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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-17 14:36:04 | 只看该作者 Only view this author
betteron 发表于 2023-7-17 14:32
在gaussview中,点击分子轨道可视化,然后点击update会一直出现The Cube Generator Failed是什么原因啊,学 ...

bug

甭用gview就完了,用Multiwfn看轨道效果好得多速度快得多还完全免费
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html
使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图(含视频演示)
http://sobereva.com/447http://bbs.keinsci.com/thread-11122-1-1.html
用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法(含演示视频)
http://sobereva.com/449http://bbs.keinsci.com/thread-11550-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
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发表于 Post on 2023-7-17 16:19:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-17 14:36
bug

甭用gview就完了,用Multiwfn看轨道效果好得多速度快得多还完全免费

好嘞 感谢sob老师

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发表于 Post on 2023-7-17 16:35:19 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,我做了一个铜氰自由基过程,发现R构型活化自由能垒只有1.01Kcal,而S构型则有0.6Kcal,算出来达不到90ee值,请问有什么方法提高活化自由能垒值吗

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发表于 Post on 2023-7-17 16:38:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-17 11:21
NBO会输出各个原子各个NAO的能量,看相应原子对应价层的

谢谢sob老师,把各原子价电子层的占据轨道能量加起来可以对上了

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发表于 Post on 2023-7-17 16:38:34 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2023-7-17 03:21
谢谢老师回复。这个反应(就叫他反应1)的自由能垒确实很低,为1.13 kal/mol,因此使用的是VTST理论;其 ...

VTST计算考虑了隧穿了吗?
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发表于 Post on 2023-7-17 19:26:14 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,我想重复一下文献中的计算,文献中用的时1M的苯做溶剂,请问我该怎么设置,用的是高斯

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发表于 Post on 2023-7-17 19:44:15 | 只看该作者 Only view this author
hehe321123 发表于 2023-7-17 12:26
各位老师,我想重复一下文献中的计算,文献中用的时1M的苯做溶剂,请问我该怎么设置,用的是高斯

http://sobereva.com/327的方法
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发表于 Post on 2023-7-17 20:35:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-17 14:36
bug

甭用gview就完了,用Multiwfn看轨道效果好得多速度快得多还完全免费

我想再请请教一下我在按照老师您的步骤运行过后,vmd一直出现未响应状态,但是我multiwfn和vmd都是按照老师发的下载的,所以想再请教一下

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发表于 Post on 2023-7-17 22:00:20 | 只看该作者 Only view this author
betteron 发表于 2023-7-17 13:35
我想再请请教一下我在按照老师您的步骤运行过后,vmd一直出现未响应状态,但是我multiwfn和vmd都是按照老 ...

你的电脑运行其他的和VMD占用资源差不多的程序,会卡吗?可能是电脑的问题而非VMD的问题
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发表于 Post on 2023-7-18 10:48:21 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,请教下BDE在M062X/def2tzvp级别下 计算出来相差 3.5kcal/mol能否说明键的强度有差异?感谢老师们。
Lure Over Love

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发表于 Post on 2023-7-18 14:49:56 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-7-17 22:00
你的电脑运行其他的和VMD占用资源差不多的程序,会卡吗?可能是电脑的问题而非VMD的问题

老师,其他软件运行ok的,这是他运行时显示的错误,具体我不知道该怎么解决
Warning) Detected a mismatch between CUDA runtime and GPU driver
Warning) Check to make sure that GPU drivers are up to date.
Info) No CUDA accelerator devices available.
Info) OpenGL renderer: AMD Radeon(TM) Graphics
Info)   Features: STENCIL MDE CVA MTX NPOT PP PS GLSL(OVFGS)
ERROR) Failed to open OpenGL shader source files: C:/Program Files (x86)/University of Illinois/VMD//shaders/vmd.vert, C:/Program Files (x86)/University of Illinois/VMD//shaders/vmd.frag
Warning) GPU driver failed to compile shader:
Warning)   C:/Program Files (x86)/University of Illinois/VMD//shaders/vmd
Warning) This GPU/driver is buggy, or doesn't fully implement GLSL.
Warning) Set environment variable VMDGLSLVERBOSE for more info.
Info)   GLSL rendering mode is NOT available.
Info)   Textures: 2-D (16384x16384), 3-D (2048x2048x2048), Multitexture (8)
ERROR) Tcl startup error: Can't find a usable init.tcl in the following directories:
ERROR)     {C:/Program Files (x86)/University of Illinois/VMD//scripts/tcl} {C:/Program Files (x86)/University of Illinois/VMD/scripts/tcl8.5} {C:/hpc/Always uses/Multiwfn+vmd/esp/lib/tcl8.5} {C:/hpc/Always uses/Multiwfn+vmd/esp/lib/tcl8.5} {C:/hpc/Always uses/Multiwfn+vmd/lib/tcl8.5} {C:/hpc/Always uses/Multiwfn+vmd/esp/library} {C:/hpc/Always uses/Multiwfn+vmd/library} {C:/hpc/Always uses/Multiwfn+vmd/tcl8.5.6/library} {C:/hpc/Always uses/tcl8.5.6/library}
ERROR)
ERROR)
ERROR)
ERROR) This probably means that Tcl wasn't installed properly.
ERROR) Tk startup error: invalid command name "tcl_findLibrary"
Info) Joystick 0, 0 axes, 0 buttons, Microsoft 电脑游戏杆驱动程序
ERROR) Could not read the vmd initialization file -
ERROR)   source {C:/Program Files (x86)/University of Illinois/VMD//scripts/vmd/vmdinit.tcl}
ERROR) couldn't read file "C:/Program Files (x86)/University of Illinois/VMD//scripts/vmd/vmdinit.tcl": no such file or directory
ERROR) The VMDDIR variable in the Windows registry is missing or incorrect.
ERROR) VMD will continue with limited functionality.
ERROR) Color definitions file 'C:/Program Files (x86)/University of Illinois/VMD//scripts/vmd/colordefs.dat' does not exist.
ERROR) Parsing color definitions failed.
ERROR) Material definitions file 'C:/Program Files (x86)/University of Illinois/VMD//scripts/vmd/materials.dat' does not exist.
ERROR) Parsing material definitions failed.
ERROR) Residue types file 'C:/Program Files (x86)/University of Illinois/VMD//scripts/vmd/restypes.dat' does not exist.
ERROR) Parsing residue types failed.
ERROR) Atomselection macro file 'C:/Program Files (x86)/University of Illinois/VMD//scripts/vmd/atomselmacros.dat' does not exist.
ERROR) Parsing atomselection macros failed.
bad window path name "main"
bad window path name "display"
bad window path name "graphics"
bad window path name "color"
bad window path name "files"
bad window path name "labels"
bad window path name "render"
bad window path name "main"
ERROR) invalid command name "vmd_load_extension_packages"

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发表于 Post on 2023-7-18 16:14:15 | 只看该作者 Only view this author
betteron 发表于 2023-7-18 07:49
老师,其他软件运行ok的,这是他运行时显示的错误,具体我不知道该怎么解决
Warning) Detected a mismat ...

报错信息已经说得很清楚了
This probably means that Tcl wasn't installed properly.
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发表于 Post on 2023-7-18 17:35:54 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-7-17 16:38
VTST计算考虑了隧穿了吗?

老师您好,图片为MESS程序中VTST部分的输入,没有考虑隧穿,如果加上的话怎么写呢?因为其他TST方法的部分考虑了隧穿,输入写为
“      Tunneling         Eckart        ImaginaryFrequency[1/cm]    125.57               
        WellDepth[kcal/mol]     60.27453526                                                                           
        WellDepth[kcal/mol]     0.788613682                                                    
        End ”
但是VTST变分处理的部分MESS该如何考虑隧穿呢?谢谢老师

202307181732583859..png (34.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

MESS输入部分关键词

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发表于 Post on 2023-7-18 19:35:53 | 只看该作者 Only view this author
Gzh_NJ 发表于 2023-7-18 03:48
老师们好,请教下BDE在M062X/def2tzvp级别下 计算出来相差 3.5kcal/mol能否说明键的强度有差异?感谢老师们 ...

当且仅当两根键足够像时可以。例如两根键都是sp3 C-H键,那可以;一根键是C-H键,另一根键是Si-F键,那估计有点悬
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发表于 Post on 2023-7-18 20:15:41 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-7-18 19:35
当且仅当两根键足够像时可以。例如两根键都是sp3 C-H键,那可以;一根键是C-H键,另一根键是Si-F键,那估 ...

谢谢王老师,是您说的第一种情况
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