计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

  [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

2626#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-21 03:44:30 | 只看该作者 Only view this author
DDb 发表于 2023-12-20 14:50
如题,求助一下各位老师

老生常谈的问题
论坛首页google框搜 无势垒 速率
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

3

帖子

0

威望

49

eV
积分
52

Level 2 能力者

2627#
发表于 Post on 2023-12-21 17:58:01 | 只看该作者 Only view this author

求助各位大佬过渡态计算

我利用b3lyp 6-311计算一反应过度态,多次尝试后报错l9999,试了很多办法还是行不通,本人学习量化计算不精,望各位高手指点。

2.png (59.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

输入文件

输入文件

1.png (52.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

输入文件

输入文件

4.png (11.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

输出文件报错

输出文件报错

3.png (24.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

输出文件报错

输出文件报错

4289

帖子

4

威望

9546

eV
积分
13915

Level 6 (一方通行)

MOKIT开发者

2628#
发表于 Post on 2023-12-21 18:09:35 | 只看该作者 Only view this author
(1)基组不合理,仔细阅读《谈谈量子化学中基组的选择》http://sobereva.com/336。且基组描述错误,文字里说的是6-311,截图里却是6-31g。
(2)最好加上色散校正,建议阅读《谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”》http://sobereva.com/413
(3)体系电荷和自旋多重度确认没写错吗?
(4)这个结构不够合理,不太像过渡态。
(5)geom=conn和坐标底下的连接关系都不需要写。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

7

帖子

0

威望

73

eV
积分
80

Level 2 能力者

2629#
发表于 Post on 2023-12-21 20:44:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-20 01:21
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

好哒谢谢sob老师,还想请问sob老师一个问题,如果体系中含有还原态的金属元素,二价铁,是否在HF预优化的过程中考虑开窍层的问题?什么时候需要考虑开窍层和闭窍层啊

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

2630#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-22 01:45:39 | 只看该作者 Only view this author
饭桶饭桶有反应 发表于 2023-12-21 20:44
好哒谢谢sob老师,还想请问sob老师一个问题,如果体系中含有还原态的金属元素,二价铁,是否在HF预优化的 ...

那叫开壳(ke2)层

即便是用于预优化,HF也毫无价值。HF没有任何用处

体系有未配对的电子时就都需要用开壳层形式计算
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

102

帖子

1

威望

1495

eV
积分
1617

Level 5 (御坂)

A Slow Walker

2631#
发表于 Post on 2023-12-22 13:53:47 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我在计算以如下体系为母体的一系列活性药物分子时遇到了一点疑问,麻烦各位老师帮忙看看:



①我阅读了卢天老师关于泛函选择的博文,从我个人理解来看,这个分子有比较大的共轭体系,因此我想用wB97XD/def-TZVP这一计算级别对这一系列分子进行几何优化,请问这一计算级别选择是否合理?需不需要设置积分格点为int=ultrafine?


②在进行结构优化之后还要对这一系列分子进行描述符的相关计算,请问在算分子相关理化性质(主要是HOMO-LUMO gap,偶极矩,原子电荷)的时候,用什么计算级别比较合理呢?这些性质是不是都在算单点能的时候就自动输出了呢?

③如果选定了几何优化和单点能的计算级别之后,是否可以用“单点能计算级别//几何优化计算级别”来一次性完成几何优化,并对优化后的结构进行单点计算呢?

谢谢各位老师!
坚信J曲线的力量,永远做正确的事

3

帖子

0

威望

49

eV
积分
52

Level 2 能力者

2632#
发表于 Post on 2023-12-22 14:30:41 | 只看该作者 Only view this author

关于DFT过渡态计算的问题

求助各位大佬,路径推理中过渡态总是报错l9999。

1.png (52.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

输入文件

输入文件

3.png (24.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

输入文件

输入文件

2.png (59.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

输出文件

输出文件

4.png (11.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

输出文件

输出文件

410

帖子

0

威望

2519

eV
积分
2929

Level 5 (御坂)

2633#
发表于 Post on 2023-12-22 15:31:32 | 只看该作者 Only view this author
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

2634#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-22 16:13:25 | 只看该作者 Only view this author
Yjc 发表于 2023-12-22 13:53
各位老师好,我在计算以如下体系为母体的一系列活性药物分子时遇到了一点疑问,麻烦各位老师帮忙看看:

...

1 这不算大范围共轭。用B3LYP-D3(BJ)也合理且更便宜。G16默认ultrafine,G09此时也没必要刻意用ultrafine

2 HOMO-LUMO gap用优化任务最后给你的就行了。原子电荷用优化任务的fch给Multiwfn计算即可。偶极矩如果追求精度的话最好用def2-TZVPD,至少用def2-SVPD

3 可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

3

帖子

0

威望

49

eV
积分
52

Level 2 能力者

2635#
发表于 Post on 2023-12-22 16:22:19 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2023-12-22 15:31
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

谢谢您

102

帖子

1

威望

1495

eV
积分
1617

Level 5 (御坂)

A Slow Walker

2636#
发表于 Post on 2023-12-22 16:29:02 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Yjc 于 2023-12-22 16:43 编辑
sobereva 发表于 2023-12-22 16:13
1 这不算大范围共轭。用B3LYP-D3(BJ)也合理且更便宜。G16默认ultrafine,G09此时也没必要刻意用ultrafine ...

谢谢sob老师的回复,您的回答对我帮助很大;

我还有几个疑问想跟您确认下,优化任务的基组用到def-TZVP是否足够呢?如果算偶极矩的时候基组采用def2-TZVPD,理论方法还是采用B3LYP-D3(BJ)吗?对于“单点能计算级别//几何优化计算级别 em=gd3bj”这种输入文件关键词而言,几何优化和单点能计算这两个任务是都加上了色散校正吗?


刚入门做计算,问题会有点多,再次感谢sob老师!
坚信J曲线的力量,永远做正确的事

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

2637#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-22 16:48:43 | 只看该作者 Only view this author
Yjc 发表于 2023-12-22 16:29
谢谢sob老师的回复,您的回答对我帮助很大;

我还有几个疑问想跟您确认下,优化任务的基组用到def-TZV ...

足够


用em=gd3bj的时候不要偷懒用//方式计算
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

102

帖子

1

威望

1495

eV
积分
1617

Level 5 (御坂)

A Slow Walker

2638#
发表于 Post on 2023-12-22 16:56:38 | 只看该作者 Only view this author

非常感谢sob老师的耐心解答!
坚信J曲线的力量,永远做正确的事

102

帖子

1

威望

1495

eV
积分
1617

Level 5 (御坂)

A Slow Walker

2639#
发表于 Post on 2023-12-22 23:00:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-22 16:13
1 这不算大范围共轭。用B3LYP-D3(BJ)也合理且更便宜。G16默认ultrafine,G09此时也没必要刻意用ultrafine ...

卢老师,我刚刚又有一个疑问,您说我这个体系不算大范围共轭,我对大范围共轭这个概念有点搞不清楚了。

除了您博文里提到的18轮烯,还有哪些大范围共轭的例子呢?有没有什么具体的判断标准呢?

谢谢卢老师!
坚信J曲线的力量,永远做正确的事

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

2640#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-23 03:00:13 | 只看该作者 Only view this author
Yjc 发表于 2023-12-22 23:00
卢老师,我刚刚又有一个疑问,您说我这个体系不算大范围共轭,我对大范围共轭这个概念有点搞不清楚了。
...

一大片pi共轭连着才算
你的体系pi共轭都是局部的

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +2 收起 理由
Reason
Yjc + 2 谢谢

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 17:43 , Processed in 0.497639 second(s), 32 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list