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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-19 20:26:10 | 只看该作者 Only view this author
hehe321123 发表于 2023-7-19 20:03
这是柔性扫描的结果,没算完

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

在搞清楚柔性扫描原理的前提下恰当设置扫描变量和约束
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-7-19 23:48:01 | 只看该作者 Only view this author
hehe321123 发表于 2023-7-19 13:01
各位老师,我做了一个自由基加成到铜上的自由基加成的过程。一开始做了个柔性扫描,扫描到第五帧的时候直接 ...

说明扫描坐标选取不合理。参见DOI: 10.1002/wcms.34的图3,以及相关讨论
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2023-7-20 08:16:47 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-7-19 23:48
说明扫描坐标选取不合理。参见DOI: 10.1002/wcms.34的图3,以及相关讨论

谢谢老师

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发表于 Post on 2023-7-20 10:28:00 | 只看该作者 Only view this author

计算化学高斯优化

在高斯中优化二甲基汞,方法为b3lyp,基组为6-31(d,p)。最后的log文件打开时显示无法定位偶极子导数是什么意思?烦请各位解答一下。





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发表于 Post on 2023-7-20 10:42:26 | 只看该作者 Only view this author
应该是分子对成性太强了。
你优化二甲基汞的目的是什么?如果只是为了获取热力学数据,点击OK就行了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-20 11:08:48 | 只看该作者 Only view this author
explorer-matter 发表于 2023-7-20 10:28
在高斯中优化二甲基汞,方法为b3lyp,基组为6-31(d,p)。最后的log文件打开时显示无法定位偶极子导数是什么意 ...

看清楚板块再发帖,Gaussian的问题别发到第一性原理版块

不用管,don't tell me again就完了
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发表于 Post on 2023-7-22 10:38:26 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,对于四氢化萘C10H12,采用CBS-QB3方法计算其气态生成焓,取输出文件“ CBS-QB3 Enthalpy=         -387.512314 ”为H(C10H12(g)),通过公式627.5094*(10*石墨蒸发焓+H(C10H12(g))-10*C(g)-6*H2(g))计算,具体数据(三重态C、H2都是在CBS-QB3下计算)如图所示。计算出来的四氢化萘C10H12气态生成焓值为15.176 kcal/mol,约为63千焦,与NIST数据库的结果(如图2)差异很大,可以请老师们看看是什么问题吗?谢谢老师

202307221035145334..png (5.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

图1

图1

202307221037559446..png (12.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

图2

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发表于 Post on 2023-7-22 11:16:52 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 hzfish 于 2023-7-22 16:30 编辑

r2SCAN是纯泛函,r2SCAN-3cr适用用于优化富勒烯和碳纳米管吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-22 22:35:10 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2023-7-22 11:16
r2SCAN是纯泛函,r2SCAN-3cr适用用于优化富勒烯和碳纳米管吗?

不是不能用,但大概率不会比B3LYP更好。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-7-22 23:08:24 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2023-7-22 03:38
请教各位老师,对于四氢化萘C10H12,采用CBS-QB3方法计算其气态生成焓,取输出文件“ CBS-QB3 Enthalpy=    ...

这个精度其实还可以了,差不多是CBS-QB3的正常误差范围,四氢化萘差不多得有20多根键,每根键的键能差1.5kJ/mol就足以解释这个生成焓的误差了,而1.5kJ/mol已经低于化学精度的范围了。表面上看计算值和实验值差2倍,但是要注意生成焓是两个很大的数相减的结果,而计算值的误差的绝对大小并不大。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2023-7-23 10:27:02 | 只看该作者 Only view this author

做激发态的是否可以按一下步骤

1.S0的优化: CAM-B3LYP/6-31G(d)  0 1 opt+frep
2.S1的优化基于S0优化的结构:CAM-B3LYP/6-31G(d)  0 1 opt+frep  td
3.T1的优化基于S0优化的结构:CAM-B3LYP/6-31G(d)  0 1 opt+frep  td(triplet) 或者CAM-B3LYP/6-31G(d)  0 3 opt+frep  
Est=T1-S1 这里的能量是用的电子能量还是吉布斯,是否需要校正后的能量?


管理员注:回复见1993L

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发表于 Post on 2023-7-23 13:47:53 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,请问能否通过金属和配体距离间的柔性扫描方法,从量化角度去衡量络合反应的快慢,例如Ni(h2o)6和Co(h2o)6。如果可以,关键词该如何写呢?

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发表于 Post on 2023-7-23 16:08:23 | 只看该作者 Only view this author
那叫freq不叫frep,记住frequency怎么拼
假设CAM-B3LYP确实适合你的体系(注意CAM-B3LYP经常高估LE激发的能量),且你的体系不需要弥散函数的话,大体上可以。但是除非分子特别小或特别刚性,否则必须加色散校正;如果实验是在溶剂里做的,计算必须加溶剂模型;如果实验是在固相里做的,计算最好用背景电荷考虑固体环境,如果因为缺少晶体结构或计算量等原因而做不到的话,至少用溶剂模型等效地考虑固体环境。
实验测得的Est一般是S1-T1,而且一般是0-0能量,所以应该加零点能校正。S1和T1的自由能之差也是实验可以测得的(例如通过ISC和RISC速率之比),但是那就不叫Est了,E顾名思义是能量而非自由能
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2023-7-23 16:25:53 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2023-7-23 06:47
老师您好,请问能否通过金属和配体距离间的柔性扫描方法,从量化角度去衡量络合反应的快慢,例如Ni(h2o)6和 ...

http://sobereva.com/474
Zikuan Wang
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2023-7-23 23:52:19 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 护卫天使 于 2023-7-23 23:54 编辑

谢谢老师。麻烦老师有空看一下我这个输入文件去做柔性扫描是否合理?计算核数为48核。

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