简单量子化学问题答疑专帖

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-18 16:26:01

KSeGaSn 发表于 2023-12-18 10:53
好的谢谢老师。另外我刚开始接触双杂化泛函的计算，请问老师至少在ORCA的双杂化泛函计算中要求在MP2环节 ...

如果你只是需要算激发能，这点不需要你关心，直接用Multiwfn产生输入文件就完了：
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490（http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html）

KSeGaSn · 发表于 Post on 2023-12-18 16:53:16

sobereva 发表于 2023-12-18 16:26
如果你只是需要算激发能，这点不需要你关心，直接用Multiwfn产生输入文件就完了：
详谈Multiwfn产生ORCA ...

明白，我就是用Multiwfn直接产生的输入文件，就看到warning才惶恐的。另外老师，请问使用双杂化泛函计算激发态的时候，除了激发能能够得到校正之外，对激发态的性质研究会有改变吗（比如电子-空穴分布、振子强度和跃迁偶极矩之类的跃迁性质）？

themanell · 发表于 Post on 2023-12-18 16:54:42

sobereva 发表于 2023-12-18 16:24
连氢都没加，胡算瞎算

感谢sob老师您的回答，我再去看看

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-18 23:35:21

KSeGaSn 发表于 2023-12-18 16:53
明白，我就是用Multiwfn直接产生的输入文件，就看到warning才惶恐的。另外老师，请问使用双杂化泛函计算 ...

不。你说的这些是杂化泛函那部分计算得到的

sw8242 · 发表于 Post on 2023-12-19 14:03:32

各位老师好，我遇到的问题是在计算毒死蜱的前线轨道电荷密度时总是出现“# 2070”报错，输出文件末尾出现“Error termination in NtrErr:\NtrErr Called from FileIO.”真实错误原因可能是“ No Z-matrix found on checkpoint file.\Cartesian coordinates read from the checkpoint file:\di.chk\FileIO operation on non-existent file.”输出文件在其他两台电脑上能够正常运行，但是在本电脑上无法运行。目前进行了关于检查“chk”文件的一些尝试操作，例如路径是否正确、高斯是否拥有管理员权限、文件是否存在等，但均未成功。下面是我的输入文件：
%chk=test_five.chk
%nproc=3
#n b3lyp/6-31G* opt  optcyc=200 scfcyc=200 freq

title

0  1
C 0 2.920229 -0.050075 -0.386074
C 0 3.943461 0.826593 -0.395161
C 0 3.660239 2.126670 -0.222277
C 0 2.379116 2.485624 -0.049642
C 0 1.405577 1.551833 -0.050994
N 0 1.725134 0.334496 -0.219533
Cl 0 3.172243 -1.752453 -0.600369
Cl 0 5.596534 0.359037 -0.618127
Cl 0 1.995008 4.157704 0.174443
O 0 0.083724 1.898002 0.123350
P 0 -1.129610 0.812752 0.153410
O 0 -1.115181 0.015401 -1.268521
O 0 -0.804120 -0.262507 1.334618
S 0 -2.657361 1.763019 0.433883
C 0 -2.294107 -0.218520 -1.995674
C 0 -1.948381 -1.040099 -3.234971
C 0 -1.758841 -0.605440 2.306262
C 0 -1.158824 -1.665055 3.226918
H 0 4.461627 2.884021 -0.221881
H 0 -3.020070 -0.780092 -1.361456
H 0 -2.738777 0.753521 -2.313483
H 0 -2.859009 -1.247519 -3.842928
H 0 -1.220498 -0.500952 -3.884058
H 0 -1.496917 -2.019276 -2.953544
H 0 -2.023264 0.295891 2.907523
H 0 -2.670368 -1.012656 1.808425
H 0 -1.885336 -1.964732 4.017000
H 0 -0.879899 -2.580583 2.656138
H 0 -0.242072 -1.284394 3.733369

--Link1--
%chk=di.chk
%nproc=3
#n b3lyp/6-31G*  geom=check guess=read vol=tight

title

0  1

--Link1--
%chk=di.chk
%nproc=3
#n b3lyp/6-31G*  geom=check guess=read vol=tight

title

0  1

--Link1--
%chk=di.chk
%nproc=3
#n b3lyp/6-31G*  geom=check guess=read vol=tight

title

0  1

--Link1--
%chk=di.chk
%nproc=3
#n b3lyp/6-31G*  geom=check guess=read vol=tight

title

0  1

--Link1--
%chk=di.chk
%nproc=3
#n b3lyp/6-31G*  geom=check guess=read vol=tight

title

0  1

--Link1--
%chk=di.chk
%nproc=3
#n b3lyp/6-31G*  geom=check guess=read vol=tight

title

0  1

--Link1--
%chk=di.chk
%nproc=3
#n b3lyp/6-31G*  geom=check guess=read vol=tight

title

0  1

--Link1--
%chk=di.chk
%nproc=3
#n b3lyp/6-31G*  geom=check guess=read vol=tight

title

0  1

--Link1--
%chk=di.chk
%nproc=3
#n b3lyp/6-31G*  geom=check guess=read vol=tight

title

0  1

--Link1--
%chk=di.chk
%nproc=3
#n b3lyp/6-31G*  geom=check guess=read vol=tight

title

0  1

输出文件：见图片

本人相关知识很匮乏，对高斯程序的使用也是按图索骥，该问题是一个课程作业，困扰了我几天，非常期待各位老师能够帮忙解答，谢谢。

498746012 · 发表于 Post on 2023-12-19 16:25:09

sob老师您好，想请教您两个问题：1.算过渡金属催化反应机理，什么情况需要进行BSSE矫正？2. A + B=A(+) + B(-),算分子间电子转移的热力学，是只对B(-)加弥散函数，还是四个物种都加弥散函数呀？

饭桶饭桶有反应 · 发表于 Post on 2023-12-19 23:17:45

本帖最后由饭桶饭桶有反应于 2023-12-19 23:18 编辑

请教各位老师，我采用半经验方法优化分子结构，结果显示L701报错，应该是SCF收敛精度不满足收敛要求所致，请问各位老师应该怎么解决，需要增大圈数吗？
关键词是#p opt freq hf scf=conver=5 b3lyp 5d def2tzvp
结果显示如下：
N-N= 1.001128522833D+05 E-N=-2.612389939197D+05  KE= 2.495620906388D+04
Leave Link  601 at Thu Dec  7 06:52:48 2017, MaxMem= 13421772800 cpu:          178.0 elap:             13.3
(Enter /public/software/apps/gaussian/g16/l701.exe)
SCFChk:  SCF convergence  2.89D-06 required  1.00D-08
SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error
                                 ERROR!!!!
SCF has not converged.  Gradients and post-SCF results would be GARBAGE!!
SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error SCF Error
Error termination via Lnk1e in /public/software/apps/gaussian/g16/l701.exe at Thu Dec  7 06:52:48 2017.
Job cpu time:    114 days 21 hours 24 minutes 44.0 seconds.
Elapsed time:    1 days 15 hours 20 minutes 43.4 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=  31093 Int=    0 D2E=    0 Chk= 1023 Scr=    1

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-20 01:21:21

饭桶饭桶有反应发表于 2023-12-19 23:17
请教各位老师，我采用半经验方法优化分子结构，结果显示L701报错，应该是SCF收敛精度不满足收敛要求所致， ...

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-20 01:22:47

sw8242 发表于 2023-12-19 14:03
各位老师好，我遇到的问题是在计算毒死蜱的前线轨道电荷密度时总是出现“# 2070”报错，输出文件末尾出现“ ...

完全看不懂你写那么多--link1--是要干嘛，非常莫名其妙的计算

另外，如果要算分子体积不建议用vol=tight，Multiwfn的定量分子表面分析功能算的更准确：
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-20 01:27:27

498746012 发表于 2023-12-19 16:25
sob老师您好，想请教您两个问题：1.算过渡金属催化反应机理，什么情况需要进行BSSE矫正？2. A + B=A(+) + ...

1 什么时候都不需要。直接用个像样的基组（3-zeta档次及以上）算单点就完了

2 至少对B加，无论是计算B还是计算B(-)。全都加弥散也可以，写起来更省事，耗时会更高

498746012 · 发表于 Post on 2023-12-20 09:06:54

sobereva 发表于 2023-12-20 01:27
1 什么时候都不需要。直接用个像样的基组（3-zeta档次及以上）算单点就完了

2 至少对B加，无论是计算B ...

谢谢老师

sw8242 · 发表于 Post on 2023-12-20 13:03:05

sobereva 发表于 2023-12-20 01:22
完全看不懂你写那么多--link1--是要干嘛，非常莫名其妙的计算

另外，如果要算分子体积不建议用vol=tig ...

sob老师你好，这个输入文件是老师提供的，我也对那么多link产生了疑惑，之前老师提到过由于每次计算分子体积的结果都不一样，所以计算10次取平均值，可能输入文件的10次link1是这样的用途。定量分子表面分析功能我不太了解，原来有更准确的计算分子体积的方法，感谢您提供的学习链接。

sw8242 · 发表于 Post on 2023-12-20 14:32:11

sobereva 发表于 2023-12-20 01:22
完全看不懂你写那么多--link1--是要干嘛，非常莫名其妙的计算

另外，如果要算分子体积不建议用vol=tig ...

老师，为了方便计算我把分子改成H2O，计算分子体积的关键词也删掉了，最终输入文件如下，但是还是出现了相同的报错，我又去看了论坛上的一些问题，把高斯调用内存的文件也进行了修改，但还是报错# 2070，综合多种尝试，我认为是计算机的问题，重装系统的话能解决问题吗...
输入文件：
%chk=test_six.chk
%nproc=3
#n b3lyp/6-31G* opt  optcyc=200 scfcyc=200 freq

title

0  1
O 0 0.382198 0.097966 -0.006391
H 0 -0.363008 0.674107 0.004450
H 0 0.006025 -0.765610 0.004450

--Link1--
%chk=test_six_other.chk
%nproc=3
#n b3lyp/6-31G*  geom=check guess=read

DDb · 发表于 Post on 2023-12-20 14:50:51

如题，求助一下各位老师

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-21 03:26:30

sw8242 发表于 2023-12-20 14:32
老师，为了方便计算我把分子改成H2O，计算分子体积的关键词也删掉了，最终输入文件如下，但是还是出现了 ...

第一个任务产生的是test_six.chk，跑第二个任务时根本都不存在test_six_other.chk，去哪读结构和波函数信息去？
搞清楚geom=check guess=read关键词是干嘛的、怎么用再去用

提问时一律说清楚输出文件里的报错提示，甭问毫无意义的2070

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

采用半经验方法优化分子结构，结果显示L701报错，该怎么解决

当反应过渡态找不到时，该怎么计算反应速率

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