计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

  [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124694

管理员

公社社长

2521#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-21 22:54:48 | 只看该作者 Only view this author
MercuryLamp 发表于 2023-11-21 09:21
老师们好,我想请教一下,对于反应物和过渡态都有多个构象的反应,我应该如何求速率常数呢?可以简单地将Ey ...

Shermo可以给出构象权重平均的自由能,构象熵效应已经自动考虑进去了
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

125

帖子

0

威望

2841

eV
积分
2966

Level 5 (御坂)

2522#
发表于 Post on 2023-11-22 19:22:11 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-11-21 22:26
不行,需要考虑构象熵的贡献,参见Chem. Sci., 2021, 12, 6551

谢谢王老师,还有一个问题想要请教一下,如果我想要考虑隧道效应的话,此时透射系数需要求构象平均吗?如果需要的话,需要如何实现呢?因为过渡态不同构象的虚频数值大小不同,且通过Skodje-Truhlar等方法计算透射系数时,还需要正向势垒等信息,此时这个势垒应该如何对应构象呢?

125

帖子

0

威望

2841

eV
积分
2966

Level 5 (御坂)

2523#
发表于 Post on 2023-11-22 19:25:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-21 22:54
Shermo可以给出构象权重平均的自由能,构象熵效应已经自动考虑进去了
使用Shermo结合量子化学程序方便地 ...

谢谢卢老师,现在我通过Shermo考虑了构象熵的贡献并计算了构象权重的吉布斯自由能。但我想要考虑隧道效应的话,此时透射系数需要求构象平均吗?如果需要的话,需要如何实现呢?因为发现过渡态不同构象的虚频数值大小不同,而且通过Skodje-Truhlar等方法计算透射系数时,还需要正向势垒等信息,此时这个势垒应该如何对应反应物和过渡态的构象呢?

1万

帖子

0

威望

9740

eV
积分
21936

Level 6 (一方通行)

2524#
发表于 Post on 2023-11-22 22:52:59 | 只看该作者 Only view this author
MercuryLamp 发表于 2023-11-22 12:22
谢谢王老师,还有一个问题想要请教一下,如果我想要考虑隧道效应的话,此时透射系数需要求构象平均吗?如 ...

这种问题的答案你自己是可以推导出来的。例如反应物有若干构象R1,R2,...,Rn,产物有若干构象P1,P2,...,Pm,你假设所有反应物构象之间是快平衡,所有产物构象之间是快平衡,又计算出了反应物各构象到产物各构象的(考虑了隧穿的)速率常数。那么就可以解动力学方程得到总反应速率。一个反应网络的动力学方程怎么列你肯定会,怎么解也很容易搜到
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

21

帖子

0

威望

173

eV
积分
194

Level 3 能力者

2525#
发表于 Post on 2023-11-23 09:26:53 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,我计算了两个不同复合物的结合能,可以表示为 A+B->AB, C+D->CD,然后计算了两个复合物和各自单体的单点能差,是ΔE_AB=E_AB-(E_A+E_B),ΔE_CD=E_CD-(E_C+E_D),想请问在这种情况下,可否比较ΔE_AB和ΔE_CD谁更负,来比较AB的结合过程更容易发生还是CD的结合过程更容易发生?

1万

帖子

0

威望

9740

eV
积分
21936

Level 6 (一方通行)

2526#
发表于 Post on 2023-11-23 17:09:33 | 只看该作者 Only view this author
Cadmus 发表于 2023-11-23 02:26
老师们好,我计算了两个不同复合物的结合能,可以表示为 A+B->AB, C+D->CD,然后计算了两个复合物和各自单 ...

不能,应当比较结合自由能而不是结合能。此外注意恰当考虑溶剂效应、色散校正、BSSE校正
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

21

帖子

0

威望

173

eV
积分
194

Level 3 能力者

2527#
发表于 Post on 2023-11-23 17:31:35 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-11-23 17:09
不能,应当比较结合自由能而不是结合能。此外注意恰当考虑溶剂效应、色散校正、BSSE校正

好的,谢谢老师解答

125

帖子

0

威望

2841

eV
积分
2966

Level 5 (御坂)

2528#
发表于 Post on 2023-11-23 21:50:56 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-11-22 22:52
这种问题的答案你自己是可以推导出来的。例如反应物有若干构象R1,R2,...,Rn,产物有若干构象P1,P2,...,Pm ...

好的好的,谢谢老师的解答

286

帖子

0

威望

2687

eV
积分
2973

Level 5 (御坂)

2529#
发表于 Post on 2023-11-25 17:20:00 | 只看该作者 Only view this author
想跟各位老师请教一下,两个类似结构的催化剂,对氢气的活化能力不同,一个是氢气直接吸附,另外一个是氢气解离成两个氢原子,可以通过对比这两个催化剂的哪些特征来描述这一现象呢?

1万

帖子

0

威望

9740

eV
积分
21936

Level 6 (一方通行)

2530#
发表于 Post on 2023-11-25 17:27:13 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2023-11-25 10:20
想跟各位老师请教一下,两个类似结构的催化剂,对氢气的活化能力不同,一个是氢气直接吸附,另外一个是氢气 ...

前一种催化剂是完全不能让氢气解离成氢原子,还是说能解离,只不过解离产物不如氢气直接吸附的产物稳定?类似地,后一种催化剂能不能得到直接吸附氢气的结构?
另外,两个催化剂的主要区别在哪?是金属类型不一样,金属配位数不一样,金属自旋态不一样,金属价态不一样,还是其他方面的区别?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

286

帖子

0

威望

2687

eV
积分
2973

Level 5 (御坂)

2531#
发表于 Post on 2023-11-25 19:21:35 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-11-25 17:27
前一种催化剂是完全不能让氢气解离成氢原子,还是说能解离,只不过解离产物不如氢气直接吸附的产物稳定? ...

老师 我做的反应是Pt-负载在金属氧化物上(整体是一种单原子催化剂,Pt是催化剂的活性位点),研究的反应是环己酮与氢气反应生成环己醇。研究发现Pt位点会优先吸附环己酮,后吸附氢气,共吸附的结构就是催化剂1,后面发生的反应是氢气的H-H键解离,解离后的产物不如直接吸附氢气稳定。反应吸热4.4 kcal/mol.后一种催化剂的结构是Pt上连接了C6H10OH(此时的结构为,环己酮的羰基氧原子与氢气解离的氢原子相连成羟基,氢气解离的另外一个氢原子转移到了金属氧化物上),再吸附氢气的时候。氢气直接解离形成两个氢原子,不能得到直接吸附氢气的结构。

1万

帖子

0

威望

9740

eV
积分
21936

Level 6 (一方通行)

2532#
发表于 Post on 2023-11-25 20:17:00 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2023-11-25 12:21
老师 我做的反应是Pt-负载在金属氧化物上(整体是一种单原子催化剂,Pt是催化剂的活性位点),研究的反应 ...

所以就是Pt连接了C6H10OH以后,活化氢气变得容易了。
可以通过Pt的原子电荷确定哪种化学环境下的Pt更缺电子,分析前线轨道能级确定Pt的能级是否被整体抬高或降低,等等
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

134

帖子

0

威望

484

eV
积分
618

Level 4 (黑子)

2533#
发表于 Post on 2023-11-25 20:19:02 | 只看该作者 Only view this author

对复合物进行优化后,分子结构为什么发生变化?

复合物由两个分子构成,在Gaussian View中构建完后进行高斯优化,这是gjf文件 LP-RS.gjf (1.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 2) ,结构优化成功后,这是优化前后的图片
优化前 优化后
请教老师为什么会这样?

286

帖子

0

威望

2687

eV
积分
2973

Level 5 (御坂)

2534#
发表于 Post on 2023-11-25 20:42:51 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-11-25 20:17
所以就是Pt连接了C6H10OH以后,活化氢气变得容易了。
可以通过Pt的原子电荷确定哪种化学环境下的Pt更缺 ...

好哒 我去试试谢谢老师

286

帖子

0

威望

2687

eV
积分
2973

Level 5 (御坂)

2535#
发表于 Post on 2023-11-25 21:25:35 | 只看该作者 Only view this author
想跟各位老师请教一下。可以将高斯优化正常结束的log文件直接保存成GJF,加上POP=NPA不加优化的关键词直接计算NPA电荷么,相当于直接计算一个单点看NPA电荷,这样计算准确么。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-25 08:52 , Processed in 0.257831 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list