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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2023-11-26 00:21:29 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2023-11-25 14:25
想跟各位老师请教一下。可以将高斯优化正常结束的log文件直接保存成GJF,加上POP=NPA不加优化的关键词直接 ...

可以,前提是你用的是优化收敛后的结构
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-26 02:57:29 | 只看该作者 Only view this author
ngaoo 发表于 2023-11-25 20:19
复合物由两个分子构成,在Gaussian View中构建完后进行高斯优化,这是gjf文件,结构优化成功后,这是优化前 ...

你的gjf文件明明是振动分析而不是几何优化

那叫GaussView

几何优化过程中体系结构自然会改变,本来你开始搭的结构就必定偏离极小点结构显著,起码该出现的氢键都没形成,优化过程中结构不明显变化才不正常

如果你是想问怎么优化完了O-O成键了,明显是初始结构里分子间埃得太近。摆初始结构时要有原子的范德华半径和共价半径这些基本常识。不会摆的话就用genmer+molclus自动化搜索最优二聚体构型

Molclus主页
http://www.keinsci.com/research/molclus.html
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-11-26 15:49:16 | 只看该作者 Only view this author
老师你好,我想要在ORCA中查看能量的一阶梯度,关键词写为! b97-3c nopop engrad,在得到的.out文件中哪里看能量梯度呢?是在下图中迭代的最后一行中的“grad”中看吗?

屏幕截图 2023-11-26 154333.jpg (108.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

屏幕截图 2023-11-26 154333.jpg

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发表于 Post on 2023-11-26 18:57:39 | 只看该作者 Only view this author
请教一下各位老师,我先用CP2K进行TDDFT的计算,得到了一个二维周期性体系的荧光,用Multiwfn画了荧光光谱,后来又扩胞两倍(2*1*1)算了一遍,结果发现荧光峰的波长变成了之前算的一半,请问这正常吗?是什么原因导致的?我也算了这两个体系的吸收,但是吸收峰的位置基本一致。

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发表于 Post on 2023-11-26 19:04:55 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,使用爱因斯坦公式1.5/(f*ΔE^2)计算荧光寿命的适用条件是什么?二维材料可以用吗?我没有找到相关的参考文献,老师们有推荐的参考文献吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-26 20:16:51 | 只看该作者 Only view this author
chenlon 发表于 2023-11-26 15:49
老师你好,我想要在ORCA中查看能量的一阶梯度,关键词写为! b97-3c nopop engrad,在得到的.out文件中哪里 ...

自行往下一点点找输出各个原子受力的地方
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-26 20:17:58 | 只看该作者 Only view this author
大强哥 发表于 2023-11-26 19:04
请问各位老师,使用爱因斯坦公式1.5/(f*ΔE^2)计算荧光寿命的适用条件是什么?二维材料可以用吗?我没有找 ...

需要近乎完全以辐射方式退激。内转换、外转换方式退激应相对可以忽略
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-26 20:20:48 | 只看该作者 Only view this author
大强哥 发表于 2023-11-26 18:57
请教一下各位老师,我先用CP2K进行TDDFT的计算,得到了一个二维周期性体系的荧光,用Multiwfn画了荧光光谱 ...

CP2K不是量化程序,有CP2K的问题在第一性原理版块发帖。届时交代具体怎么算的(如果优化激发态的设置等,最好上传输入文件)、怎么绘制的,每一步操作都交代清楚。能发体系结构截图尽量把截图发出来

在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

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发表于 Post on 2023-11-26 21:22:56 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Lyy1 于 2023-11-26 21:25 编辑

各位老师们好,请问老师我的体系是一个C60笼,向笼内加入了一个He原子。想检查一下He原子的电子结构有没有在笼内“膨胀”;若膨胀,在笼内的涉及到的范围又如何。解决这个问题就是用气相中独立的He原子与C60中的He原子,比较二者之间的静电势的切面图看有无变化吗?还是说有什么别的方式可以比较呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-27 02:10:06 | 只看该作者 Only view this author
Lyy1 发表于 2023-11-26 21:22
各位老师们好,请问老师我的体系是一个C60笼,向笼内加入了一个He原子。想检查一下He原子的电子结构有没有 ...

He才那么一丁点大,C60和它又纯粹是弱相互作用,根本不会对He的电子结构产生多大改变

非要考察的话,用Multiwfn绘制个rho(C60@He) - rho(C60) - rho(He)的密度差等值面图就完了
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
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发表于 Post on 2023-11-27 11:00:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-26 02:57
你的gjf文件明明是振动分析而不是几何优化

那叫GaussView

老师,我对一般的有机小分子做# B3LYP/aug-cc-pVDZ EmpiricalDispersion=GD3BJ opt几何优化,这个优化级别可以吗?如果不行应该选用哪种基组进行几何优化

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发表于 Post on 2023-11-27 11:16:27 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 498746012 于 2023-11-27 11:22 编辑

各位老师好,下边这句话对吗?the energy gap between HOMO and LUMO, is proportional to chemical hardness.The higher chemical hardness indicates greater kinetic stability

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发表于 Post on 2023-11-27 19:29:58 | 只看该作者 Only view this author

HOMO-LUMO轨道不同颜色代表什么?

    前一段时间审稿意见回复过来。我的有关于S掺杂石墨二炔的分子,用VESTA画出了掺杂后的分子轨道图,然后描述了一句the yellow and blue electron clouds represent the positive and negative regions, respectively.我的审稿人让我详细解释这句话。请问他想让我尽可能的表达出什么信息呢?这电子云的颜色代表的含义是什么?请路过的道友帮忙解惑。谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-27 20:58:22 | 只看该作者 Only view this author
gqy 发表于 2023-11-27 19:29
前一段时间审稿意见回复过来。我的有关于S掺杂石墨二炔的分子,用VESTA画出了掺杂后的分子轨道图,然后 ...

yellow and blue represent positive and negative phases of orbital wavefunction, respectively
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-27 21:00:00 | 只看该作者 Only view this author
ngaoo 发表于 2023-11-27 11:00
老师,我对一般的有机小分子做# B3LYP/aug-cc-pVDZ EmpiricalDispersion=GD3BJ opt几何优化,这个优化级 ...

aug-cc-pVDZ完全不当
仔细看

谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

通常用6-311G*,精度足够,性价比很高。如果牵扯氢键,改成6-311G**
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