

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发表于 Post on 2023-7-14 21:00:02 | 只看该作者 Only view this author
老师好,关于SCF能量和相关能的外推,讲义上有讲α和β参数都有人拟合了,请问相关文献是哪篇

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发表于 Post on 2023-7-14 23:10:35 | 只看该作者 Only view this author
选择需要的结构保存为 gjf 文件即可,gjf不是gif

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-15 09:03:52 | 只看该作者 Only view this author
wangxing 发表于 2023-7-14 21:00
老师好,关于SCF能量和相关能的外推,讲义上有讲α和β参数都有人拟合了,请问相关文献是哪篇

谈谈能量的基组外推
http://sobereva.com/172
里面有来源
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-7-15 15:31:38 | 只看该作者 Only view this author
Roonry 发表于 2023-7-14 11:33
老师好,指的是 溴甲烷+溴化双酚A脱1个Br的自由基-甲基自由基-溴化双酚A 这个E是正的 所有自由基和化合物 ...

你为什么觉得这个能量不应该是正的?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-15 19:02:06 | 只看该作者 Only view this author
naive 发表于 2023-7-14 16:20
我理解的使用geom=check guess=read chk文件,那读取的是不是最后一个结果,但是我想要读取的是之前的构象 ...

点击相应圆点,保存结构
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发表于 Post on 2023-7-16 00:35:04 | 只看该作者 Only view this author
文献报道通过高斯软件在B3LYP/6-31G(d,p)u+1s[H]水平计算Fermi contact耦合常数,请问在高斯输入文件中如何写入这个基组?

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