简单量子化学问题答疑专帖

hzfish · 发表于 Post on 2023-7-23 23:55:30

使用g09进行sobEDA分析，结果很奇怪。
g09版本： Gaussian 09, Revision E.01
重复sobEDA分析例子4.4，使用g09计算，其他设置不变，结果如下：
*************************
***** Final results *****
*************************

Total interaction energy: -97.50 kcal/mol    //与g16结果相同

Physical components of interaction energy derived by sobEDA:
Electrostatic (E_els):  60219.51 kcal/mol    //g16结果为-171.02 kcal/mol
Exchange (E_x): -115.55 kcal/mol    //与g16结果相同
Pauli repulsion (E_rep):    0.00 kcal/mol //g16结果为469.61 kcal/mol
Exchange-repulsion (E_xrep = E_x + E_rep): -115.55 kcal/mol //g16结果354.06 kcal/mol
Orbital (E_orb): -260.78 kcal/mol //与g16结果相同
DFT correlation (E_DFTc): -18.38 kcal/mol //与g16结果相同
Dispersion correction (E_dc):    -1.39 kcal/mol //与g16结果相同
Coulomb correlation (E_c = E_DFTc + E_dc): -19.76 kcal/mol //与g16结果相同

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-24 00:04:43

hzfish 发表于 2023-7-23 23:55
使用g09进行sobEDA分析，结果很奇怪。
g09版本： Gaussian 09, Revision E.01
重复sobEDA分析例子4.4，使 ...

用G16
某些情况结合G09不正常。上礼拜更新的sobEDA官方教程里已经明确声明应当用G16了

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-7-24 02:49:18

护卫天使发表于 2023-7-23 16:52
谢谢老师。麻烦老师有空看一下我这个输入文件去做柔性扫描是否合理？计算核数为48核。

自旋多重度不对，自己重新用配体场理论判断自旋多重度。
应该只扫一个Co-O键长，我不知道你写6行是什么意思。
此外建议加色散校正，Co建议用triple zeta基组

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-7-24 08:59:24

wzkchem5 发表于 2023-7-22 23:08
这个精度其实还可以了，差不多是CBS-QB3的正常误差范围，四氢化萘差不多得有20多根键，每根键的键能差1.5 ...

好的，谢谢老师解释~

护卫天使 · 发表于 Post on 2023-7-24 22:02:52

wzkchem5 发表于 2023-7-24 02:49
自旋多重度不对，自己重新用配体场理论判断自旋多重度。
应该只扫一个Co-O键长，我不知道你写6行是什么 ...

老师，您好，请问要是金属与配体的络合涉及O和N两种元素呢，是要M-O键和M-N键同时扫还是分开扫？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-7-24 22:56:22

护卫天使发表于 2023-7-24 15:02
老师，您好，请问要是金属与配体的络合涉及O和N两种元素呢，是要M-O键和M-N键同时扫还是分开扫？

取决于研究目的。你必然知道你想研究的到底是两个配体同时掉的过程，还是只掉一个的过程

hzfish · 发表于 Post on 2023-7-25 13:33:11

sobereva 发表于 2023-7-24 00:04
用G16
某些情况结合G09不正常。上礼拜更新的sobEDA官方教程里已经明确声明应当用G16了

sobEDA可以对多聚体的总相互作用能量进行分解，对于ABC三聚体是不是也可以两两之间的相互作用能进行分解？如C存在时，对A与B之间的相互作用能进行分解，B存在时，对A与C之间的相互作用能进行分解，A存在时，对B与C之间的相互作用能进行分解。

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-26 13:57:16

hzfish 发表于 2023-7-25 13:33
sobEDA可以对多聚体的总相互作用能量进行分解，对于ABC三聚体是不是也可以两两之间的相互作用能进行分解 ...

脚本没法直接实现。需要把另一个单体作为外势体现才行，比如加上背景电荷

吴双 · 发表于 Post on 2023-7-27 11:03:28

本帖最后由吴双于 2023-7-27 11:04 编辑

想跟各位老师请教一个问题，我在用高斯做柔性扫描的时候，比如A-H + B = B-H + A.（生成物A为自由基）ΔG=-40 kcal/mol，限制的是H和B之间的距离逐渐缩短，但是我看扫描曲线是单调递增的，这有什么影响么。（我对这块的理解是，A上H原子通过PCET过程转移到B上，反应放热，那在扫描的时候是不是应该也是随着H-B之间距离的减小电子能量是减小的呢，柔性扫描曲线的变化趋势和反应热有什么联系么）。

zhangwei2713 · 发表于 Post on 2023-7-27 11:03:38

本帖最后由 zhangwei2713 于 2023-7-27 11:06 编辑

各位前辈好！
想请问一下大家自定义基组的问题。我是在学校超算中心上做的gaussian计算，输出文件包含error和log文件（若计算正常结束则error文件为空白）。
其中log文件提示错误为“Unrecognized atomic symbol****
Error termination via Lnk1e in /opt/gaussian/16/C02/g16/l301.exe”
error文件提示的错误为“Error: segmentation violation
rax 0x0000000000000000, rbx 0x000000005a14f498, rcx 0x00001520e19cd75b
rdx 0x0000000000000000, rsp 0x00007fffd1d51e68, rbp 0x00000000031557e0
rsi 0x000000000000000b, rdi 0x000000000007a573, r8  0x0000150ce182d000
r9  0x00007fffd1d51644, r10 0x00001520e199df60, r11 0x0000000000000202
r12 0x00007fffd1d51f20, r13 0x00007fffd1d51f98, r14 0x00007fffd1d51f90
r15 0x000000005a14f4b8
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x42520) [0x1520e19cd520]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(kill+0xb) [0x1520e19cd75b]
Aborted”

我的gjf输入文件涉及到Ag和Au，都用的LANL2TZ赝势基组（copy的  https://www.basissetexchange.org/ 网站自定义代码）。但是不知我的gjf哪里写错了，总是提示上述错误。
我将第一个Ag 0上面的空行删除或者保留都会出现上述报错，我将第一个Ag和0中间的空格改为1个和多个也会出现上述报错。

以下为gjf文件，请前辈们指点一下。多多感谢！

%nprocshared=40
%mem=80GB
%chk=CAu6Ag2.chk
# opt b3lyp/gen pseudo=read
空行
分子坐标
空行
C H N P 0
6-311G(d,p)
****
Au 0
S 1 1.00
   2.8090000             1.0000000
S 1 1.00
   1.5950000             1.0000000
S 1 1.00
   0.5327000             1.0000000
S 1 1.00
   0.2826000             1.0000000
S 1 1.00
   0.0598000             1.0000000
P 1 1.00
   3.6840000             1.0000000
P 1 1.00
   1.6660000             1.0000000
P 1 1.00
   0.5989000             1.0000000
P 1 1.00
   0.0977000             1.0000000
P 1 1.00
   0.0279000             1.0000000
D 1 1.00
   1.2870000             1.0000000
D 1 1.00
   0.4335000             1.0000000
D 1 1.00
   0.1396000             1.0000000
****
空行
AU    0
AU-ECP    4    60
g potential
  5
1 622.6287956          -60.0000000
2 136.2843607          -555.5292312
2    33.1549781          -168.0019785
2    9.9894895          -63.0399875
2    3.0481312          -4.2516681
s-g potential
  6
0 194.7374304             3.0000000
1 351.5327447          38.6020880
2 122.3270402          864.8370727
2    32.0914617          374.9935520
2    5.2451812          289.7910100
2    4.4916223          -152.4532773
p-g potential
  4
0 420.6158801             2.0000000
1 109.4417815          73.8885625
2    34.1714280          326.6729872
2    5.9879750          126.5814591
d-g potential
  5
0 219.2666158             3.0000000
1 122.7297786          55.6793149
2    63.1063369          449.1987335
2    18.3684520          215.0269091
2    4.4972844          64.0840995
f-g potential
  5
0 108.5506037             4.0000000
1    56.4795527          51.8065335
2    29.2069159          231.2183113
2    9.5440543          119.0047386
2    2.8965118          15.3424188
****
空行
Ag 0
S 1 1.00
   2.9500000             1.0000000
S 1 1.00
   2.1490000             1.0000000
S 1 1.00
   0.6684000             1.0000000
S 1 1.00
   0.0997000             1.0000000
S 1 1.00
   0.0347000             1.0000000
P 1 1.00
   6.5530000             1.0000000
P 1 1.00
   1.5650000             1.0000000
P 1 1.00
   0.5748000             1.0000000
P 1 1.00
   0.0833000             1.0000000
P 1 1.00
   0.0252000             1.0000000
D 2 1.00
   3.3910000             0.1396938
   1.5990000             0.4744421
D 1 1.00
   0.6282000             1.0000000
D 1 1.00
   0.2108000             1.0000000
****
空行
AG    0
AG-ECP    3    28
f potential
  5
0 568.7006237          -0.0587930
1 162.3579066          -20.1145146
2    51.1025755          -104.2733114
2    16.9205822          -40.4539787
2    6.1669596          -3.4420009
s-f potential
  5
0    76.0974658             2.9861527
1    15.3327359          35.1576460
2    18.7715345          450.1809906
2    13.3663294          -866.0248308
2    9.8236948          523.1110176
p-f potential
  5
0    56.3318043             4.9640671
1    69.0609098          21.5028219
2    19.2717998          546.0275453
2    12.5770654          -600.3822556
2    8.7956670          348.2949289
d-f potential
  5
0    53.4641078             3.0467486
1    40.1975457          23.3656705
2    11.9086073          777.2540117
2    9.7528183       -1238.8602423
2    8.1788997          608.0677121
空行
空行（此为最终行）

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-27 11:25:43

zhangwei2713 发表于 2023-7-27 11:03
各位前辈好！
想请问一下大家自定义基组的问题。我是在学校超算中心上做的gaussian计算，输出文件包含erro ...

别写多余的空行。而且顺序都错了
仔细看此文
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-7-27 17:09:27

吴双发表于 2023-7-27 04:03
想跟各位老师请教一个问题，我在用高斯做柔性扫描的时候，比如A-H + B = B-H + A.（生成物A为自由基）ΔG=- ...

你是说H-B即使完全成键了，能量还是比反应物高？那估计是收敛到错误的波函数上了。
H-B开始成键但没有完全成键的时候能量升高是正常现象，只要反应有过渡态，扫描曲线开始的一段必然能量增加，越过了过渡态以后能量才开始降低

吴双 · 发表于 Post on 2023-7-27 18:54:29

wzkchem5 发表于 2023-7-27 17:09
你是说H-B即使完全成键了，能量还是比反应物高？那估计是收敛到错误的波函数上了。
H-B开始成键但没有完 ...

好哒谢谢老师

Wxy1998 · 发表于 Post on 2023-7-27 19:37:53

请问在使用gaussview作红外分析时如何调整峰的展宽

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-27 20:11:45

Wxy1998 发表于 2023-7-27 19:37
请问在使用gaussview作红外分析时如何调整峰的展宽

图上点右键-属性

更推荐Multiwfn绘制，不收费，可调选项丰富，支持更多功能诸如自动标记极大点数值，FHWM在界面里能直接调
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图
http://sobereva.com/224

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

自定义基组计算总是报错

gaussianview做红外